Власть духовная, в свою очередь, опасалась возникновения в высшем обществе сектантства, которое могло бы пойти из придворных сфер и которое пагубно отразилось бы на православной русской церкви, примеры чему русская история знает в царствование императора Александра I.
Совокупными ли усилиями этих двух властей, или в силу других обстоятельств и происков, но Папюс вскоре был выслан, и его место занял епископ Феофан, ректор СПб. Духовной академии, назначенный к тому же еще и духовником их величеств. По рассказам, передаваемым тогда в петербургском обществе, верность которых документально доказать я, однако, не берусь, состоялось тайное соглашение высших церковных иерархов в том смысле, что на болезненно настроенную душу молодой императрицы должна разумно влиять православная церковь, стоя на страже и охране православия, и, всемерно охраняя его, бороться против тлетворного влияния гнусных иностранцев, преследующих, очевидно, совсем иные цели».
Интересно в этой истории и то, что с французом Филиппом первой познакомилась не кто иная, как герцогиня Анастасия Николаевна Лейхтенбергская (то есть Стана, черногорка), и случилось это в начале 1900 года. А 20 сентября 1901 года произошла личная встреча Николая с Филиппом в Компьене, и организатором этой встречи была все та же Анастасия, которая некоторое время спустя представила Государю Григория Распутина. Таким образом, если всерьез рассматривать теорию «заговора» православных иерархов против иностранного и инославного засилья с использованием Григория Распутина как исконно русского старца, то придется признать, что посредником в обоих, диаметрально противоположных, случаях оказывалась одна и та же женщина, а это все-таки маловероятно. Хотя — надо это признать — точка зрения своеобразной «епископской вербовки» в архиерейской среде бытовала. Митрополит Арсений (Стадницкий) говорил епископу Никону (Рождественскому): «Вы же и некоторые другие собратья создали этого Гришку, принимали у себя, целовались, советовались о спасении Церкви, употребляли его в качестве орудия и т. д.» ".
Трудно сказать, чего больше в письме Арсения — раздражения или отражения истинного положения вещей, однако есть в этом умозрительном сюжете — Распутин как агент влияния православных иерархов при дворе — один любопытный поворот.
Существует точка зрения, что потенциальным союзником и вместе с тем «конкурентом» Распутина в борьбе против засланных казачков из Европы должен был стать не кто иной, как известный религиозный писатель Сергей Нилус.
«В интригу против Филиппа был втянут также Сергей Нилус. Об этом рассказал некий француз Александр дю Шайла, многие годы проживший в России и тесно общавшийся с Нилусом в 1909 году во время их совместного пребывания в Оптиной пустыни <…> В газете "Последние новости" (под редакцией П. Н. Милюкова) за 12 и 13 мая 1921 года <А. дю Шайла> впервые поместил свою публикацию "С. А. Нилус и 'Сионские протоколы' ". Он рассказал, как Нилус, богатый помещик, потерял состояние во время жизни во Франции. В 1900 г. возвратившись в Россию, он начал вести жизнь вечного странника, кочуя из одного монастыря в другой. В это время Нилус написал книгу о своем обращении из интеллигента-атеиста в глубоко верующего православного мистика. Эта книга — "Великое в малом", но еще без "Протоколов" — получила благожелательные отзывы в консервативной и церковной прессе и привлекла внимание великой княгини Елизаветы Федоровны. Великая княгиня, женщина искренне верующая (впоследствии она стала монахиней), крайне подозрительно относилась к мистикам-проходимцам, которыми царь окружал себя. Она винила в этом протопресвитера Янышева, который был духовником царя и царицы, и задалась целью заменить его Сергеем Нилусом, которого восприняла как истинного православного мистика. Нилус был привезен в Царское Село, когда главной задачей великой княгини было устранить Филиппа. Противники француза разработали следующий план: предполагалось, что Нилус женится на одной из фрейлин царицы Елене Александровне Озеровой, а затем будет рукоположен. После этого его попытаются сделать духовником царя и царицы. В случае удачи Филипп, как и прочие "святые" люди, утратит свое влияние. План был хорош, но союзники Филиппа его разгадали. Они привлекли внимание духовного начальства к некоторым фактам жизни Нилуса, которые исключали рукоположение. (В основном они касались его длительной любовной связи с Натальей Афанасьевной К., с которой он уезжал во Францию и не порывал впоследствии в России.) Нилус впал в немилость и был вынужден покинуть двор. Несколько лет спустя он действительно женился на Озеровой, но надежда стать духовником царя не сбылась».
Так писал историк Норман Кон, хотя, подчеркнем, все это не более чем гипотеза. Дело в том, что Норман Кон ссылался на газету Милюкова, а между тем сам Милюков до конца ни в чем уверен не был. В 1934 году он спрашивал у начальника царской канцелярии А. А. Мосолова: «…не осведомлены ли вы о планах сделать Нилуса духовником царя, — плана, кот. был выдвинут, кажется, в 1903—1904 гг. и кот. пользовался поддержкой вел. кн. Елизаветы Федоровны? Передают, что этот план был создан для того, чтобы бороться с влиянием Филиппа, в кот. некоторые круги видели проводника масонского влияния?»
«…о том, что хотели Нилуса сделать духовником Государя и прикосновенности к этому В. Кн. Елизаветы Федоровны, считаю безусловною баснею», — отвечал ему Мосолов.
Где здесь правда, а где ложь, окончательно сказать трудно. Мемуаристы могли ошибаться либо сознательно запутывать историю вопроса (тем более что как раз в то время, когда Милюков переписывался с Мосоловым, в Берне шел процесс по поводу подлинности/подложности «Протоколов сионских мудрецов» и имя Нилуса было у заинтересованных сторон на слуху). Фактом можно считать то, что духовником царя стал архимандрит Феофан, а место Филиппа в известном смысле занял Распутин, что и было Филиппом предсказано.
Однако сюжет с Нилусом интересен в первую очередь тем, что он предвосхищает дальнейшую историю Григория Распутина. И на Нилуса, и на Распутина, а оба были приближены ко двору, в какой-то момент появился «компромат». Но как только это произошло, Нилус тотчас же оставил двор, Распутин — сколько его ни убеждали, а затем принуждали — нет.
«Распутин должен был бы удалиться от Двора, как убеждали его многие благочестивые люди, чтобы не компрометировать собой Царской Семьи. Напомним, что именно так поступил благочестивый писатель Сергей Нилус, одно время близкий к Царской Семье. Когда в 1909 г. поднялся скандал, связанный с его грехом юности, он немедленно удалился от Двора, чтобы не бросать ни малейшей тени на почитаемого Государя.