Однако, вскоре после того как Михайло Сперанский стал семинаристом, в семинарию поступила из столицы инструкция, строго запрещавшая телесные наказания учеников, причем запрет был наложен не только на битье палками, но даже на простые пощечины и тычки, драние за уши или волосы. Более того, наставникам семинаристов предписывалось воздерживаться от любых вообще деяний, так или иначе посрамляющих воспитанников, затрагивающих их честь и достоинство. Инструкция безжалостно изгоняла из лексикона учителя словечки типа: «уши ослиные», «осел», «скотина». Конечно, процветавшая в семинарии практика физических и моральных истязаний учеников не могла исчезнуть враз — можно с уверенностью предположить, что она продолжала иметь место, но, безусловно, масштабы ее должны были уменьшиться. Неизменным в воспитании семинаристов осталось одно: стремление внушить им некий безотчетный страх, преклонение перед власть предержащими выработать автоматизм послушания начальству. Семинария и в тот период, когда обучался в ней Сперанский, продолжала служить школой угодничества, лицемерия и лести. Подавляющее большинство семинаристов успешно оканчивали эту школу, проявляя требуемые ею свойства с первых же лет обучения. Бывало, ректор семинарии входил в какой-нибудь класс — лица семинаристов мгновенно покрывались бледностью, а руки их начинали часто и мелко дрожать. При появлении же архиерея будущих священнослужителей буквально сотрясало от страха. Архиерей спрашивал у кого-либо из семинаристов заданный урок, который семинарист накануне выучивал досконально, но у того от страха язык отсыхал, горло сжималось, и нельзя было услышать от него не только ответа, но даже и простого звука. Учитель пояснял архиерею, указывая на онемевшего семинариста: «Оробел-с». И архиерей с улыбкой отпускал несчастного, выспрашивая при этом его фамилию, с тем чтобы запомнить его как человека, способного повиноваться властям.
Строго упорядоченная семинарская жизнь была бы для Михайлы Сперанского значительно более тягостной, если бы не приютил его в своем доме Матвей Богословский. Михайла подружился с его сыном Петром, поступившим во Владимирскую семинарию в одно время с ним[20], но особенно привязался к своей двоюродной сестре Татьяне Матвеевне. Она была тогда уже замужем — за священником Владимирской Зачатьевской церкви Иваном Тимофеевичем Смирновым — но проживала вместе с мужем в доме своего отца.
Когда в ходе перепланировки улиц города Владимира этот дом пошел под снос и Матвею Богословскому пришлось переселиться в наемную квартиру, Смирновы построили себе собственный дом. Переезжая в него, взяли с собой и Михаилу Сперанского.
Татьяна Матвеевна Смирнова прожила до глубокой старости и умерла в 1837 году. После того как ее двоюродный брат стал знаменитым, она охотно рассказывала о том, каким он был в годы своей учебы во Владимирской семинарии. «Бывало, — вспоминала она, — станешь заставлять Петра сделать что-нибудь или куда сходить: он начнет отговариваться, а мой Миша, услышавши это, тотчас бросит свое дело и говорит: угодно ли, сестрица, я сделаю или схожу; пусть Петя учит урок, а я свой уж знаю». «В зимние вечера иногда за работою долго засидишься. Мой Миша, выучивши свой урок, не идет от меня. Заставляю спать — не ложится. Тебе, говорит, одной скучно будет сидеть; я еще немножко посижу с тобой и поговорим что-нибудь». Сперанский же, в свою очередь, став взрослым, с особой теплотой вспоминал о своей старшей сестрице — Татьяне Матвеевне. «Не та только мать, которая родила меня, но и та, которая воспитала», — будет говорить он, имея в виду ее.
Обучаясь в семинарии, Михайло одновременно исполнял обязанности пономаря в своей родной деревне, за что получал 6 рублей в год, ровно столько, сколько платила ему казна как семинаристу. Вместе с тем его как обладателя хорошего голоса приняли в архиерейский хор. Кроме того, с 1787 года семинарист Сперанский являлся келейником префекта семинарии игумена Евгения, и эта должность была для него много важнее пономарства. Прислуживая игумену при богослужениях и дома, Михайло имел возможность пользоваться его богатой библиотекой, да и само общение с этим человеком много значило для душевного развития юного семинариста. Внук Т. М. Смирновой — Н. И. Флоринский опубликует в 1874 году в журнале «Душеполезное чтение» статью «Некоторые черты из жизни графа Сперанского», в которой напишет об этом эпизоде его семинарской жизни: «Михаил Михайлович с детства имел любовь к чтению книг, и, когда представился ему удобный случай пользоваться достаточной по тому времени библиотекой префекта Владимирской семинарии — игумена Боголюбовской обители[21], отца Евгения, взявшего гениального юношу к себе в келейники, Сперанский со всем усердием предался любимому своему занятию. По приготовлении классных уроков он посвящал чтению целые вечера. Зная об этом, товарищи Михаила Михайловича, глубоко уважавшие его высокую личность, обращались к нему с усердными просьбами поделиться с ними богатством собираемых сведений… Следствием просьб товарищеских было то, что в курсе, где шел Сперанский, образовались собственные, ученические лекции».
Префект Владимирской семинарии Евгений (в миру Емилиан Романов) был в апреле 1789 года переведен на должность настоятеля Волоколамского Иосифова монастыря в честь Успения Пресвятой Богородицы. В декабре того же года его определят на место архимандрита располагавшегося во Владимирской епархии Цареконстантиновского монастыря. В 1794 году он станет ректором Ярославской духовной семинарии и настоятелем ростовского Борисоглебского монастыря. В 1795 году Евгений займет место архимандрита Новоторжского монастыря во имя святых благоверных князей Бориса и Глеба. С 1 марта 1798 года он будет исполнять должность ректора Тверской духовной семинарии. 13 января 1800 года его назначат архимандритом Макариева Калязинского монастыря во имя Святой Живоначальной Троицы. 4 марта 1800 года Евгений будет возведен в сан епископа Костромского. Сперанский сохранит общение со своим наставником — в основном, правда, через посредство переписки — вплоть до самой его смерти 9 декабря 1811 года. И будет писать ему о своих душевных состояниях с такой откровенностью, с какой обыкновенно пишут лишь близкому по духу человеку.
К последним годам обучения Сперанского во Владимирской семинарии относятся его первые творческие опыты. К сожалению, пожар, случившийся в Черкутине в 1834 году, уничтожил бумаги, на которых он писал свои отроческие сочинения. От огня уцелели только некоторые обрывки этих бумаг. На одном из них, представляющем собой лист календаря за 1786 год, сохранилась следующая запись, сделанная рукою семинариста Сперанского: «Бежи во Египет. Бог всемогущ и повелевает убегать. Он бы мог избавить; но мы не должны надеяться непосредственно на Бога, зная, что Бог чудес без причины не делает. Человек имеет разум. Если бы Бог непосредственно промышлял о человеке, то чрез сие человек повергнулся бы в праздность, и будучи в праздности и удовольствии позабыл бы Бога».