Чистая физика объемлет дисциплины, исследующие вопросы о существующих предметах вообще, о материи, форме, движении и перводвигателе; о простых телах надлунного и подлунного миров и о присущих им формах движения; о возникновении и уничтожении; о влиянии небесных тел и явлений на земную жизнь; о минералах; о растениях; о животных; о растительной, животной и человеческой душе. В прикладную физику входят медицина, астрология, физиогномика, толкование снов, наука о талисманах, наука о волшебстве и алхимия. Чистая математика включает в себя арифметику, геометрию, астрономию и теорию музыки. К чистой арифметике в качестве ее прикладных дисциплин примыкают индийское десятеричное счисление и алгебра; к геометрии — наука об определении площадей, механика, искусства, связанные с изготовлением гирь и весов, градуированных инструментов, оптических приборов и зеркал, а также гидравлика; к астрономии — наука составления астрономических и географических карт; к теории музыки — искусство изготовления музыкальных инструментов.
В этом перечне наглядно отражаются характерные для мусульманского средневековья дифференциация наук и укрепление их связи с ремесленным производством, торговлей и повседневной жизнью, требовавшими развития опытного знания, а в известных пределах и экспериментальных методов исследования, которые в значительно большей мере, чем в античной науке, побуждали исследователя учитывать не только качественные, но и количественные аспекты изучаемых процессов. Связь с реальной, повседневной жизнью подчеркивается и включением в прикладные науки астрологии, алхимии и магии. Астрологию Ибн-Сина отвергал, но тот общий ее принцип, согласно которому земные явления так или иначе обусловлены движением небесных тел, соответствовал и его собственным воззрениям (указанный принцип в эпоху средневековья делал астрологию абсолютно неприемлемой дисциплиной именно с точки зрения теологии). Критическим и в то же время вполне серьезным было отношение Абу-Али к алхимии. С помощью этого искусства, писал он, добиваются изменения не столько видообразующих, сколько привходящих и сопутствующих характеристик металлов, таких, как цвет, запах и вес. Превращение веществ друг в друга, вероятно, было бы осуществимо, если бы были известны их сущностные, видообразующие характеристики, но таковые, к сожалению, неизвестны, ввиду чего и нельзя рассчитывать на возможность их создания или устранения искусственным путем. Ибн-Сина категорически выступал против объяснения тех или иных таинственных явлений вмешательством сверхъестественных сил, но он не позволял себе с порога отвергать все то, что в средние века считалось магией, по принципу «этого не может быть, потому что этого не может быть никогда». Касаясь отношения Абу-Али к магии, Ибн-Рушд впоследствии заметил: и в самом деле, многое из того, что кажется невозможным нам, в действительности не всегда является таковым.
Чистая метафизика делится на пять разделов, которые имеют соответственно предметом своего исследования понятия, относящиеся к сущему как таковому: первые начала наук; доказательство существования бытийно-необходимого, его единства и его атрибутов; первичные и вторичные «духовные субстанции»; способ подчинения небесных и земных телесных субстанций упомянутым «духовным субстанциям». К прикладной метафизике относится наука об откровении и потусторонних воздаяниях. Как и Аристотель, Абу-Али именовал метафизику «божественной наукой», «теологией», но в «Логике восточных» и некоторых других работах данный термин используется в собственном, узком смысле и обозначает одну из двух главных частей, на которые здесь делится метафизика и из коих другая носит название «всеобщей науки» («универсальной науки»). Как показывает само ее наименование, «всеобщая наука» выступает отраслью знания, по отношению к которой «божественная наука» оказывается в подчиненном положении. Что же касается источников, положенных в основу «божественной науки», то среди них ведущая роль принадлежит «Теологии Аристотеля».
Таким образом, подобно аль-Фараби Ибн-Сина в целом следует продуманной системе, которой руководствовался составитель корпуса аристотелевских сочинений, помещая «Метафизику» между естественнонаучными произведениями Стагирита и его работами, относящимися к области практического разума. Этот составитель, следуя распространенной у стоиков традиции делить философию на логику, физику и этику, рассматривал вошедшие в «Метафизику» работы как сочинения, в которых дается трактовка фундаментальных проблем естествознания, а книгу Δ, посвященную концепции перводвигателя, вынес в конец как трактат, обеспечивающий переход от физики к этике (последние две книги «Метафизики» — М и N — считаются позднейшими вставками). В классификации наук Ибн-Сины трактовка фундаментальных проблем естествознания дается во «всеобщей науке», включающей два первых из упоминавшихся выше пяти разделов метафизики, а переход к этике и другим практическим наукам обеспечивается «божественной наукой», которая охватывает остальные три раздела метафизики, но по объему значительно уступает предшествующей ей «всеобщей науке» как в «Книге исцеления», так и в ее сокращенных вариантах. Ближайшим же образом этот переход от теоретических наук к практическим (политика, домоводство и этика) осуществляется через науку о пророчестве и откровении, каковая носит чисто утилитарный, прикладной характер. Следует при этом отметить, что, поскольку с вопросами, касающимися «божественной науки», имеет дело не только метафизика, но и физика, в частности психология, то теологическая тематика затрагивается и здесь.
Взаимосвязь теоретических наук Ибн-Сина прослеживает с точки зрения их общности по исходным принципам, по предмету исследования и по рассматриваемым в них вопросам. Так, относительно их взаимосвязи с точки зрения предмета исследования он указывает на случай, когда одна из двух каких-то наук рассматривает объект в общей форме, а другая — в специальной (например, если физика изучает человека в безотносительном смысле, то медицина — в отношении состояния его здоровья), и на случай, когда один и тот же объект исследуется двумя науками в двух разных аспектах (тело Вселенной, к примеру, изучается физикой как объект, имеющий в себе самом начало движения и покоя, а астрономией — с точки зрения его количественных характеристик).
Пересечение предметов различных наук предполагает их взаимодействие в том смысле, что одни науки опираются на другие, черпая из них свои основоположения. Такая взаимосвязь бывает троякой. Во-первых, одна из двух каких-то наук может подчиняться другой, и тогда нижестоящая наука будет черпать свои принципы из вышестоящей — например так, как наука о музыке заимствует свои основоположения у арифметики, медицина — у физики или все науки совокупно — у «первой философии». Во-вторых, обе науки могут иметь один и тот же предмет исследования, но одна из них будет рассматривать его с сущностной стороны, а другая — с акцидентальной, и тогда первая будет делиться некоторыми принципами со второй — например так, как физика, на которую опирается астрономия, делится с ней положением о том, что движение небесных тел должно быть непременно круговым. В-третьих, две пауки могут изучать объекты, выступающие в качестве видов одного какого-то рода, и тогда более простая наука будет снабжать принципами менее простую — например так, как обстоит дело с арифметикой и геометрией, которые исследуют два вида количества и из коих первая делится своими принципами со второй. Субординация наук, однако, не означает обязательную односторонность существующей между ними связи: «Большинство основоположений частной науки, подчиненной какой-то другой науке, проверяется только вышестоящей наукой, по и принципы вышестоящей науки часто проверяются нижестоящей частной наукой» (13, 530).
