Именно ему Кутузов поручил руководить прохождением русских войск через Москву и выводом их к селу Тарутино. Миссия в глазах обывателя не престижная и весьма двусмысленная. Жители едва не растерзали Барклая на улице, и только умелые действия его адъютанта А. А. Закревского, вовремя обнажившего шпагу, отпугнули толпу.
В личном письме жене Барклай писал: «Чем бы дело ни кончилось, я всегда буду убежден, что я делал все необходимое для сохранения государства, и если у его величества еще есть армия, способная угрожать врагу разгромом, то это моя заслуга. После многочисленных кровопролитных сражений, которыми я на каждом шагу задерживал врага и нанес ему ощутимые потери, я передал армию князю Кутузову, когда он принял командование в таком состоянии, что она могла помериться силами со сколь угодно мощным врагом. Я ее передал ему в ту минуту, когда я был исполнен самой твердой решимости ожидать на превосходной позиции атаку врага, и я был уверен, что отобью ее. …Если в Бородинском сражении армия не была полностью и окончательно разбита – это моя заслуга, и убеждение в этом будет служить мне утешением до последней минуты жизни».
В том же письме Барклай признался в тяжелой моральной обстановке вокруг себя. После назначения Кутузова на пост главнокомандующего Александр I подписал еще один указ – об увольнении Барклая с должности военного министра. Поэтому Кутузов мог свободно игнорировать советы предшественника. Разногласия случались и в ходе Бородинского сражения, и после него, достигнув апогея во время отступления из Москвы. 1-я и 2-я армии оказались слиты в одну, и генерал Барклай попал в двусмысленное положение. Формально сохраняя пост, он был фактически отстранен от управления войсками. После того как Барклай узнал, что Кутузов в своем письме Александру I обвинил его в сдаче Смоленска и плачевном состоянии войск, хладнокровие наконец изменило ему. В конце сентября он написал прошение об отставке, сославшись на нездоровье: «Я твердо решился лучше впасть в бедность, от которой я не избавился во время моей службы, нежели продолжать службу… Я надеюсь, однако, что беспристрастное потомство произнесет суд с большей справедливостью». Михаил Богданович отправился в Калугу, затем через Петербург поздней осенью прибыл в свою деревню в Лифляндии. Там он составил «Записку», отправленную императору, в которой еще раз доказывал правоту своих действий.
Любопытно, но весь путь отступления Барклая от Вильно до Тарутина занял ровно 100 дней, так что и у Михаила Богдановича, как и у его главного врага, были свои «Сто дней»! Они не стали дорогой побед, а превратились для него в Голгофу, без которой не было бы победы России над Бонапартом. Прощаясь с адъютантом В. И. Левенштерном, Барклай сказал: «Великое дело сделано. Теперь остается только пожать жатву. Я передаю фельдмаршалу сохраненную, хорошо одетую, вооруженную и не деморализованную армию… Фельдмаршал ни с кем не хочет разделить славы изгнания неприятеля из империи»....
Между прочим , А. С. Пушкин внес свою лепту в увековечение заслуг Барклая, посвятив ему в 1836 г. стихотворение «Полководец». В «Объяснении» к этим стихам поэт писал: «Слава Кутузова неразрывно соединена со славою России, с памятью о величайшем событии новейшей истории. Его титло: спаситель России; его памятник: скала святой Елены! Имя его не только священно для нас, но не должны ли мы еще радоваться, мы, русские, что оно звучит русским звуком? И мог ли Барклай-де-Толли совершить им начатое поприще? Мог ли он остановиться и предложить сражение у курганов Бородина? Мог ли он после ужасной битвы, где равен был неравный спор, отдать Москву Наполеону и стать в бездействии на равнинах Тарутинских? Нет! (Не говорю уже о превосходстве военного гения.) Один Кутузов мог предложить Бородинское сражение; один Кутузов мог отдать Москву неприятелю, один Кутузов мог оставаться в этом мудром, деятельном бездействии, усыпляя Наполеона на пожарище Москвы и выжидая роковой минуты: ибо Кутузов один облечен был в народную доверенность, которую так чудно он оправдал! Неужели должны мы быть неблагодарны к заслугам Барклая-де-Толли, потому что Кутузов велик?»
Еще до смерти Кутузова Александр I вернул Барклая на театр военных действий, поручив ему в 1813 г. командование 3-й армией. После Лютценского сражения она присоединилась к главной. Для Барклая-де-Толли Заграничный поход 1813—1814 гг. стал вершиной военной биографии и лебединой песней. В сражении под Бауденом 8—9 мая 1813 г. Барклай умело руководил правым флангом русско-прусской армии, успешно противостоял атакам самого Наполеона. Однако это не изменило исхода битвы в целом в пользу
Бонапарта, гений которого после «спячки» в России снова вспыхнул. 17 мая Барклай сменил П. X. Витгенштейна на посту главнокомандующего объединенными русско-прусскими войсками, как раз накануне временного – летом 1813 г. – перемирия с Наполеоном. Примечательно, что Витгенштейн сам рекомендовал Барклая на свое место и писал, что «почтет за удовольствие быть под его начальством». После окончания перемирия эта армия вошла в состав Богемской (или Главной) армии союзников под командованием недавнего союзника Наполеона австрийского фельдмаршала князя Шварценберга. У Барклая был следующий по старшинству пост в Богемской армии – командующий русско-прусским резервом (78 тыс. русских и 49 тыс. пруссаков).
После неудачного сражения 14—15 августа под Дрезденом, где действиями объединенной русско-прусско-австрийской армии руководил Шварценберг, Барклай-де-Толли с главными силами армии отступил к деревне Кульм и 17—18 августа разгромил наседавший на него 37-тысячный корпус Вандама. Умело руководил Барклай войсками союзников и в Битве народов под Лейпцигом. За заслуги в той кампании его возвели в графское достоинство и наградили орденом Св. Георгия 1 степени.
В походе 1814 г. он сражался при Бриенне, Ла-Ротьере, Арси-Сюр-Об, Фер-Шампенуазе и Париже. Под Бриенном русские так наседали на французов, что Бонапарту пришлось вспомнить молодость и со шпагой в руках отбиваться от казаков под тем самым вековым дубом, под которым почти 35 лет назад он взахлеб зачитывался трудами по военной истории Рима. Под селом Ла-Ротьер Барклаю выпала честь нанести решающий удар, понудивший французов к отступлению. Именно за эту победу император наградил его золотой шпагой с алмазами. Когда в 1814 г. Михаил Богданович въезжал в Париж рядом с Александром I, тот взял его за руку и поздравил со званием генерал-фельдмаршала.
...
Между прочим, Барклай долго добивался нижних офицерских чинов, но всего за семь лет проделал стремительный путь из генерал-майоров в фельдмаршалы. Михаил Богданович стал 41-м фельдмаршалом в истории русской армии. Кроме него в ходе той войны подобного звания удостоился только Кутузов. Примечательно, что шесть последующих фельдмаршалов, вплоть до М. С. Воронцова, получившего это звание в 1856 г., все были участниками войн с Наполеоном.