Шлёцер чувствовал себя в России своеобразным «культуртрегером». Он представил в Академию наук план издания «популярных книжек». Книг для народа тогда было очень мало, и это весьма заботило передовых русских людей, в том числе Ломоносова. «Миллионы русских могли читать и писать, — свидетельствует Шлёцер, — сотни тысяч могли читать и книги, и любили читать и жаждали знаний. Но только весьма немногие понимали иностранные книги, а потому им нужно было помочь переводами». Чем же собирался помочь Шлёцер русскому народу? «Высокоученых, классических волюминозных иностранных произведений еще нельзя было предложить тогдашнему поколению», — полагал он, хотя еще Петр Великий указывал, что если что и переводить, то прежде всего солидное, классическое, основательное. Но Шлёцер полагал, что русский народ до этого еще не дорос, а посему намеревался начать его просвещение с издания книги, посвященной статистике Испании. «Так космополитически и патриотически мечтал я», — пишет он в своих воспоминаниях. Патриотизм он, впрочем, понимал весьма своеобразно, ибо он готов был служить кому угодно. Шлёцер долго изучал бухгалтерию, так как мечтал о том, чтобы устроиться в какую-либо французскую торговую компанию, прикапливал деньги на путешествие в Иерусалим и пытался устроиться в русское посольство в Константинополе. «Я ведь хотел путешествовать, — пишет он, — не в качестве мыслящего наблюдателя, еще менее в качестве сентиментального пейзажиста, но по делам… Я бы на все согласился: быть переводчиком, секретарем, агентом, консулом, резидентом и проч., и проч., и проч… в Персии, в Индии, в Китае, Египте, Марокко, Америке, устроился бы в каждом из них». С такой программой Шлёцер, разумеется, не собирался засиживаться в России. Вдобавок стало известно, что он получил звание (но не место) доктора Геттингенского университета. Все это разочаровало даже Миллера, который теперь писал: «Есть ли бы господин Шлёцер вознамерился препроводить всю свою жизнь в сочинении Российской истории и в службе Российского государства, то б я весьма тому радовался». Но так как Миллеру стало «заподлинно известно», что к такому намерению склонить Шлёцера невозможно, то и обещать ему место профессора русской истории незачем.
Ломоносов имел все основания не доверять этому ученому. Узнав, что Шлёцер собирается покинуть Россию, он забил в набат. Шлёцеру был открыт свободный, бесконтрольный доступ к государственным архивам, и Ломоносов обеспокоился, что, собственно, извлек оттуда Шлёцер и в каком направлении может этим воспользоваться. «Уведомился де он, — писал Ломоносов в сенат, — что находящийся здесь при переводах адъюнкт Шлёцер с позволения статского советника Тауберта переписал многие исторические известия, еще не изданные в свет, находящиеся в библиотечных манускриптах, на что он и писца нарочного содержит. А как известно, что оной Шлёцер отъезжает за море и оные манускрипты, конечно, вывезет с собой, для издания по своему произволению; известно же, что и здесь даваемые в России через иностранных известия не всегда без пороку и ошибок служащих России в предосуждение». Сенат повелел Шлёцера задержать отпуском, а библиотечные рукописи и все исторические известия, не изданные в свет, отобрать.
Но Тауберт, у которого, по словам Шлёцера, «тоже были добрые друзья в сенате», предупредил события. Рано утром 3 июля 1764 года он нагрянул на квартиру к ничего не подозревавшему Шлёцеру. Наскоро объяснив ему, что стряслась беда, Тауберт поспешно собрал принадлежащие Академии наук рукописи и фолианты, которыми безвозбранно пользовался на дому Шлёцер, и «всю эту груду бумаг лакей бросил в карету и Тауберт уехал», оставив всполошившегося Шлёцера размышлять о превратностях судьбы. Но Шлёцер не долго пребывал в унынии. Поддержанный и ободренный Таубертом и Тепловым, он стал держаться очень развязно. Он давал такие объяснения: к списыванию источников его побуждала не только потребность историка, но и своеобразное человеколюбие. У него был слуга, который «вдался в пьянство и другие пороки, свойственные подлому народу, я старался его от этого отвлечь, и за наилучшее почел средство приобучить его к трудам. Я не мог иного ему дать дела, как заставить его писать. А других у меня для него письменных дел не было, кроме летописей; намерение мое мне удалось, и я вдруг сделал троякую пользу: детина от пороков своих отвадился, я достал летописи, а его сиятельство [президент Академии] получил годного и употребительного слугу».
Шлёцер признавался в своих мемуарах, что, читая подобные ответы, Тауберт «несколько раз принимался смеяться… его радовал тон ответа, который доказывал, что я не потерял духа». Но горевать Шлёцеру не приходилось. Тауберт, невзирая на протесты Ломоносова, измышлял наиболее дипломатические способы увольнения Шлёцера, с тем чтобы «считать его и впредь яко действительно служащим при Академии», придать ему двух или трех студентов «из посылаемых за море» для обучения восточным языкам и пр. Ломоносов, еще чувствуя свою силу, язвительно возражал против «подложных отпусков» и указывал, что не может доверить Шлёцеру «ниже волоса студентского».
Сенат был явно на стороне Ломоносова. «Тауберт сознался, наконец, в том, что не мог моего, то есть своего дела выиграть у превосходящего его силами Ломоносова», — писал Шлёцер, который мечтал лишь о том, чтобы поскорее получить свой паспорт на отъезд за границу. Но друзья Шлёцера, рассматривавшие его борьбу с Ломоносовым как свое дело, не дремали. 3 января 1765 года, как гром среди ясного неба, последовал указ Екатерины о назначении адъюнкта Шлёцера ординарным профессором истории, минуя все процедуры, вроде избрания в Конференции профессоров, представления научных трудов и т. д. Шлёцеру было, назначено жалованье восемьсот шестьдесят рублей в год, предоставлен отпуск для «поправления здоровья» в Германию, дано право представлять свои сочинения непосредственно царице, чтобы они «тем беспрепятственнее могли производимы быть в печать»; в указе подчеркивалось, что не только «не возбраняется ему [Шлёцеру] употреблять все находящиеся в императорской библиотеке и при Академии книги и манускрипты и прочие к древней истории принадлежащие известия, но дозволяется требовать через Академию всего того, что к большему совершенству поручаемого ему дела служить может».
Шлёцер подробно рассказывает в своих мемуарах, как Тауберт сумел найти покровителей при дворе, которые в должном свете сумели представить все это дело Екатерине. К ней имел открытый доступ генерал-рекетмейстер Козлов, сын которого учился у Шлёцера латыни вместе с детьми Кирилы Разумовского и Теплова. «Тауберт этого господина, как и многих других, потешал рассказами о моих приключениях», — сообщает Шлёцер. Козлов, улучив нужную минуту, сумел доложить Екатерине; которая не только весьма охотно его выслушала, но и одобрительно отозвалась о представленном ей прошении Шлёцера, сказав, что оно «хорошо написано».