Утверждение профессионализма в сфере деятельности советской разведслужбы освободило Разведупр от пут ГУГБ. Берия понял, что шпионаж нельзя вести полицейскими методами; более того, перед лицом угроз со стороны Германии и Японии на небосклоне быстро восходила звезда военных, и ему стала очевидно, что отделить управление разведкой от Красной Армии невозможно. К концу 1938 года Разведупр снова стал хозяином в собственном доме.
Новое поколение советских офицеров заняло свои места в разведывательном центре в Москве на Кропоткинской. Как и их уничтоженные предшественники, они готовы были пожертвовать всем ради процветания русского государства. По общему признанию, новое руководство Разведупра не преследовало политических амбиций, как Ян Берзин. Это были военные специалисты, поначалу даже не знакомые с правилами подпольной борьбы. Большинство из них пришло из службы связи, очевидно, их считали наиболее приемлемыми кандидатурами для заполнения пробоин, оставленных пулями тайной полиции.
Итак, именно служба связи выдвинула из своих рядов человека, сыгравшего в истории «Красной Капеллы» роль загадочного «Директора» генерала Ивана Терентьевича Пересыпкина, с 1937 года — военного комиссара Научно-исследовательского института связи. Как у многих советских офицеров того времени, его карьера была весьма извилистой. Во время Гражданской войны он добровольцем вступил в Красную Армию, впоследствии стал шахтером, благодаря членству в ВЛКСМ снова вернулся на военную службу и затем быстро сделал карьеру в политических органах Красной Армии. В 1932 году поступил в Военную техническую академию на факультет радиотехники, а после её окончания в 1937 году стал специалистом по радио в штабе армии.
Трудно сказать, принял ли он бразды правления после возрождения разведывательной службы или непосредственно после расстрелянного главы Разведупра Урицкого. Официальные советские биографы упоминают, что в 1939 году Пересыпкин возглавил Главное разведуправление Генерального штаба. Однако после начала Второй мировой войны он на некоторое время уходит из разведки, передав свой пост командующему Шестой Армией генералу Голикову Ф. И., и возглавит Разведупр летом 1941 года, уже будучи генерал-полковником и заместителем наркома обороны. С этого момента Пересыпкин становится вездесущим «Директором». Он и его офицеры в своей работе были верными сторонниками Сталина, и даже в худшие годы террора тайная полиция ничего против них не имела. Постепенно её снова вытеснили из сферы деятельности военной разведки.
В 1939 году ГУГБ вынудили убрать с территории военных свой старейший плацдарм — Третье управление Наркомата обороны, которым руководили офицеры тайной полиции, полностью отвечавшие за контрразведку в Красной Армии. С тех пор у военных было собственное подразделение контрразведки; разведка противника в пограничных военных округах также перешла в ведение Разведупра.
Разведупр получил также доступ в святая святых спецслужб и самую заповедную зону тайной полиции — к кодам и шифрам. Офицеры советской разведки слишком хорошо понимали, что во время войны разведработа главным образом сведется к схватке тайных передатчиков и радистов, отсюда и быстрое развитие специального радиоотдела, замаскированного под Институт золота в Горках Ленинских под Москвой, и специальные курсы радиотелеграфистов в самой столице. Без своих кодов и шифров в предстоящей радиовойне разведка была обречена на поражение. Поэтому Разведупру был придан свой собственный шифровальный отдел под руководством подполковника Кравченко.
Сами по себе технические новшества не могли обеспечить победу в грядущей войне разведок. Разведупру не хватало подготовленных разведчиков, радистов и шифровальщиков. Поэтому Главное управление на Кропоткинской для работы в условиях подполья искало кадры среди офицеров Красной Армии. Желания работать у новых сотрудников хватало, но этого было недостаточно. Чтобы стать мастерами шпионского ремесла, им требовалась хорошая подготовка.
И здесь Разведупру тоже пришлось начать с нуля: ежовскую чистку прошли даже даже разведшколы Красной Армии. В начале 1939 года возобновила работу закрытая тайной полицией Разведывательная школа, которой был придан статус военной академии. Школу связистов в Сокольниках объединили с ещё одним армейским учреждением и превратили в Центральный институт подготовки сотрудников разведки, а специалисты по подготовке разведчиков даже получили доступ в Академию Генерального штаба.
