В Симбирске собрались Панин, Потемкин, Суворов и Михельсон. Панин, более чем холодно относившийся к Потемкину, тем не менее поручил ему начать допрос Пугачева. Какому-то художнику, имя которого осталось неизвестным, приказал сделать портрет Пугачева, «сего адского изверга».
Панин показывал своего пленника многим людям, приезжавшим посмотреть на него. Среди них был и Державин. Главнокомандующий, хваставший всем, что «злодей» в его руках, самодовольно спросил поэта:
— Видели ли Вы Пугачева?
— Видел на коне под Петровском.
— Прикажи, — граф обратился к Михельсону, — привести Емельку.
Ввели Пугачева в оковах, одетого в засаленный, очень поношенный тулуп. Войдя в комнату, он встал на колени, Панин глянул насмешливо:
— Здоров ли, Емелька?
— Ночей не сплю. Все плачу, батюшка, ваше графское сиятельство.
— Надейся на милосердие государыни.
Однажды в приемной у главнокомандующего собралось до 200 военных и гражданских лиц. Снова, по его указанию, привели Пугачева. И опять граф разыграл сцену:
— Как мог ты, изверг, вздумать быть царем России?!
— Виноват, — Емельян поклонился до земли, — перед богом, государынею и министрами.
Панин, разгоряченный и рассерженный, поднял было правую руку, чтобы ударить, но тут же, исторгнув слезы, истерически воздел вверх руки:
— Господи! Я осквернил было мои руки!
Забыв, что недавно он уже «осквернил» свои руки, этот сановный крепостник со старческими рыданиями восклицал:
— Боже милосердный! Во гневе твоем праведно наказал ты нас сим злодеем.
Рунич, описавший эту сцену, добавляет: «Все присутствовавшие как окаменелые безмолвствовали». Так в лице графа Панина, главного карателя и вешателя на заключительном этапе Крестьянской войны, выражало свой гнев и возмущение российское дворянство, жаждавшее мести, крови «рабов», своей «крещеной собственности».
В Симбирске Пугачева допрашивали пять дней. Вели допросы Панин и Потемкин. Применялись самые ужасные пытки. «Всеми мучениями, какие только жестокость человеческая выдумать может» следователи стремились сломить волю, мужество народного предводителя. О методах, которые применял Потемкин, хорошо написал В.Г. Короленко: «К несчастью для последующей истории, первоначальное следствие о Пугачеве попало в руки ничтожного и совершенно бездарного человека — Павла Потемкина, который, по-видимому, прилагал все старания к тому, чтобы первоначальный облик „изверга“, воспитанного „адским млеком“, как-нибудь не исказился реальными чертами. А так как в его распоряжении находились милостиво предоставленные ему „великой“ Екатериной застенки и пытки, то понятно, что весь материал следствия сложился в этом предвзятом направлении: лубочный, одноцветный образ закреплялся вынужденными показаниями, а действительный образ живого человека утопал под суздальской мазней застеночных протоколов».
Конечно, дворянам выгодно было изобразить Пугачева этаким исчадием ада, извергом рода человеческого, от поступков которого пострадали «всенародно» жители тех районов, где действовал он и его повстанцы. При этом, как всегда бывало в подобных случаях, они выдавали свои неприятности и невзгоды за общенародное бедствие. Правда, Крестьянская война, и в этом одна из ее великих исторических заслуг, показала, как ничто другое, какая стена, баррикада разделяет классовые интересы эксплуатируемых и эксплуататоров. Феодалам, доводы и увещания которых явно били мимо цели, не оставалось ничего иного, как пытать и карать, жечь и вешать, что они и делали с беспощадной жестокостью.
Одновременно с допросами Пугачева предпринимались другие меры. На пути от Симбирска к Москве готовились промежуточные станции (в 60 верстах друг от друга) для ночлегов, где ставились роты для охраны каждой из них. В Москву свозили главных сподвижников Емельяна Ивановича. В Казани, взятие которой восставшими произвело на всех сильнейшее впечатление, на площади прочитали указ о поимке Пугачева и сожгли его портрет, сделанный в Симбирске. Свидетельницей заставили выступить Устинью. Творогов и Федульев каялись в своих прегрешениях. Еще ранее указом императрицы 13 октября 1774 года станицу Зимовейскую переименовали в Потемкинскую и предписали перенести ее на противоположный, левый берег Дона. Указом же 15 января 1775 года реку Яик переименовали в Урал, а Яицкий городок — в Уральск. Власти делали все, чтобы вытравить в народе память о Пугачеве и всем, что с ним было связано.
Пыточных дел мастера во главе с Потемкиным допрашивали Пугачева в Симбирске, выпытывали, «не подкуплен ли он был какими иностранцами или особенно кем из одной или другой столицы, Москвы и Петербурга, на беззаконное объявление себя императором Петром III». Следователям и императрице, которая фактически возглавляла и направляла их работу, казалось, что Пугачевым кто-то руководил, что сам он не мог поднять людей на такое дело по своей неграмотности, темноте. Не могли понять они ту простую истину, что действиями Пугачева и пугачевцев двигало чувство классового протеста, решимости поднять борьбу против зла, несправедливости, угнетения простого народа. Это в какой-то степени понимали и отмечали самые проницательные представители дворянства, например Бибиков, Маврин.
Во время допросов Маврин, даже Потемкин и другие не раз могли убедиться в том, что Пугачев, несмотря на весь царистский камуфляж, выступал по собственной инициативе, при поддержке угнетенных за их интересы, за правое дело. Рунич в записках сообщает, что в ответ на вопросы следователей Емельян Иванович «с твердым голосом и духом отвечал, что никто его как из иностранцев, так из Петербурга и Москвы никогда не подкупал и на бунт не поощрял».
25 октября конвой с Пугачевым выехал из Симбирска. Его сопровождали капитан А.П. Галахов, десять других офицеров, 40 гренадеров, 40 яицких казаков. От станции до станции их сопровождали посменно по две роты пехоты с двумя пушками. «Маркиза Пугачева, — торжествующе писала императрица барону Мельхиору Гримму, одному из знаменитых энциклопедистов, своему корреспонденту во Франции, — везут теперь из Симбирска в Москву, связанного, окрученного, словно медведя, а в Москве его ожидает виселица».
По словам Рунича, Пугачев в Симбирске пребывал в состоянии «уныния и задумчивости». По дороге же в Москву «стал разговорчивее, веселее и каждый вечер на ночлеге рассказывал нам о военных своих подвигах и разных приключениях своей жизни».
Конвой следовал через Алатырь, Арзамас, Муром, Владимир.
3 ноября Пугачев прибыл в село Ивановское, в 29 верстах от Москвы по Владимирской дороге. Здесь к конвою присоединилась команда полицейских гусар. Ожидался «злодей» на следующий день. Вся Москва готовилась к встрече. Сенатор П.А. Вяземский, брат генерал-прокурора Сената, писал ему: «Завтрашний день привезут к нам в Москву злодея Пугачева. И я думаю, что зрителей будет великое множество, а особливо — барынь, ибо я сегодня слышал, что везде по улицам ищут окошечка, откуда бы посмотреть».