Когда свершился Октябрьский переворот, поступил делопроизводителем в Бежецкий уездный продовольственный комитет. В январе 1920 года он был принят в члены партии и с марта стал заведующим учетным подотделом, а после избрания в августе в члены бюро укома возглавил организационный отдел Бежецкого укома РКП(б). В мае 1921 года его призвали в Красную армию, где он служил вначале инструктором, а затем и начальником организационной части политотдела 27-й Омской стрелковой дивизии. В сентябре 1923 года молодого офицера выдвинули на должность комиссара штаба 8-й стрелковой дивизии, а в январе 1925 года он занял аналогичный пост в 22-м стрелковом полку той же дивизии.
Панкратьев служил в войсковых частях до сентября 1929 года, занимая должность военного комиссара в различных полках. За годы службы много читал, серьезно увлекался юриспруденцией и даже сумел прослушать два курса юридического факультета Института красной профессуры. Все это привело его к мысли оставить строевую службу и перейти в органы прокуратуры. В апреле 1933 года при формировании корпуса железнодорожных войск его назначили военным прокурором 4-й бригады железнодорожных войск, которая обслуживала строительство железной дороги Москва – Донбасс. В марте 1933 года Главный военный прокурор переводит Панкратьева на работу в центральный аппарат. Здесь он служил в должности военного прокурора отдела, а позднее – начальником отдела и помощником Главного военного прокурора.
В апреле 1937 года Панкратьев был избран заместителем секретаря партийного комитета Прокуратуры СССР. В характеристике, подписанной секретарем парткома Горбулевым, отмечалось, что Панкратьев принимал активное участие в работе прокуратуры по выкорчевыванию врагов народа и ликвидации последствий вредительства. Сам Михаил Иванович писал в автобиографии, что он колебаний от линии партии не имел, взгляды разного рода оппозиции не разделял.
Жил он очень замкнуто, не любил ходить ни в театры, ни в гости.
20 мая 1938 года Панкратьев был назначен Прокурором РСФСР и проработал на этой должности в течение года. Он ревностно выполнял все директивы партии и правительства, а также указания и распоряжения Прокурора Союза ССР Вышинского. Последний рекомендовал его на свое место после того, как стал заместителем Председателя Совнаркома СССР. Правда, особого выбора у него и не было – после основательных и жестоких сталинских чисток кадры органов прокуратуры серьезно оскудели.
31 мая 1939 года Панкратьев занял кабинет Прокурора Союза ССР в здании на Пушкинской улице. На высоком посту он пробыл немногим более года. Первая жена Панкратьева, Ольга Сергеевна, рассказывала:
«Михаила назначили на эту должность в страшное время. Шли аресты и расстрелы людей, занимавших высокие посты. Телефон в нашей квартире на Ленинском проспекте звонил, не умолкая, хоть совсем его срезай, да нельзя. По сто раз на дню: „Помогите с Михаилом Ивановичем встретиться, умоляю!” Мне было запрещено отвечать, и я молча вешала трубку. Все равно повлиять на мужа никак не могла. Бакинский прокурор, с которым когда-то жили в одном доме, был арестован. Его жена все время искала со мной встречи. Я жалела ее, рассказывала мужу, как она убивается, спрашивала, можно ли ей помочь. Михаил закрыл эту тему раз и навсегда. Говорить дома о его работе было запрещено… С какого-то времени Михаил стал просить, чтобы в доме был коньяк, чтоб, когда он придет с работы, бутылка стояла. Так всю ночь, бывало, за бутылкой и просидит.
А когда я забывала поставить, сердился: „Ты пойми, Оля, мне хоть рюмочку, но обязательно надо выпить”.
Сколько санкций на арест и расстрел ему приходилось подписывать! Неимоверное количество! Он много подписывал, но и на пересмотр много отсылал. Не терпел никакой неясности. Когда его секретарь спрашивала, что делать с неподписанными доносами и жалобами, которые шли мешками, орал: „Рвать не читая! “ Анонимки приводили мужа в ярость, его трясло. А как еще прикажете реагировать, когда от твоей подписи зависят столько жизней? У него голова шла кругом».
Выступая на Всесоюзной конференции лучших следователей, Панкратьев говорил: «Живя в капиталистическом окружении, чувствуя и осязая это окружение, мы должны всегда иметь в виду, что враг оружия не сложил. Он только меняет формы и методы борьбы. Естественно, что наши органы следствия, призванные прежде всего к борьбе с вражеской работой, не могут, не имеют права застывать как в смысле своей политической подготовки, так и в смысле профессиональных знаний и опыта. Наши следственные органы должны быть остро отточенным оружием, крепко закаленным, метко разящим. Наши следователи должны быть всесторонне политически подготовленными овладеть марксистско-ленинской теорией, хорошо знать советское право и в совершенстве усвоить методику, технику и тактику расследования преступлений». Что он мог еще тогда сказать?
29 ноября 1939 года Панкратьев и нарком юстиции СССР Рычков подписали приказ о возбуждении уголовных дел по всем фактам массового истребления колхозниками и единоличниками скота, находящегося в их личном пользовании. Такие случаи стали распространяться в Дагестане, Башкирии и некоторых других регионах под влиянием слухов о готовящемся будто бы постановлении, ограничивающим содержание поголовья скота в личном пользовании. Суду стали предаваться не только лица, допустившие хищнический убой высокопородного, племенного скота, но и подстрекатели. Колебаний в проведении линии партии Панкратьев по-прежнему не допускал.
Как Прокурор Союза ССР, к тому же не пользующийся популярностью и влиянием в верхах, Панкратьев, конечно же не мог что-либо противопоставить тем беззакониям, которые продолжались в стране, хотя и не с таким размахом. Уже через несколько месяцев после назначения Панкратьева Прокурором Союза, некоторые старейшие работники центрального аппарата Прокуратуры СССР обратились с письмом в ЦК ВКП(б), к тогдашнему секретарю Жданову.
Они писали о том, что «постановление СНК СССР и ЦК ВКП(б) от 17 ноября 1938 года об арестах, прокурорском надзоре и ведении следствия указало на грубейшие искривления советских законов органами НКВД и обязало эти органы и прокуратуру не только прекратить эти преступления, но и исправить грубые нарушения законов, которые повлекли за собой массовое осуждение ни в чем не повинных, честных советских людей к разным мерам наказания, а зачастую и к расстрелам». И далее: «Эти люди – не единицы, а десятки и сотни тысяч – сидят в лагерях и ждут справедливого решения, недоумевают, за что они были арестованы и за что, по какому праву мерзавцы из банды Ежова издевались над ними, применяя средневековые пытки».
