13 августа 1930 года Снесарева приговорили к высшей мере, заменённой на 10 лет исправительных лагерей, с конфискацией имущества и высылкой семьи из Москвы, о чём ему и было объявлено через четыре месяца. Но репрессивная карусель раскручивалась далее. Был взят и основательно, пристрастно и прицельно, как только умеют органы, допрошен начальник военных железнодорожных сообщений Украины Сергеев; прицельно — по Снесареву. Учёный и генерал был слишком значительной фигурой, чтобы поставить его только во главе мирной организации враждебных власти учёных. Сергеев, бывавший у него в гостях, на встречах георгиевских кавалеров, дал показания, в которых имя Андрея Евгеньевича высвечивалось в контексте «контрреволюционности». По новому делу № 554672 ему было предъявлено обвинение в том, что он является одним из активнейших организаторов военной контрреволюционной организации бывших офицеров. 18 июля 1931 года он был вторично приговорён к высшей мере по статье 58, пп. 4, 7, 10, 11 (здесь уже один пункт добавился). И опять замена расстрела на исправительно-трудовые лагеря, все те же десять лет.
«Клим! Думаю, что можно было бы заменить Снесареву высшую меру 10-ю годами. И. Сталин» — всё-таки когда именно срабатывает знаменитая теперь сталинская записка?
Судя по записке, Ворошилов обращался к Сталину с просьбой облегчить участь их царицынского, пошедшего наперекор им знакомца. Косвенное подтверждение — вторая, сопутствующая сталинская записка, зовущая Ворошилова в Большой театр, куда Сталин ушёл в попытке избавиться от усталости и тяжких дум, и свидетельствующая о том, что между ними отношения не переставали быть дружескими. К друзьям же незазорно обращаться с вопросами неудобными, раздражающими.
Снесарев, арестованный как якобы один из руководителей монархического Русского национального союза, среди первых и главных проходил и по делу «Весна» (продолжавшему и завершавшему «Дело генштабистов», 1930–1932), когда тысячи генералов и офицеров были арестованы, брошены в застенки и тюрьмы НКВД (ОПТУ), среди них и хорошие его знакомые — известные фамилии, военные соратники, друзья. (Кожинов справедливо полагает, что именно тогдашние репрессии нанесли наиболее тяжкий ущерб нашей армии, и в своей замечательной книге «Великая победа» из множества тогда пострадавших выделяет фамилии Снесарева, Свечина, Егорьева как выдающихся теоретиков и практиков военного дела.)
В том же тридцатом стало раскручиваться и так называемое «Академическое дело», где арестованными оказались историки Платонов, Греков, Тарле, Бахрушин, Любавский (как и Снесарев, родившийся в семье священника, написавший, как и Снесарев, географический, близкий к геополитическому, национально значимый труд).
А в тридцать третьем закрутилось «Дело славистов», или «Российской национальной партии», по которому проходили крупнейшие деятели отечественной науки Н.Н. Дурново, Г.А. Ильинский, М.Н. Сперанский, А.М. Селищев, В.В. Виноградов, П.Д. Барановский, B.C. Трубецкой; среди арестованных и приговорённых были также архивисты, писатели, искусствоведы, реставраторы, музейные работники.
Всюду слово «русский» — как угроза большевистскому режиму. Здесь невольно вспоминаешь Брусилова и Снесарева. Брусилов, кому боевыми соратниками прощён грех побратимства с Керенским, видел, что новая советская империя, которой он тоже присягнул, строится на небывалых прежде в истории жертвах. Он наивно пытался уверить себя в том, что «непроизвольная неуловимая духовная пропаганда, невольное влияние наших людей, привычек, взглядов неминуемо отразятся на рядах Красной армии… Необходимо было влить в ряды их противовес, естественный национальный элемент, и под шумок парировать развращение русских наивных запуганных парней. Это могло бы сделаться само собой, духовными флюидами, силой духа, даже без всякого определённого заговора… Пусть для этого необходимо было надеть красную звезду, наружно, но чтобы её сбросить и заменить крестом, нужно было быть тут, на Родине».
Вот и оставались они на родине, надеясь, веря и… попадая под расстрел или в лагеря.
Снесарев, убеждённый стоятель за духовную русскость, только через восемь месяцев зарешеченного узилища и изнуряющих допросов и после того как ему следователями были предъявлены свидетельские показания Сергеева, в которых характер собраний георгиевских кавалеров, проходивших на квартире у Снесарева, утверждался как враждебный советской власти, даёт признание в своей «контрреволюционной» деятельности; признание — с достоинством: «После смерти Брусилова, который связывал с моим именем контрреволюционные надежды, я как двойной георгиевский кавалер бывшей армии, как основоположник нашей Военной академии, как лицо, вообще пользующееся авторитетом и по своей учёности, и по своим личным качествам, и, наконец, как человек, имеющий европейское имя, считался одним из его преемников как по руководящей позиции, так и по тем надеждам, которые с ним связывало контрреволюционное офицерство». Это слова от 21 октября. А уже через день, 23 октября, Андрей Евгеньевич вынужден подписать явно не его стиля, скорей всего, ему надиктованные строки с указанием «сообщников», каковыми выступают преподаватели Военной академии Надёжный, Свечин, Бесядовский, Сухов, Голубинцев, Певнев, Владиславский, Смысловский и ещё несколько человек «со стороны», трое из которых — умершие.
Получалась коллизия, психологически и нравственно чем-то напоминавшая следственный процесс декабристов (мятежно-офицерское, попирающее традицию присяги, фрондистское движение декабристов — для солдат-крестьян обманное, глубоко трагическое. Но сами декабристы, во всяком случае многие из них, были людьми дворянской чести. Руководствуясь понятиями чести и правды, субъективно порядочные, они и пытались отвечать по правде, не оговаривая товарищей, но называя их и невольно обращаясь к их образу мыслей. А большего и не требовалось следственной комиссии.) И вот сто с небольшим лет спустя… Были собрания георгиевских кавалеров? На его квартире? И произносились противосоветские речи? И присутствовали?..
После внутренней тюрьмы ОГПУ на Лубянке Снесарев испытал и Бутырки, и Таганку.
Долее всего он провёл в Бутырской тюрьме. Народу в камере, куда его определили, было подобно пресловутой сельди в бочке, и самого пёстрого: офицеры, священники, архиереи, студенты, инженеры, уголовники. Последние оказались не на главных ролях, их было меньше, и, видимо, более интеллигентные оказались духовно сильнее. Все, кто мог поделиться какими-нибудь знаниями, читали лекции, вели беседы, делились воспоминаниями. Андрей Евгеньевич рассказывал об Индии, о путешествиях по Азии, о войне в Карпатах и благодаря знаниям стал самым уважаемым человеком в камере, равно уважаемым и образованными политическими, и неграмотными уголовниками. Камера превращалась в аудиторию, которая напоминала столетней давности академию декабристов в Читинском остроге. В один из таких заполненных беседами июльских дней не стало спалённого туберкулёзом сына Кирилла. Снесарев рассказывал о гибели офицера в Карпатах и вдруг в миг смерти сына словно запнулся. Но затем продолжил, будто исполнял долг. О смерти сына он узнал много позже.