Если предположить, что Ющенко был действительно причастен к этим событиям, то тогда, скорее, он был не среди восставших, а среди тех, кто подавлял это восстание. Для администрации лагеря вполне логичным было привлечь к подавлению бунта в первую очередь подразделения, дислоцированные в непосредственной близости. И вряд ли «курсанты» лагеря подготовки агентов, расположенного в самом Освенциме, не были задействованы в этой операции.
Вскоре после этого бунта немцы начали демонтаж концлагерного оборудования и эвакуацию лагерей Аушвица, завершившуюся в январе 1945 года. Команда, в которой был Ющенко, 20 октября 1944 года одной из первых отправляется из лагеря военнопленных Аушвиц в лагерь Флоссенбург. В автобиографии (1945) он пишет: «по дороги мы бижим 25 человек. Ловлять миня в Праги, я миняю фамилию, садовлять в тюрму в г. Эгер — Карсбад-Эгер. Разоблачают и везуть в Бухенвальд где сижу одну неделю. Миня везуть в концлагер Флесембург».
В автобиографии (1946) Ющенко излагает эти события следующим образом: «Вiдправляють в концлагер Фльосембург, де по дорозi нас 25 чоловж (цiлий вагон) нас знов утiкаемо де ловлять i сажають в тюрму Прага — Карлсбад, Егер i Фльосембург».
В целом версии совпадают, разница лишь в том, что в первой содержится интересная подробность про смену фамилии и указан Бухенвальд, который не упомянут в автобиографии (1946). В анкете (1946) Бухенвальд также указан среди четырёх мест, где Ющенко, по его словам, находился в плену.
Версия, что военнопленный, совершивший побег, был пойман, разоблачён и направлен в лагерь по месту назначения, представляется маловероятной. Побег военнопленного — одно из тягчайших нарушений. Как вспоминал бывший военнопленный П. Палий, «побег советского военнослужащего из лагерей интернирования обычно кончается его смертью» 49 (чего же мог ждать за свои многочисленные «побеги» Ющенко, если бы они были на самом деле?!). В Освенциме в наказание за побег одного заключенного казнили десять других узников 50. А, например, в том же Флоссенбурге, по пути в который якобы бежал Ющенко, за попытку побега был казнен Герой Советского Союза генерал-майор Иван Шепетов 51.
Если Ющенко был пойман как беглый военнопленный, то его, скорее всего, не возили бы полтора месяца по тюрьмам и лагерям Чехии и Германии, а казнили бы сразу после поимки или в ближайшем лагере. Однако если допустить, что Ющенко был негласным сотрудником немецкой контрразведки или «лагерным полицейским», который отстал от эшелона, то после задержания и проверки его вполне могли направить по месту назначения.
В этой связи обращает на себя и упоминания города Егер, а также Бухенвальда, где он побывал по пути во Флюссенбург. В город Егер (Богемия) осенью 1944 года был переведен один из особых лагерей по подготовке агентов «Цеппелина» 52, а один из сборных лагерей «Цеппелина» находился в Бухенвальде 53, упоминаемом Ющенко в автобиографии (1945).
Во Флоссенбург Ющенко прибывает 1 декабря 1944 года. Флоссенбург был лагерем с особо строгим режимом. В начале войны в лагере был создан «русский сектор», куда отправляли советских военнопленных. Интересно, что первая партия пленных поступила в 1941 году из Шталага IVВ (Мюлберг), где тогда находился и Андрей Ющенко. В 1941 году «русский сектор» был ликвидирован (в том числе и из-за высокой смертности советских военнопленных, занятых, главным образом, на гранитных каменоломнях 54). Оставшиеся советские пленные были распределены по другим лагерям.
В течение войны в лагерь попадали «политические преступники» и особо важные пленные. Например, одно время узником лагеря являлся генерал-лейтенант Дмитрий Карбышев, в 1943 году во Флоссенбурге были казнены генерал-майор авиации Григорий Тхор и упоминавшийся генерал-майор Иван Шепетов. А во время пребывания Ющенко в лагере там содержались и были казнены такие важные узники, как бывший шеф Абвера адмирал Канарис и руководитель Словацкого национального восстания генерал Голиан.
В автобиографии (1945) Ющенко, не указывая каких-либо подробностей о своём пребывании во Флоссенбурге, сообщает что 23 апреля 1945 года был освобождён американскими войсками.
Автобиография (1946) содержит другую версию. В соответствии с ней Ющенко, во Флоссенбурге дожидается приговора — «дождавшись суда (повiшення) я знов тiкаю и потрапляю в зону Америки». И далее сообщает, что в январе (!) 1945 года он «идёт на свою сторону». Эта версия не выдерживает никакой критики. Во-первых, вряд ли немцы, приговорив Ющенко к смерти, стали бы откладывать исполнение приговора. Например, того же Канариса немцы повесили во Флоссенбурге через несколько часов после вынесения приговора. А во-вторых, в январе 1945 года Ющенко никак не мог из «зоны Америки» попасть на «свою сторону», так как советские и американские войска встретились лишь 25 апреля 1945 года.
В феврале 2007 года во время визита президента Ющенко в Германию специалисты мемориала во Флоссенбурге подготовили на основании имеющихся у них документов справку для журналистов о пребывании Андрея Ющенко в лагере. В ней, в частности, сообщается, что «последние военные месяцы Ющенко находится во Флоссенбурге. Ему удаётся избежать смертельно опасной разработки гранита в каменолоне. Как квалифицированный механик он работает на сборке самолётов „Мессершмитт“» 55. Эта информация также никак не согласуется со словами Ющенко о смертном приговоре, на который он якобы был осуждён.
В качестве объяснения противоречий в автобиографиях Ющенко можно предположить, что он во Флоссенбурге продолжает сотрудничество с немцами в качестве внедрённого агента-провокатора, либо «лагерного полицая». И именно по-этому Ющенко в автобиографии (1946) «сокращает» своё пятимесячное пребывание во Флоссенбурге до одного месяца. Он как бы создаёт «алиби», стремясь уверить, что к событиям, происходившим в лагере с января 1945 года, он якобы не имел никакого отношения.
Автобиография (1945) содержит указание на точную дату завершения пребывания Ющенко в лагере — «в 1945, 23 апреля освобождают Американцы». В автобиографии (1946) Ющенко говорит о том, что он покинул лагерь в январе 1945, совершив побег. В анкете (1946) Ющенко сообщает уже третью дату — «в VI-1944 р. я убежав». Разнобой в датах освобождения из плена порождает и разные версии в описании того, чем занимался Ющенко сразу после лагеря.
