Хотя в училище у Алексеева была «временная работа», вскоре преподавательский труд станет для него основным.
Но пока опережала штабная «карьера». 26 ноября 1890 г. последовало назначение на должность старшего адъютанта при штабе 1-го армейского корпуса, а с 31 мая 1894 г., накануне производства в чин подполковника (30 августа 1894 г.), — перевод в канцелярию Военно-учебного комитета Главного штаба на должность младшего делопроизводителя. Административная работа в штабе корпуса была достаточно хорошо известна ему, хотя и не вызывала большого энтузиазма из-за отсутствия творческой инициативы. «Бумажные дела» чередовались с полевыми выходами, лагерными сборами, преподавательской работой. Свой командный ценз Алексеев проходил в должности командира батальона Лейб-Гвардии Гренадерского полка (с 8 мая по 16 сентября 1899 г.).
Что же касается Военно-учебного комитета, то в нем, без преувеличения, начал формироваться стратегический талант Михаила Васильевича — то, что позднее станет своеобразным «стилем» его штабной работы. Здесь он, по собственному признанию, научился анализировать особенности ведения современной войны, учитывать сложность комплексной характеристики театра военных действий, технического оснащения противостоящих армий, наличия путей сообщения, фронтовых резервов, продовольственного снабжения. Именно ко времени работы Алексеева в Военно-учебном комитете наметились разработки будущих операций русских войск на западной границе, в частности — планы нанесения ударов по Австро-Венгрии через Галицию, Карпаты.
В Комитет регулярно поступала информация о численности армий европейских государств, их вооружении и обучении. Одним из направлений работы становилось изучение возможностей проведения операции но захвату черноморских проливов и «освобождению Константинополя» от «османского владычества». Все это тщательно изучалось и анализировалось штабными работниками, и все это стало в будущем основой оперативно-стратегических планов России накануне Второй Отечественной войны. В 1902 г., во время служебной командировки в Одесский военный округ, Михаил Васильевич присутствовал на окружных маневрах, проводившихся совместно с Черноморским флотом. Была проведена довольно сложная но тем временам операция — высадка десанта, при поддержке корабельной артиллерии. Однако Алексеев остался не вполне удовлетворен результатами учений, отмечая в отчете недостаточную оперативность десанта при погрузке и высадке, а также необходимость более смелых и точных действий командования, офицеров и матросов флота.
Успешно продолжалась и преподавательская деятельность Алексеева. С ноября 1893 г. он начал проводить занятия по уже привычному для него курсу тактики в Николаевской академии Генерального штаба. Более двадцати лет основным учебным пособием по этой дисциплине был учебник, написанный генералом Драгомировым, профессором кафедры тактики, являвшимся начальником Академии до 1889 г. Алексеев стремился по-новому, самостоятельно подойти к изложению материала и всегда отдавал предпочтение практике перед теорией.
В 90-е гг. обучение в Академии в очередной раз корректировалось. В учебный план, но инициативе генерал-майора Д.Ф. Масловского, был — «в виде опыта» — включен курс истории русского военного искусства. Хронологически лекции охватывали период с начала XVII века до середины XIX века включительно. Однако изучение последних по времени сражений Русско-турецкой войны 1877—1878 гг. не проводилось, в частности, из-за порочного стремления академического руководства исключить возможную отрицательную критику лекторами действий еще здравствующих военачальников, участников боевых операций на Балканах.
К концу 90-х гг. активным сторонником утверждения нового учебного курса являлся почетный член Русского военно-исторического общества полковник А.З. Мышлаевский. В его ходатайстве от Академии перед начальником Главного штаба указывалось, что «история… русского военного дела не нашла себе места ни в общем курсе истории военного искусства, ни в военной истории, которой не дозволяли останавливаться над деяниями русских полководцев». Просьба была удовлетворена, и в июне 1898 г. приказом но Военному ведомству в составе Академии была создана самостоятельная кафедра Истории русского военного искусства, реорганизованная позднее в кафедру Истории военного искусства. Впервые богатейший опыт отечественной и зарубежной военной истории стал изучаться комплексно, с учетом возможного его применения в будущем, а военно-патриотическое воспитание русского офицерства получило при этом дополнительный стимул.
Создание новой кафедры потребовало привлечения новых профессорско-преподавательских кадров. Первым ординарным профессором новой кафедры стал полковник Мышлаевский, а и.д. экстраординарного профессора был назначен полковник Алексеев (с 26 августа 1898 г. по 24 декабря 1901 г.). В дополнение к курсу тактики ему поручалось проведение занятий по курсу отечественного военного искусства по темам, связанным с историей XVIII столетия. Нужно отметить, что подобного рода назначение на преподавательскую работу в Академию се недавнего выпускника было в то время явлением исключительным. Ведь Алексеев не имел значительных ученых трудов и не имел еще достаточной известности в военно-научных кругах. Впоследствии он прошел через все ученые звания в Академии, став ординарным (с 24 декабря 1901 г. по 6 июня 1904 г.), а затем — заслуженным профессором Николаевской академии Генерального штаба (с 6 июня 1904 г.). Будучи начальником штаба Киевского военного округа, был избран почетным членом Конференции Императорской Николаевской военной академии (16 декабря 1908 г.){11}.
К каждой лекции Алексеев тщательно готовился, стремился не упустить ни малейшей детали в том или ином вопросе учебной программы. Появились его первые научные публикации. Особое внимание Алексеев уделял при этом военному искусству А.В. Суворова. Но воспоминаниям Кирилина, «работать приходилось по 15—20 часов в сутки, причем М[ихаил] Васильевич] был всегда… не мрачным педагогом, а веселым и жизнерадостным собеседником». Эту оценку Кирилина следует относить, по сути, к любимому и хорошо проводимому Алексеевым курсу тактики.
Правда, но свидетельству Генерального штаба генерал-майора Б.В. Геруа, не всегда его лекции воспринимались с интересом. Во внешности профессора «ничего не было от Марса. Косой, в очках, небольшого роста. В лице что-то монгольское, почему его иногда звали “японцем”. Он… провел всю свою службу Генерального штаба в кабинете, занимая ответственные должности в Главном Управлении Генерального штаба, а в Академии — работая по кафедре русского военного искусства… Алексеев был коллегой Мышлаевского и читал курс, относившийся к эпохам Елизаветы и Екатерины II. Лектор он был плохой, привести в законченный вид и напечатать свой курс не имел времени, но практическими занятиями руководил превосходно».
