21 сентября, в четыре часа, раздался стук копыт по мостовой, все услышали звуки трубы. Но это не были войска, которых так ждали заключенные монархи, это были глашатаи, которые извещали от имени Конвента об установлении Республики. Гебер, редактор журнала, один из самых злейших врагов Марии-Антуанетты, был в тот день у ворот Тампля. «Я курил […], когда вдруг услышал звук трубы, ее услышали и в глубине башни, что вызвало суматоху в комнате, где собрались все эти уроды, они там убивали время за детскими играми. Король уже думал, что приближается эскадрон спасителей, и захлопал в ладоши от радости. Ах! Черт побери, надо было видеть, когда он услышал, что объявляли декрет, согласно которому больше не существовало королевства Франции; он дрожал от ярости. Австриячка, чтобы скрыть свое горе, сказала, что плохо себя чувствует; толстуха Елизавета побежала в уголок точить слезки. Комедия продолжалась до ужина, где этот толстый кабан не забывал работать зубами; но мадам Дефицит убралась спать намного раньше, попила только водички». В королеве он больше не видел «тигру лютую, играющую в реках крови». Она была для него Иудой: с виду нежная и любящая, но скрывающая стальные когти в ожидании подходящего момента бархатными перчатками для броска. На следующий день королевская семья узнала, что 20 сентября французские войска под командованием Дюмурье и Келермана дали отпор прусским войскам. Это было большое потрясение для короля. Хотя победа и не была решающей, победа при Вольми отдаляла поражение революционеров, которые только что избрали новый орган правления — Конвент. Теперь в стране устанавливался новый режим.
Заменив Лафайета на посту командующего северной армией, Дюмурье предпринял первые дипломатические шаги в переговорах с Пруссией в надежде разрушить Австрийский альянс. Судьба короля и его семьи зависела от переговоров, которые начались 21 сентября. 23 сентября в части генерала Келлермана Дюмурье принял пруссака Манпггейна, который уведомил его, что король Пруссии готов подписать мир лишь в случае, если во Франции вновь установится монархия. Было решено объявить перемирие, хотя Дюмурье не имел никакого желания уступать Пруссии. Его помощник встретился с самим Брунсвиком. Генералиссимус заявил, что очень обеспокоен судьбой короля и его семьи, и пообещал реставрацию монархии или хотя бы нормальное положение для королевской семьи, чего достаточно, чтобы положить конец войне между Францией и Пруссией. Конвент ничего и слышать не желал о реставрации монархии, так что война продолжалась. Людовик XVI оставался заложником, однако вопроса о переговорах с врагом по поводу его освобождения больше не возникало.
Король и его семья отныне считались политическими преступниками, их вина с каждым днем становилась все тяжелее. 29 сентября им передали решение о переводе короля в тюремную башню. На следующий день Марии-Антуанетте не разрешили ужинать с мужем. После долгих просьб королева получила разрешение находиться вместе со своей семьей, по крайней мере, на время обеда. Через три недели уже всех узников перевели в тюремную башню. Новые апартаменты состояли из двух этажей, первый и второй в общей сложности по четыре комнаты, меблированные довольно просто. Обои в гостиной навевали мысли о тюрьме. Окна забраны толстыми решетками, тяжелые занавеси совсем не пропускали воздух. Несмотря на печное отопление, там было холодно, и король заболел. Королева и Елизавета ухаживали за ним вместе с Клери, пока тот тоже не свалился. Женщинам добавилось работы.
Новый муниципалитет, избранный 2 декабря, ужесточил содержание заключенных. У них отобрали ножи, ножницы и все режущие предметы. Несмотря на строгий контроль и притеснения властей, королевская семья получала известия, которые их вовсе не радовали (эвакуация союзных войск из Лонги и Вердена, оккупация Майнца и Франкфурта французскими войсками). А вот о том, что Конвент готовил процесс над Людовиком XVI, они не знали. В то время, как депутаты обсуждали правомочность этого процесса, Ролан, министр внутренних дел, заявил, что он неизбежен. Во дворце Тюильри, в апартаментах короля, он нашел тайник с компрометирующими документами, в частности письма Мирабо. Документы доказывали, что Людовик XVI предпринимал подрыв революционной политики. Они доказали отношения короля с эмигрантами и тайные переговоры с Австрией. Итак, положение короля, мягко выражаясь, ухудшилось. 3 декабря Конвент принял решение вызвать Людовика XVI на заседание. Была организована комиссия по расследованию «преступлений» Людовика, которые легли в основу обвинения. Таковы были новости, которые Клери передал своему хозяину. Ни король, ни королева не подозревали, что на процессе Конвентом будут поставлены политические и юридические вопросы. Они вообще ничего не знали о желаниях Конвента в том декабре 1792 года.
