Вот почему Тимур проявил к Тохтамышу много внимания и одарил его. Более того: он предложил ему свою поддержку, прежде всего военную. Не откладывая дела, Тимур снарядил войско и отправил Тохтамыша в Ак-Орду отвоёвывать у Урус-хана акордынский престол. Тимуру казалось чрезвычайно выгодным иметь в Ак-Орде своего ставленника. Два раза Тимур направлял Тохтамыша в 1376 г. в Ак-Орду, и оба раза Тохтамыш был разбит. Тогда сам Тимур с войском зимой направился против Урус-хана. Поход пришлось прервать из-за сильных морозов. Весной Тимур вернулся на Сыр-Дарью, однако сражения с Урус-ханом не имел, так как последний в это время умер. Это было в 1377 году. Только в 1379 г. Тохтамышу удалось овладеть акордынским престолом.
Тимур был доволен таким оборотом дела, он думал сделать Тохтамыша своим верным вассалом и проводником своей политики в Улусе Джучи. Тохтамыш, однако, не оправдал надежд Тимура и, став акордынским ханом, пошел по стопам политики Урус-хана, т.е. начал внутри Улуса Джучи борьбу за объединение и создание сильной Золотой Орды. Воспользовавшись полным ослаблением Мамая, которого Дмитрий Донской разбил на Куликовом поле в 1380 г., Тохтамыш в том же году двинулся на Мамая и на р. Калке нанес ему быстрое и сокрушительное поражение.
Победа эта дала возможность Тохтамышу захватить власть в Золотой Орде и объединить вновь обе части Улуса Джучи. С каждым годом росли и усиливались противоречия между Тимуром и его коварным, но энергичным ставленником. Тохтамыш делал как раз то, против чего готовил его Тимур. Стремясь вернуть Золотую Орду к лучшим дням времени Узбек-хана (1312-1340), Тохтамыш начал ряд походов за расширение золотоордынской территории, в том числе в Закавказье и Азербайджане, послав большое войско в 1385 г. для захвата Тебриза.
Великодержавная политика Тохтамыша была неприемлема для растущего тимуровского государства в Мавераннахре. Тохтамыш не только был помехой деятельности Тимура, но вместе с тем представлял интересы государства, которое в сущности своей было полной противоположностью государству Тимура в Мавераннахре. Золотая Орда была искусственным государственным объединением. Она держала власть над культурным населением Крыма, Поволжья, Хорезма средствами грубейшего насилия. Ведь власть была в руках тюрко-монгольской кочевой знати, точнее монгольской династии из дома Джучидов, которая опираясь на военные силы, эксплуатировала богатые земледельческие области и культурные города Поволжья, Болгар, Крыма и Неверного Кавказа. Население этих областей мечтало о падении власти монголов и полном своем освобождении. Иное, как мы видели выше, наблюдалось в Мавераннахре. Здесь население земледельческих областей и городов жаждало объединения в единое, большое государство, так как это объединение могло вывести страну из феодальной разрухи.
Тохтамыш в конце 80-х годов явно искал случая для столкновения с Тимуром, стремясь отвлечь его от иранских дел. В 1387-1388 гг. Тохтамыш, используя отсутствие Тимура, совершил нападение на Мавераннахр и начал подстрекать Хорезм к восстанию против Тимура. Хорезмшах Сулейман Суфи легко пошел на это, чем вызвал гнев Тимура. В 1388 г. Тимур совершил последний поход на Хорезм. Заняв Ургенч, Тимур ликвидировал династию Суфи и приказал переселить жителей Ургенча в Самарканд, а самую столицу сровнять с землей и посеять на ней ячмень. В течение десяти дней войска Тимура грабили богатый и прекрасный город. Много жителей Ургенча, особенно ремесленников, было переселено в Мавераннахр, однако город не мог быть сровнен с землей и сохранил несколько своих прекрасных зданий. В 1391 г., во время похода против Тохтамыша, Тимур отдал распоряжение восстановить город. Так прекратило самостоятельное существование небольшое, но богатое и культурное Хорезмское княжество. С тех пор Хорезм вошел в состав сначала государства Тимура, а потом - государства среднеазиатских Тимуридов. Таким образом, все земли Средней Азии, за исключением Семиречья и низовий Сыр-Дарьи, были объединены в руках Тимура.
Войны Тимура с Тохтамышем не преследовали захвата земель, за исключением небольшой группы сырдарьинских городов, лежавших ниже Саурана. Тимур стремился лишь к полному ослаблению Улуса Джучи, так как видел в могущественной Золотой Орде постоянную угрозу создаваемому им в Средней Азии государству. Против Тохтамыша, после 1380 г. ставшего могущественным ханом, Тимур провел три крупных похода - в 1389, в 1391 и 1394-1395 годах. Походы эти, так же как и походы на Хорезм, перемежались с походами в Иран, на Кавказ и к южным границам Руси. Для удобства изложения мы пока сосредоточили внимание на борьбе Тимура с Золотой Ордой.
Из указанных походов против Тохтамыша два последние должны остановить наше внимание. В 1391 г. Тимур выступил из Самарканда, зиму провел в Ташкенте и направился с 200-тысячным войском в степи теперешней Казахской ССР. В апреле 1391 г. у горы Улуг-таг, в районе расположения современного Карсакпайского рудника, Тимур приказал высечь на камне надпись, в которой говорится, что султан Турана Тимур с двумястами тысяч пошел по кровь Тохтамыша-хана. Надпись эта была обнаружена около десяти лет тому назад и ныне хранится в Ленинграде, в Государственном Эрмитаже. После долгих переходов огромное войско Тимура встретилось с войсками Тохтамыша в местности Кундузча, между Самарой и Чистополем. Здесь произошла 18 июня 1391 г. жаркая битва, закончившаяся полным поражением Тохтамыша.
Однако, ресурсы Золотой Орды были еще велики, и Тимур, выиграв сражение и захватив огромную добычу, не сломил самого золотоордынского государства. Борьба между ними продолжалась. В 1395 г. произошло новое сражение между Тимуром и и Тохтамышем на Северном Кавказе, в долине р. Терека. Здесь Тохтамыш также потерпел поражение. На этот раз силы Тохтамыша были настолько ослаблены, что Тимуру была открыта свободная дорога в Поволжье, к самому сердцу Золотой Орды - ее столице, г. Сараю Берке. Большой и богатый город был захвачен, предан грабежу и сожжен, причем из него была вывезена огромная добыча, в состав которой, кроме разнообразных материальных ценностей, входило большое количество пленных - мужчин, женщин и детей, обращенных в рабство. Пострадало не только Нижнее Поволжье с его главными городами - Сараем Берке и Хаджи-Тарханом (Астрахань), - но и Крым с его приморскими городами (например, Каффа), а также Азак (Азов) и Северный Кавказ. Если же принять во внимание, что за семь лет до этого Ургенч был опустошен, то станет ясным, что у Тимура был определенный план - подорвать хозяйственную, особенно торговую, жизнь наиболее культурных областей, входивших в состав Золотой Орды. Известно, что опустошения и разрушения здесь были настолько велики, что все эти места долго не могли экономически возродиться.