1903 – в первых трех номерах «Нового пути» публикуется «Судьба Гоголя». Помимо того, наличие «своего» журнала позволяет Мережковскому опубликовать «крамольный» реферат «Толстой и Русская Церковь» (№ 2). Выходит отдельное издание второго тома «Л. Толстого и Достоевского» и переиздается первый том. В этом же году трактат «Л. Толстой и Достоевский» издается и во Франции (перевод М. Э. Прозора). Мережковский напряженно работает над «Петром и Алексеем» и публикует отрывок из романа в очередном выпуске «Северных цветов». В марте против Религиозно-философских собраний выступает о. Иоанн Кронштадтский. 2 апреля в газете «Заря» появляется статья писательницы Н. А. Лухмановой «Кто дал им право?» с требованием запретить Религиозно-философские собрания. 3 апреля (Великий четверг) Мережковский, пытаясь уладить дело, посещает Александро-Невскую лавру и на лестнице проваливается в стеклянный люк, сильно порезавшись. 5 апреля Мережковским сообщают о намерении властей запретить Религиозно-философские собрания, и 19 апреля проходит последнее, двадцать второе заседание. Протоколы заседаний до конца года появляются в «Новом пути», однако и издание журнала «повисло на волоске»: П. П. Перцов заявил о своем желании «ликвидировать дело». В середине мая Мережковский и Гиппиус посещают В. Я. Брюсова в московском издательстве «Скорпион». Летом Мережковские снимают дачу под Лугой по соседству с Поликсеной Соловьевой-Allegro. Дмитрий Сергеевич много беседует с ней о ее покойном брате-философе (В. С. Соловьев скончался в 1900 году). В начале июля Дягилев предлагает Мережковским объединить «Мир искусства» и «Новый путь», создав новый «большой» журнал. Для переговоров Мережковские приезжают в Петербург, где встречаются с Дягилевым, Философовым и А. П. Чеховым, однако данный «проект» не состоялся из-за нежелания Чехова сотрудничать с проповедниками «неохристианства». Во второй половине июля на даче у Мережковских гостит П. П. Перцов, которого они убеждают в необходимости продолжить работу в «Новом пути». В сентябре Мережковские возвращаются в Петербург. 10 октября скоропостижно умирает А. С. Гиппиус, теща писателя. Во время похорон Мережковскому и Гиппиус много помогает Философов, который теперь окончательно остается в их «орбите». «Дягилевский кружок» к этому времени распался и журнал «Мир искусства» прекратил существование. «Новый путь», несмотря на трудности, решено продолжать: подписку спасает обещанный в новом году роман «Петр и Алексей».
1904 – 14 января японский флот атаковал русские корабли «Варяг» и «Кореец», началась война России с Японией. В Петербурге война в первые месяцы не ощущается и продолжается мирная жизнь. В «Новом пути» публикуется «Петр и Алексей» (№ 1–5 и № 9– 12). Помимо того в журнале в этом году выходят статьи Мережковского «Новый Вавилон» (№ 3) и «О свободе слова» (№ 10). Зимой Мережковский много общается с вдовой Достоевского, которая соглашается отдать в «Новый путь» неизданные материалы писателя и его записные книжки. Это придает журналу особый «академический» статус. Однако все треволнения этих месяцев пагубно сказались на здоровье Мережковского: у него начала развиваться нервная болезнь и по совету известного врача-психиатра И. С. Мержеевского он уезжает из Петербурга. В начале февраля Мережковские в сопровождении Философова отбывают на Иматру. После возвращения восстановленного «троебратства» в Петербург Философов занимает в редакции «Нового пути» (переехавшей к этому времени в Саперный переулок, 10) место отошедшего от дел Перцова. В марте секретарем редакции «Нового пути» вместо Е. А. Егорова становится поэт Г. И. Чулков. В мае Мережковские уезжают в Берхтесгаден (Австрия) и по пути заезжают на два дня (11–12 мая) в Ясную Поляну, где беседуют с Л. Н. Толстым. В Россию они возвращаются в августе и сразу уезжают на дачу в Гатчину. Сестры Гиппиус Татьяна и Наталья переселяются после смерти матери в дом Мурузи, поэтому вернувшиеся в город в октябре Мережковские занимают здесь новую, более просторную квартиру. Осенью – зимой особо активизируется их общение с «апокалиптиками» Блоком и Андреем Белым (последний во время частых поездок из Москвы в Петербург останавливается у Мережковских). Если начало японской войны Мережковский встретил равнодушно, то теперь его и Гиппиус охватывает предчувствие грядущей революционной катастрофы. В этот сезон фактическое руководство журналом «Новый путь» переходит к группе молодых философов-идеалистов во главе с Н. А. Бердяевым (на следующий год они попытаются продолжить журнал под новым названием – «Вопросы жизни»; февраль-декабрь 1905). Оставив издательские хлопоты, Мережковские начинают сотрудничать в брюсовских «Весах». В этом году отдельными изданиями переизданы переводы греческих трагедий и романа Лонгуса «Дафнис и Хлоя», а также переиздана книга «Любовь сильнее смерти». В «Скорпионе» выходит «Собрание стихов» Мережковского.
1905 – 5 января Философов окончательно переезжает в дом Мурузи. 9 января после расстрела шествия рабочих Мережковские, Философов и гостивший у них Андрей Белый устраивают с помощью студентов «протест» в Александринском театре, а затем – слушают речь Г. А. Гапона в Вольно-экономическом обществе. Несколько дней после этого Мережковский ожидает ареста. В журналах «Полярная звезда» и «Вопросы жизни» на протяжении года появляются первые из его «мистико-революционных» статей, среди них – «Грядущий Хам». 1–2 мая русский флот разгромлен японским в Цусимском сражении. В мае «троебратство» едет в Крым, откуда Философов возвращается в Петербург, а Мережковские отправляются в Константинополь, затем – на Принцевы острова. В Одессе, куда они прибывают из этого морского путешествия, Мережковский встречает раненых офицеров-портартурцев и потрясен их «ненормальным» видом. Летом Мережковские и Философов живут в имении Кобрино под Петербургом. Под воздействием событий лета, прежде всего – поражения России в войне с Японией, Мережковский стремительно «левеет». 29 июля в беседе с Гиппиус он говорит, что окончательно уверился в «антихристианской» сущности русского самодержавия. Тогда же он высказывает мысль, что для «переоценки ценностей» «троебратству» необходимо на несколько лет покинуть Россию. Осенью в Петербурге Мережковские и Философов ведут бурную общественную жизнь, знакомятся с революционерами, в том числе – с А. М. Коллонтай. 17 октября Мережковский приветствует введение гражданских свобод, однако симпатии его уже на стороне «радикальных» революционеров, прежде всего – эсеров. С октября начинает функционировать салон на «башне» Вяч. И. Иванова, который посещают Мережковские. На эту осень приходится и внезапный роман Мережковского с «оргиасткой» Л. Н. Вилькиной, из-за которого вновь чуть не рухнуло «троебратство». В конце года ведется работа над поэмой «Старинные октавы», публикация которой состоится в московском журнале «Золотое руно» (№ 1–4) в следующем, 1906 году.
