В то же время, сосредоточив все свои усилия на наступление в районе Мортена, немецкое командование проигнорировало действия французских и американских войск, которые 12 августа вышли к Экуше и Аржантану соответственно, создав угрозу окружения всей немецкой группировки. 15 августа Гитлер в очередной раз отказался дать разрешение об отводе группы армий «Б», однако Клюге все же заявил о своем решении отдать такой приказ. В ответ Гитлер объявил, что Клюге нуждается в немедленном отдыхе, и заменил его генерал-фельдмаршалом Вальтером Моделем. Однако Модель смог принять командование только 17 августа, а до этого — два дня — обязанности командующего группой армий «Б» исполнял Хауссер. 17 августа войска союзников замкнули кольцо окружения близ местечка Фалез. В Фалезском котле оказались 5-я танковая армия Эбербаха и 7-я армия Хауссера. 18 августа вызванный с фронта в Ставку генерал-фельдмаршал Гюнтер фон Клюге по дороге в Мец покончил жизнь самоубийством.
Модель отдал приказ находившимся в окружении войскам «держаться как можно дольше», однако организовать деблокаду извне ему не удалось. Остававшийся в котле Хауссер отдал приказ своим войскам прорываться в ночь на 20 августа поодиночке навстречу деблокирующей группировке. Действия Хауссера спасли жизни почти 1/3 личного состава его армии (5-я танковая армия, которая находилась восточнее, понесла меньшие потери). В кольце осталось около 45 тысяч человек — остатки восьми пехотных дивизий. Кроме того, вышедшие из котла части потеряли практически всю технику и тяжелое вооружение и не могли быть немедленно использованы на фронте без пополнений и переформирований.
Отдав приказ о прорыве, Пауль Хауссер присоединился к группе 1-й танковой дивизии СС «Лейбштандарт Адольф Гитлер»; он шел рядом со своими подчиненными как простой солдат. Когда его группа попала под артиллерийский обстрел, рядом с оберстгруппенфюрером СС разорвался шрапнельный снаряд, и осколки тяжело ранили генерала в лицо. Эсэсовцы положили своего генерала на броню чудом оставшегося на ходу танка и, пробившись через боевые порядки противника, вывезли его из окружения. Раненного Хауссера немедленно отправили в госпиталь люфтваффе в Грейфсвальде, где ему была проведена удачная операция.
Последние четыре месяца войны26 августа находившемуся на больничной койке оберстгруппенфюреру СС и генерал-полковнику войск СС Паулю Хауссеру за отличия в боях в Нормандии были вручены мечи к Рыцарскому кресту Железного креста. Выздоровление шло довольно медленно, и только через пять месяцев — в конце января 1945 года — врачи посчитали возможным возращение Хауссера на фронт. Сначала Хауссеру 23 января было поручено временно исполнять обязанности командующего группой армий «Верхний Рейн» вместо рейхсфюрера СС Генриха Гиммлера. Однако это назначение было промежуточным — группы армий фактически не существовало (хотя формально ей подчинялась 19-я армия), а через 6 дней на базе ее штаба был сформирован штаб группы армий «Висла», во главе все с тем же Генрихом Гиммлером. Хауссеру же 29 января 1945 года было поручено принять от генерал-полковника Йоханнеса Бласковица командование группой армий «Г», которая оборонялась против англо-американских войск в Сааре и Рейнланд-Пфальце. В подчинение Хауссеру были переданы 1-я армия генерала пехоты Ганса фон Обстфельдера, прикрывавшая пространство между Рейном и Мозелем, и 19-я армия генерала пехоты Зигфрида Рашпа, оборонявшая Верхний Рейн и район Кольмара. В самом конце марта Хауссеру подчинили также 7-ю армию (генерал пехоты Ганс Густав Фельбер). Перед группой армий «Г» была поставлена задача оборонять Южную Германию.
Фактически все, что оставалось Хауссеру, не имевшему ни подкреплений, ни техники, это, оказывая сопротивление, медленно отступать на Восток, предпринимая под давлением командования время от времени безуспешные попытки контрнаступления. Хауссер все еще пытался проявить характер и возражать приказам Гитлера, в которых тот требовал «держаться любой ценой». Но даже оспорить приказ, запрещавший войскам группы армий отходить за Рейн, Хауссеру не удалось. Генерал-полковник войск СС уже в открытую критиковал действия Гитлера и даже имел смелость вступить с ним в перепалку, стоившую жизни многим немецким солдатам. Гитлер окончательно разочаровался в своих эсэсовцах, хотя еще год назад он считал, что именно они смогут переломить ситуацию на фронтах. Теперь же, узнав о неудаче Дитриха в Венгрии, он, как всегда безапелляционно, заявил 30 марта 1945 года Геббельсу, что «убежден теперь, что из рядов СС никогда не вышло бы настоящего полководца. Ни Зеппа Дитриха, ни Хауссера нельзя отнести к людям, наделенным большим оперативным талантом».[23]
В это время союзники вновь перешли в наступление, между 1-й и 7-й армиями образовалась брешь, и вновь возникла угроза окружения группы армий. 2 апреля 1945 года Хауссер, не видя больше возможностей к удержанию позиций и стремясь предотвратить ненужные потери, принял решение отвести войска в глубь Южной Германии. Причем заранее зная ответ Гитлера, он не стал просить разрешения на отход, а просто проинформировал Ставку о своем решении. Гитлер пришел в ярость и в тот же день отстранил Хауссера от командования группой армий и назначил на его место командующего сражавшейся против советских войск 17-й армией генерала пехоты Фридриха Шульца.
Больше до конца войны Пауль Хауссер уже командных постов не получил, правда и в отставку генерала СС Гитлер не уволил. 3 апреля 1945 года он распорядился причислить Хауссера к штабу главнокомандующего на Юго-Западе генерал-фельдмаршала Альберта Кессельринга, где, не имея никаких конкретных обязанностей, он и провел оставшиеся до конца войны недели. Лишь 6 мая — то есть уже после самоубийства Гитлера — Кессельринг назначил Хауссера специальным уполномоченным по вопросам безопасности и охраны общественного порядка (Sonderbeauftragter für Sicherheit und Ordnung). На этом посту его и застало известие о подписании Акта о безоговорочной капитуляции Германии.
После войныОказавшийся в момент подписания капитуляции в Целле-на-Зее, в Австрии, Хауссер 9 мая 1945 года сдался американцам. Впереди была бесконечная череда лагерей для военнопленных — всего за три года Хауссеру предстояло сменить 20 мест заключения, в том числе и в печально известном лагере для военных преступников в Дахау. При этом обвинений против него выдвинуто не было и к военным преступникам генерал-полковника войск СС не причислили. Довелось Хауссеру побывать и в Нюрнберге, где в 1946 году на Нюрнбергском процессе Международного военного трибунала он выступал в качестве свидетеля и заявил, что войска СС непричастны ни к каким преступлениям режима и его подчиненные такие же солдаты, как и военнослужащие вермахта. Затем Хауссера перевезли в так называемый «исторический отдел» (Historical Division) в лагере Оберурзель, где американцы собрали значительное число высшего генералитета и проводили сбор материалов по истории военных действий, тактике и стратегии. Новый 1948 год он встретил в лагере Нойштадт-Аллендорф в Австрии, затем его перевезли в Германию и летом того же года освободили.