Смутное время оставило свой печальный след не только в хозяйственной и политической жизни Русского государства, но и в душе русского народа. Ещё в 1636 году девять нижегородских протопопов и священников во главе с Иоанном Нероновым обратились к патриарху Иоасафу с «памятью», в которой ярко обрисовали весьма печальную картину русских церковных нравов и просили принять неотложные меры для поднятия благочестия и спасения гибнущего православия. В храмах царят, указывалось в «Памяти», «мятеж церковный и ложь христианская» — непорядки и несоблюдение духа веры. Причина этого кроется прежде всего в поведении самого духовенства, пребывающего в «лености и нерадении». По вине церковнослужителей, спешащих поскорее отбыть богослужение, в церквах водворилось пагубное «многогласие», то есть одновременное чтение молитв и пение песнопений: «В церквах, государь, зело поскору пение, не по правилом Святых Отец, ни наказанию вас, государей, говорят голосов в пять и шесть и более, со всяким небрежением, поскору. Ексапсалмы, государь, также говорят с небрежением не во един же голос, и в туж пору и псалтырь и каноны говорят, и в туж пору и поклоны творят невозбранно».
Постановление о «единогласии» было принято ещё Стоглавым собором: «А вдруг бы псалмов и псалтыри не говорили, также бы и канонов вдруг не канархали и по два вместе не говорили бы, занеже то в нашем Православии великое бесчинство и грех, и Святыми Отцы тако творити отречено бысть». Однако «многогласие» в богослужении продолжало существовать и даже распространялось, службы совершались быстро и «со всяким небрежением», сразу несколькими голосами: один пел, другой в это время читал, третий говорил ектении или возгласы, или читали сразу в несколько голосов — и каждый своё особое, не обращая внимания на других и даже стараясь их перекричать. В результате всякая чинность, стройность и назидательность богослужения терялись окончательно. «Церковная общественная служба при таких порядках не только не назидала, не научала, не настраивала на молитву предстоящих, но напротив: приучала их относиться к богослужению чисто механически, бессмысленно, только внешним образом, без всякого участия мысли и чувства, — писал историк Н.Ф. Каптерев. — Многие из народа стали смотреть на посещение церкви как на одну формальность, и не только во время богослужения держали себя крайне непристойно, что чуть ли не сделалось общим правилом, но и старались ходить в те именно церкви, где служба, ради многогласия, совершалась с особою скоростию. С своей стороны духовенство, желая заманить в свои храмы побольше народу, доводило скорость церковных служб до крайности, дозволяя в храме читать единовременно голосов в шесть и больше».
Вместе с тем и нравственное состояние населения оставалось крайне печальным: процветали пьянство и разврат, широко распространилась самая грубая ругань — как среди молодёжи, так и среди стариков, даже дети нередко относились без должного почтения к своим родителям и «бесстыдной, самой позорной нечистотой языки и души оскверняют». По праздникам молодёжь и старики сходятся и устраивают между жителями разных деревень «бои кулачные великие», в которых «многие умирают без покаяния».
Одновременно с падением христианской нравственности возрождались пережитки язычества. В четверг после Пасхи «собираются девки и жены под березы и приносят, яко жертвы, пироги и каши и яичницы, и, поклоняясь березкам, ходят, распевая сатанинские песни, и всплескивают руками». В День Святого Духа они плетут венки из берёзы и возлагают их себе на головы, а на Рождество Иоанна Крестителя устраивают костры и «всю ночь до солнечного восхода играют, и через те огни скачут жонки и девки». В поддержании этих языческих суеверий большую роль играли скоморохи, которые ходили по городам и деревням с «медведями, с плясовыми псицами… с позорными блудными орудиями; с бубнами и сурнами и всякими сатанинскими прелестями». Во время этих скоморошьих представлений население пляшет, пьянствует и предаётся неистовому разврату…
Итак, против всех этих безобразий выступили боголюбцы. Это был новый тип религиозных деятелей, порождённый той исторической реальностью, в которой оказалась Россия в трагический период Смутного времени. «В первую половину XVII века выдвигался особый тип носителей благоверия — редкий для Древней Руси, а теперь получивший историческую важность, — пишет современная исследовательница. — Само благоверие в этих ревнителях было традиционным, новым было в них сознание собственной полной ответственности за спасение как себя, так и окружающих, недоверие к церковной дисциплине, своеволие. Стремление заменить равнодушие обыденной жизни горением жизни религиозной было в них непреоборимо… В XVII веке среди священников и иноков в большом числе появляются люди с качествами прежде редкими и не столь нужными для духовенства — “воины Христовы”, как их позже называли в старообрядческой литературе. Вероятно, их воспитало Смутное время, когда распалось всякое единство и каждый должен был бороться в одиночку за спасение и жизни и души» (Плюханова).
Возглавил московский кружок ревнителей церковного благочестия знаменитый благовещенский протопоп Стефан Внифантьев. Нам практически ничего не известно о его жизни и служении до 1645 года. Мы даже не знаем даты и места его рождения. Судя по всему, как и другие видные деятели боголюбческого движения, Стефан Внифантьев был выходцем из Нижегородской земли (в Макарьевом Желтоводском монастыре хранился синодик с записью его рода). По отзывам современников, «поп Стефан» был учёным и книжным человеком, «муж благоразумен и житием добродетелен, слово учительно во устах имеяй», по-видимому, владел греческим, латинским и польским языками. Ему приписывают четыре сочинения в сборнике «Златоуст» (Слова о правде, суевериях, корчмах и пьянстве, церковном строении), перевод с польского языка полемического сочинения «О образех, како поклоняются образом», «Послание о единогласии священника Агафоника суздальскому архиепископу Серапиону» и другие сочинения.
В 1645 году Стефан Внифантьев был поставлен в протопопы Благовещенского собора в Кремле, «что у государя на сенех», и в этом качестве присутствовал 28 сентября на венчании Алексея Михайловича на царство. Тогда же он стал духовником нового царя. Являясь организатором и руководителем кружка ревнителей благочестия, Стефан Внифантьев поддерживал отношения со многими боголюбцами — Иоанном Нероновым, Федором Ртищевым, Никоном, Аввакумом. По его инициативе переехал в Москву из Нижнего Новгорода Иоанн Неронов, он принимал у себя в доме и поддерживал Аввакума во время его приездов в Москву.