11 декабря с 5 часов утра послышался шум. Король, королева и Елизавета поняли, что процесс начался. Завтрак прошел в полной тишине под неусыпным надзором стражей. Людовик XVI и его близкие смогли переброситься лишь несколькими словами. Дофинчик с умилительным выражением лица попросил отца поиграть с ним. Король согласился, однако идиллия длилась недолго. За Людовиком пришли. Ребенка отвели к матери. Король должен был подчиняться мэру Парижа, который сопровождал его до Конвента. Марии-Антуанетте было объявлено лишь, что ее муж отправился на заседание Конвента. Вечером, несмотря на выраженный королем протест, ему запретили вернуться к жене и детям. Мария-Антуанетта ничего не знала из того, что происходило в Собрании. Все следующие дни короля по-прежнему запирали в его комнате, не давая возможности перемолвиться словом с близкими. Клери отчаянно пытался узнать хоть что-нибудь. Правдами и неправдами ему удалось передать несколько записок. 14 декабря Мария-Антуанетта узнала, что король встречался с Малезербом. Только и всего. С тех пор как короля заперли, у королевы часто случались нервные припадки, она часами плакала навзрыд, не имея возможности взять себя в руки. Клери удалось поговорить с королем и он изо всех сил старался убедить Марию-Антуанетту, что депутаты заинтересованы в депортации короля в какую-то нейтральную страну, например Испанию. 19 декабря Людовику XVI было разрешено встретиться с дочерью по случаю ее дня рождения. Принцессе исполнилось 14 лет. Первого января преданный Клери от имени короля пожелал всей семье счастливого Нового года…
Королеву парализовали страх и непроходящая тревога. Она знала, что 26 декабря короля допрашивал Конвент и суд был неминуем. Так получилось, что Людовик сообщил ей о наказании, которому он будет подвергнут. Королева ожидала этого, тем более, что вечером 20 января 1793 года ей было, наконец, разрешено встретиться с ним, мадам Елизаветой и ее детьми. Все бросились в объятия короля: несколько минут никто не мог произнести ни слова из-за непрекращающихся рыданий. Наконец, они успокоились и в течение двух часов разговаривали полушепотом. Тюремщики, следившие за ними через стеклянную дверь, ничего не могли услышать. В четверть одиннадцатого король встал. Людовик XVI и Мария-Антуанетта, каждый держал дофина за руку. Принцессы обняли их. Все плакали. «Уверяю вас, — сказал им король, — завтра в девять утра я снова увижу вас». «Вы обещаете?» — в один момент, не сговариваясь, спросили они все вместе. — «Да, я обещаю». — «Почему не в семь часов?» — спросила королева. «Ах, да! Ну, конечно, в семь часов, — ответил король. — Прощайте». Он обнял их всех и ушел в свою комнату. Рыдая, принцессы разошлись по своим комнатам. Дрожа от ужаса, Мария-Антуанетта легла спать, не раздеваясь. С шести утра она ждала, что за ней придут, чтобы отвести ее к королю. Но никто не пришел. Аббат, который был с королем в последние минуты его жизни, посоветовал ему не встречаться с семьей. Это было бы ужасно! Послушав своего исповедника, король позвал к себе Клери: «Скажите королеве, моим любимым детям и моей сестре, что я обещал встретиться с ними утром, но я хочу избежать страданий от этой ужасной разлуки; сколько же это стоит мне — уехать и не проститься с ними, не обнять их в последний раз. […] Я поручаю вам… попрощаться с ними от моего имени». Он отдал ему шейный платок для сына и обручальное кольцо — для жены. «Скажите ей, я оставляю ее с большой мукой в сердце», — добавил он. И срезал локон — Марии-Антуанетте. Клери удалось обмануть охрану и передать послание короля.
