Король уполномочил своего премьер-министра Васфи Теля сделать следующее заявление: «Мы не потерпим самовольного просачивания боевых групп с нашей территории в сторону Израиля. Мы придерживаемся решений, принятых на трех арабских конференциях в верхах. Эти решения гласят, что каждая направленная против Израиля боевая акция перед ее проведением должна быть обязательно проконтролирована Объединенным арабским верховным командованием. Только оно уполномочено решать, соответствует ли предлагаемая операция общим интересам арабских стран. Однако Объединенное арабское верховное командование имеет указание избегать всего, что может дать Израилю предлог начать военные действия».
Для Арафата это заявление имело особое значение, т. к оно отнимало у руководства палестинских коммандос всякую самостоятельность в решении вопроса о том, нужно или нет проводить партизанскую акцию. От Объединенного арабского верховного командования требовалось заключение о допустимости боевой операции, которую хотел бы провести Ясир Арафат. А единственным критерием была возможная польза в общих интересах арабских стран. Палестинцы же при этом в расчет не принимались.
Палестинцы, активизированные членами Фатах и ООП, протестовали против такой точки зрения. В Иерусалиме, восточная часть которого тогда еще относилась к Иордании, происходили мощные демонстрации протеста палестинцев. Они требовали свободы действий для боевых организаций. Хусейн в конце ноября 1966 года был вынужден ввести в Иерусалиме чрезвычайное положение.
Арафат озабоченно наблюдает, как возросла напряженность между Египтом и Израилем в первые месяцы 1967 года. Он не был заинтересован в начале войны, поскольку его организация еще не была оснащена для сопротивления израильскому врагу. Но Арафат не мог влиять на события. На воздушный бой между сирийской и израильской авиацией, который ясно продемонстрировал преимущество израильтян, Насер отреагировал резкими угрозами. В середине мая верховный главнокомандующий египетской армией объявил на территории Египта полную боевую готовность первой степени. В эти дни Гамаль Абдель Насер потребовал вывода вооруженных сил ООН, которые были размещены в демилитаризованной зоне Синайского полуострова.
Египетский президент заявил, что он должен иметь возможность беспрепятственно довести свои войска на Синайском полуострове до сектора Газа, чтобы в случае необходимости оказать помощь сирийцам, открыв второй фронт. 18 мая Генеральный секретарь ООН без предварительных консультаций с Советом Безопасности согласился на вывод войск ООН из демилитаризованной зоны. Уже 19 мая начался вывод этих контингентов.
Палестинские соединения ПОА заняли освобождаемые позиции. 22 мая Гамаль Абдель Насер выехал в инспекционную поездку на Синай. На следующий день он объявил о запрете израильским кораблям прохода по Красному морю. К этому времени король Хусейн решился на диалог с Насером для координации арабских вооруженных сил.
30 мая король Хусейн встретился с египетским президентом.
Хусейн сразу же выразил свое недовольство палестинскими партизанами. Насер согласился, что эту проблему следует основательно обсудить и приказал доставить на вертолете из сектора Газа тогдашнего шефа ООП Ахмеда Шукейри.
Встречу с Шукейри король описывает так: «Палестинец появился в вызывающе небрежном виде: без галстука, в открытой рубашке, в брюках хаки. Едва войдя в комнату, он устремился ко мне с протянутой рукой. Он сказал: «Я надеюсь после этого полететь в Иорданию, чтобы нанести Вам визит». Однако Насер перебил его: «Ты не потом полетишь в Иорданию, а уже сегодня, с Его величеством». Затем Насер сказал мне: «Вы можете взять Шукейри с собой. Если он причинит Вам неприятности, Вы можете просто запереть его в одну из Ваших башен. Так Вы снимете с меня эту проблему». Это был явный намек на постоянные утверждения Шукейри, что мы в Иордании будем держать палестинцев в тюрьме и жестоко с ними обращаться».
Время Шукейри на посту председателя ООП подходило к концу. Когда 5 июня 1967 года началась открытая война между арабами и израильтянами, то этот человек, который часто предсказывал, что в следующей войне израильтян сбросят в море, замолчал.
О поведении Шукейри в решающие дни Хусейн сообщает: «Шукейри покинул иорданскую столицу Амман в субботу 3 июня, на этот раз на нем была форма в духе Мао. Он поехал в Иерусалим, где устроил пресс-конференцию и сделал одно из своих воинственных заявлений. В понедельник он был в главном штабе верховного главнокомандующего в Аммане. На этот раз в штатской одежде. Он оставался там до вечера и казался очень уверенным.
Днем позже, 6 июня, он внезапно выехал в Сирию. Он хотел просить правительство Дамаска предоставить нам больше помощи. Этот пункт не заслуживает ни слова комментария».
На второй день войны ее исход был предрешен. Арабам пришлось смириться с поражением, равным позору. Как горькое бесчестье воспринималось то, что весь мир смеялся над снимками и описанием бегства арабов. Победители опубликовали фотографии ботинок, оставшихся лежать в пустыне. В прилагаемом тексте рассказывалось о египетских солдатах, которые снимали эти ботинки, чтобы босиком быстрее бежать с фронта. Эти фото воспринимались мировой общественностью и самими арабами как символ арабского поражения.
Редко в новейшей истории столь внезапно обнаруживалось такое резкое противоречие между пропагандой и реальностью. Громкие слова, которые произносили перед войной Гамаль Абдель Насер и Ахмед Шукейри, сделали арабов в свете военных событий посмешищем.
Руководство Фатах настоятельно подчеркивало, что его члены вели себя не как трусы. Арафат, которого начало войны застало в Дамаске, попытался вместе с пятью сотнями партизан из тренировочного лагеря Хаме, находившегося вблизи сирийско-израильской границы, сдержать продвижение израильтян на сирийскую территорию. После окончания боевых действий Арафат вновь оказался в Дамаске. Покидая лагерь Хаме, он отдал приказ обучающимся там партизанам искать в районе боев, теперь занятом израильтянами, оружие, брошенное при бегстве сирийскими соединениями.
Заявление Насера об отставке 9 июня 1967 года Арафат воспринял психологически тяжело. Хотя основатели Аль Фатах никогда не находили взаимопонимания с египетским президентом, однако они сохраняли к нему уважение как к символу арабского единства. Они считали непростительной ошибкой, что Насер почти без подготовки пустился на подобную военную авантюру. Однако они уважали его за то, что этот человек решился не признавать существование государства Израиль. Если Насер уходил в отставку, то арабы теряли образ отца, часто неудобный, но всегда необходимый. Отставка Насера удваивала победу Израиля.