Когда разгром ЮКОСа шел полным ходом, Василий Алексанян ушел из нефтяной компании и сосредоточился на адвокатской деятельности. К тому времени его не раз вызывали в прокуратуру на допросы, но никаких претензий не предъявляли. В одну из наших с ним встреч в это время он заверил меня, что чувствует себя совершенно уверенно, так как убежден, что никаких доказательств против него у следствия нет и быть не может по причине их отсутствия в природе. О том же поведал в январе 2008 года в интервью «Новой газете» отец Василия Георгиевича – Г. Алексанян: «Я спросил его после ареста Ходорковского: “И что ты теперь собираешься делать?” Он мне сказал: “Папа, я чист перед законом и никуда не собираюсь уезжать”. Эта успокоенность, как полагаю, и позволила ему дать согласие на то, чтобы в апреле 2006 года вернуться в нефтяную компанию и занять пост исполнительного вице-президента ОАО “НК "ЮКОС"” с полномочиями президента[91]. У него были намерения спасти ЮКОС от банкротства, найдя инвестора».
Этим планам не суждено было сбыться. Команда на задержание Василия Алексаняна, по одной из версий, поступила с самого «верха» – от вице-премьера Игоря Сечина, в чьи намерения не входило сохранение ЮКОСа. Об участии в своей судьбе этого человека говорил сам Алексанян после освобождения из СИЗО в интервью «Нью тайме»: «Когда я сидел в тюрьме, ко мне приходили люди и говорили, что Сечин приказал: “Живым не выпускать!” Мне передавали такие пугалки и страшилки».
Василий Георгиевич не пробыл в новой должности и недели, когда 7 апреля 2006 года он был задержан спецназом (кадры захвата показывали по центральному телевидению) и затем арестован с подачи следствия Басманным районным судом г. Москвы. Та же команда следователей, которая создавала дела против Ходорковского и Лебедева, обвинила Алексаняна в хищении имущества ОАО «Томскнефть», а также акций ряда предприятий, внесенных государством в уставный капитал ОАО «Восточная нефтяная компания». Эти действия якобы были им совершены в составе организованной группы, куда также входили член Совета директоров ОАО «НК “ЮКОС”», первый заместитель председателя правления ООО «ЮКОС-Москва» Леонид Невзлин, заместитель начальника правового управления ООО «ЮКОС-Москва» Дмитрий Гололобов, начальник отдела по работе с предприятиями правового управления ООО «ЮКОС-Москва» Светлана Бахмина, управляющий делами ЗАО «ЮКОС-ЭП» Рамиль Бурганов и другие, неустановленные следствием лица.
Поскольку к тому времени следствием Генпрокуратуры уже был активно распространен опыт вменения в совокупности с хищением еще и такого особо тяжкого состава, как легализация (до 15 лет лишения свободы на тот момент), то в обвинении присутствовал и он. А «до кучи» следователи инкриминировали уклонение от уплаты личных налогов.
В обвинительном заключении, составленном по итогам предварительного следствия, его авторы приписали Алексаняну следующую роль: он со своими подчиненными Гололобовым и Бахминой разработал план и схему хищения акций и иного имущества ОАО «Томскнефть», определил юридических лиц в качестве подставных коммерческих организаций для передачи через них похищенных активов в управление и распоряжение организованной группы, обеспечил последующую их легализацию, определяя способы совершения финансовых операций и других сделок, и совместно с Невзлиным руководил действиями участников организованной группы во время совершения преступлений.
О дальнейших событиях много писалось в прессе, поэтому остановлюсь коротко на хронике развития событий. В следственном изоляторе у Василия Алексаняна обнаружился целый букет крайне опасных заболеваний, требовавших качественного лечения в надлежащих условиях специализированного медицинского учреждения. Понятно, что нахождение в условиях несвободы в данной ситуации не способствовало улучшению состояния здоровья. При этом освобождение Алексаняна из-под стражи в планы властей не входило, да и с медицинской помощью они не особенно спешили.
Его друг и одновременно защитник Геворг Дангян со слов подзащитного затем так описывал условия содержания в следственном изоляторе: «В его камере было жутко холодно, Алексанян год спал одетый. Плесень, грибок. По стенам текла вода. Алексанян говорил, что эти стены помнят еще Берию и Абакумова. Для человека с низким иммунитетом это был приговор. И так как лечение ВИЧ-инфекции так и не было начато, в июне 2007 года ему резко стало хуже: постоянно и сильно болела голова, горло, распухшие лимфатические узлы на шее. Алексаняну было невыносимо больно…» (Московский комсомолец, 22 мая 2012 г.).
27 декабря 2007 года Василий Алексанян выступил с обращением к журналистам и правозащитникам, которое распространили фонд «В защиту прав заключенных» и информационное агентство «За права человека». В этом обращении, озаглавленном «Российские власти поставили меня на край могилы», он описал свои злоключения, указав, что не получает жизненно необходимой ему химиотерапии и не имеет возможности лечиться в специализированной гражданской клинике, куда был поставлен на учет в связи с обнаруженным у него заболеванием. «При этом я предпринял все от меня зависящее, чтобы добиться проведения химиотерапии… Но лечение так до сих пор начато и не было. Более того, следствие, признавая правомерность моих требований об обеспечении условий лечения, не только не предприняло никаких действий в этом направлении, но и совместно с СИЗО препятствовало моему доступу к лечащему врачу и врачам – специалистам из гражданской клиники. Закономерным результатом такого развития событий явилось существенное ухудшение моего физического состояния, переход заболевания в более тяжелую стадию, развитие ряда других заболеваний, таких как опухоль печени и лимфатических узлов».
Завершая этот трагический крик о помощи, Алексанян по сути выносит приговор своим мучителям: «В результате незаконного почти двухлетнего содержания в тюрьме еще до суда я, будучи практически слепым, доведен до критического предсмертного состояния сознательными, хорошо спланированными совместными действиями прокуроров, следователей, судей и тюремных врачей. При этом все время не прекращались попытки сделать меня лжесвидетелем и получить от меня показания, порочащие других руководителей компании НК “ЮКОС”, в обмен на изменение мне меры пресечения по состоянию здоровья, то есть фактически в обмен на жизнь. Это немыслимо в XXI веке, но происходит в реальности под завесой замалчивания, сокрытия фактов и лжи».
Европейский суд по правам человека дважды требовал от России принятия оперативных мер для исправления крайне опасной ситуации, но успехов в этом не достиг. Вот что было затем указано в постановлении от 22 декабря 2008 года по делу «Алексанян против Российской Федерации»:
