Есть основания полагать, что на эту роль император Николай с самого начала планировал Сперанского. Он поручил ему написать Манифест о событиях 14 декабря 1825 года. Спустя месяц, в январе 1826 года, его величество направил на редакцию к Сперанскому проект Манифеста об учреждении суда над декабристами. Возвращая государю отредактированный проект, Сперанский приложил к нему записку, в которой убеждал его «отложить сей проект до того времени, как дело созреет до суда».
Сперанский охотно пошел на сотрудничество с Николаем I в деле расправы над декабристами: он не просто исполнил возложенное на него императором поручение, но проявил при этом инициативу. Думается, это не случайно. С новым государем Михайло Михайлович связывал надежды на новое возвышение. Служивший при нем Г. С. Батеньков вспоминал впоследствии о том, как утром 13 декабря 1825 года вошел в кабинет Сперанского вслед за его дочерью. «Лиза, тебе надобно снять свой траур», — услышал он голос Сперанского. «Разве государь приехал?» — удивилась дочь. «Государь здесь», — сказал Сперанский. «Николай Павлович, не правда ли?» — «Точно так, надобно вас поздравить». — «Я не знаю, как господа мужчины, — прореагировала Елизавета Михайловна, — а мы, женщины, сему чрезмерно рады». — «И мы рады, — подхватил Сперанский, — это человек необыкновенный. По первому приему он обещает нового Петра». В то время Михайло Михайлович совсем не предполагал, что его отношения с императором Николаем окажутся ненамного проще тех, что были у него с императором Александром.
К допросам декабристов следственный комитет приступил 23 декабря. И именно с этого дня в показаниях подследственных замелькало имя Сперанского. Подпоручик А. Н. Андреев сказал на допросе генерал-адъютанту Левашову: «Надежда общества была основана на пособии Совета и Сената, и мне называли членов первого — господ Мордвинова и Сперанского, готовых воспользоваться случаем, буде мы оный изыщем. Господин же Рылеев уверял меня, что сии государственные члены извещены о нашем обществе и намерении и оное одабривают». Впоследствии на очной ставке с Рылеевым Андреев откажется от этих слов, но подозрение в связях с мятежниками уже легло на Сперанского.
24 декабря имя Сперанского фигурировало в показаниях Рылеева. На следующий день о нем говорил Каховский, затем — Трубецкой. 30 декабря состоялось 14-е заседание «Тайного комитета». Журнал этого заседания среди разного рода сведений отразил следующее: «Допрашиваем был лейб-гвардии Гренадерского полка поручик Сутгоф, который, между прочим, показал, будто Каховский сказал ему, что Батеньков связывает общество с Сперанским и что генерал Ермолов знает об обществе». 2 января Батенькова спросили, что он может сказать по поводу данных показаний Сутгофа. Гавриил Степанович ответил: «Чтобы я связывал общество с господином Сперанским и чтоб оно было с ним чрез меня в сношении — сие есть такая клевета, к которой ни малейшего повода и придумать я не могу… С г. Сперанским, как с начальником моим и благодетелем, я никогда не осмеливался рассуждать ни о чем, выходящем из круга служебных или семейных дел».
В течение трех дней — 2, 3, 4 января — «Тайный комитет» стремился выяснить подробности пребывания у Сперанского в ночь с 13 на 14 декабря Батенькова, Краснокутского и Корниловича. Батеньков заявил, что не был тогда у Сперанского, и это подтвердили его товарищи. И Красно-кутский, и Корнилович согласились, что были у Сперанского, но не в ночь с 13-е на 14-е, а с шести до семи часов вечера 13 декабря. По их словам, приходили они «просто с визитом», провели все время в гостиной, где находились зять Сперанского, его дочь, какой-то офицер артиллерии и еще кое-кто. Сам Сперанский «вышел из своего кабинета на четверть часа» и вскоре ушел.
Во время допросов арестованных следственному комитету удалось установить, что Сперанский планировался декабристами, наряду с Мордвиновым, в состав Временного правительства. 4 января Рылеев прямо заявил следователям: «Признаюсь, я думал, что Сперанский не откажется занять место во временном правительстве. Это основывал я на его любви к отечеству и на словах Батенькова, который мне однажды сказал: "Во временное правительство надо назначить людей известных". И когда я ему на это сказал, что мы думаем назначить Мордвинова и Сперанского, то он сказал: "Хорошо"». Декабрист М. Ф. Митьков также показал на допросе, что «неоднократно слышал, что общество считало на подпору г-на Мордвинова и Сперанского».
Более всего оснований для предположения о причастности Сперанского к делу декабристов давали его тесные взаимоотношения с Г. С. Батеньковым. Гавриил Степанович повстречался Михаиле Михайловичу в Сибири, где был управляющим десятым округом путей сообщения, и с первого же знакомства произвел на него чрезвычайно благоприятное впечатление как умом своим, так и познаниями. Михайло Михайлович не преминул воспользоваться его помощью в разработке различных проектов по переустройству управления Сибирью и в последующем взял его с собой в Петербург для работы в Сибирском комитете. Батеньков даже поселился в доме Сперанского. Еще в сентябре 1819 года он писал своим друзьям, что Сперанский с первого свидания полюбил его и привык ежедневно с ним работать. «Я в таких теперь к нему отношениях, — сообщал будущий декабрист, — что могу говорить все как бы другу и не помнить о великом различии наших достоинств». Вряд ли можно сомневаться в том, что и свое вступление в тайное революционное общество Батеньков не скрыл от своего старшего, умудренного опытом друга.
Все эти факты вызывали у императора Николая серьезную тревогу. Он был заинтересован поэтому в том, чтобы следствие по ним продолжалось. Но, с другой стороны, новый государь не желал здесь гласности, поскольку не только участие в заговоре, но уже одно присутствие известных своим умом сановников — членов Государственного совета — в планах восставших дворян подрывало навязывавшуюся им русскому обществу и загранице версию о том, что эти люди были всего лишь кучкой отщепенцев, безнравственных по своим устремлениям, одиноких и не пользовавшихся никакой поддержкой в обществе. Выход из данного противоречия император легко нашел: он распорядился придать дальнейшему следствию по делу Сперанского и Мордвинова секретный характер. Дело это было выведено за рамки следственного комитета и сосредоточено в руках доверенного лица императора Николая А. X. Бенкендорфа. Делопроизводителем же секретного следствия оставлен был Боровков. Позднее в своих автобиографических записках он особо отмечал, что изыскание по делам членов Государственного совета Мордвинова, Сперанского, а также генерала Киселева и сенатора Баранова «было произведено с такою тайною, что даже чиновники Комитета не знали; я сам собственноручно писал производство и хранил у себя отдельно, не вводя в общее дело».