Но Вторая мировая война была уже не за горами, и у Разведупра явно не хватало времени для подготовки нужных кадров. Пересыпкин и его сотрудники работали, не покладая рук. Они создали курсы разведчиков, где спешно набранные офицеры за три-шесть месяцев постигали основы разведывательной работы. Только Центральная разведывательная школа могла позволить себе роскошь полуторагодового курса обучения, но в 1940 году даже его сократили до шести месяцев.
Кадровые сотрудники разведки ворчали, что за столь короткое время разведчика подготовить невозможно, ведь в нормальных условиях на это уходило три-четыре года. Тем не менее должности среднего и младшего уровня быстро заполнились новыми людьми.
Возникла молодая гвардия советской разведки, это были полные энтузиазма, мужественные, но неопытные и наспех подготовленные люди. А ведь им предстояло возглавить первые центры советского шпионажа за рубежом. Одного взгляда было достаточно для понимания призрачности перспектив русской разведки: работа Развеупра в Германии почти полностью свернута; в Швейцарии и Западной Европе машина шпионажа потеряла как своих руководителей, так и основные кадры; во многих странах разведку парализовал идеологический раскол между сторонниками и противниками Сталина.
Только в немногих случаях перспектива казалась более многообещающей: в 1937 году Разведупр преуспел в создании широкой диверсионной сети в северных и западных портах Европы; там связи вели к немецкому коммунисту Эрнсту Вольвеберу в Осло. Примерно в то же время агент Разведупра в Варшаве Рудольф Гернштадт сообщил, что завербовал для работы на Москву первого секретаря германского посольства Рудольфа фон Шелиха, крупнейшего силезского землевладельца. Таким образом советская разведка могла получать сообщения, которыми обменивались посольство с Вильгельмштрассе в Берлине. Другой советский шпион, Рихард Зорге, дальневосточный корреспондент «Франкфуртер Цайтунг», имел доступ в германское посольство в Токио и был близким другом посла Ойгена Отта.
Разведупр имел глубоко законспирированные связи в министерствах Третьего рейха. С момента прихода к власти нацистской тирании старший служащий имперского министерства экономики доктор Арвид Харнак передавал советской разведке все доступные ему секреты; ненависть к фашизму вдохновила на подобные действия с содержимым сейфов имперского министерства авиации лейтенанта запаса военно-воздушных сил Гарри Шульце-Бойзена.
Несмотря на эти единичные успехи, новое руководство Разведупра с пессимизмом смотрело на возможность работы в Германии. Его представители в Берлине говорили о необходимости координации работы информаторов из групп Харнака и Шульце-Бойзена, но в Москве никто и полагать не мог, что таким образом удастся достичь крупного успеха. Работа шпионов в гитлеровском рейхе была чересчур опасной, а хватка гестапо слишком смертельной. Если дело касалось германской военной машины, наблюдение и сбор разведывательной информации следовало осуществлять из сопредельных государств, демократических стран Запада, которые не создавали непреодолимых препятствий для советской слежки за Третьим рейхом.
Идеальным наблюдательным постом для этого была Бельгия. Там законы о шпионаже предусматривали очень мягкие наказания, если только он не был направлен против самой этой страны. Части старой сети Коминтерна, действовавшей в Веймарской республике, удалось перебраться в Бельгию, а оттуда Разведупр смог создать сеть информаторов во Франции, Голландии, а, возможно, и в Дании. Более того, из Бельгии можно было наблюдать не только за Германией, но и за Великобританией, чье руководство Москва все ещё продолжала подозревать в планировании антибольшевистского похода в альянсе с нацистами.
Еще одним плюсом в пользу Бельгии служил тот факт, что это была единственная страна, с которой московское руководство поддерживало постоянную радиосвязь. Еще начиная с 1934 года Коминтерн с помощью разведывательной службы создал сеть радиопередатчиков, которые связывали Москву с её местными организациями и некоторыми коммунистическими партиями в Западной Европе. Главный московский передатчик пользовался позывными ВНА, отсюда и в абверовских досье появились упоминания о «сети ВНА».
