Именно в этот период Моро суждено было противостоять русскому военному гению — непобедимому Суворову.
В марте 1799 года вторая коалиция выставила против Франции 320 000 человек, 80 000 из которых составляли войска А.В. Суворова и A.M. Римского-Корсакова. Директория могла противопоставить этим силам примерно половину, а именно 170 000 солдат, плотность фронта существенно уменьшилась, и французы постепенно начали сдавать свои позиции.
Англо-русский экспедиционный корпус высадился в Голландии, и Брюн был не в состоянии сдерживать численно превосходящего противника. Кампания, которую вел Журдан, была еще более катастрофической, чем в 1796 году. Вновь потерпев поражение от эрцгерцога Карла при Штокахе 24 марта 1799 года, он был вынужден отступить, сократив линию фронта до 100 км — от Остраха до Рейна, который только что был форсирован австрийцами, угрожавшими вторжением в Эльзас.
Под давлением австро-русских войск фон Готце и Римского-Корсакова генерал Массена отступал от Фельдкирха на рубеж р. Лиммат и достиг Цюриха, который решил оборонять при поддержке генерала Лекурба, который к этому времени уже славился как крупный военный специалист по ведению боевых действий в горной местности. По мнению французских историков, именно ему в итоге будет принадлежать честь разбить армию «старого скифа» — Суворова, как в шутку называл его Лекурб.
Генерала Шерера в Италии также ожидала череда поражений. Казалось, что Баррас, зная о неспособности Шерера, как полководца, согласился на его назначение в угоду Бонапарту, однако на всякий случай приставил к нему Моро в качестве генерал-инспектора пехоты. Это позволяло Баррасу в случае необходимости иметь возможность оперативно передать командование в руки Моро и тем самым минимизировать негативные последствия, связанные с возможным поражением Шерера. Такой момент не заставил себя долго ждать. Как только началось отступление, Шерер, трясясь от страха ответственности за неминуемое поражение, попросил Моро принять на себя командование корпусом, состоявшим из двух дивизий (что могло быть сделано только с молчаливого согласия всех директоров). Тем не менее Шерер продолжал оставаться главнокомандующим и, несмотря на мнение Моро, решил принять сражение на реке Адидже против войск барона фон Края. Этот опытный австрийский генерал нанес свой удар под Маньяно, неподалеку от Вероны, 6 апреля 1799 года. Правое крыло армии Шерера было разбито, но левое во главе с Моро продолжало держаться. Вот как вспоминал об этом сам Моро: «Я был на марше с отрядом, которым мне поручили командовать. Вдруг я услышал канонаду. Я мог продолжать движение в соответствии с приказом командующего, с которым у меня прервалась связь из-за этой внезапной атаки противника. Однако опыт подсказывал мне, что армия находится в опасности». Тогда Моро принял решение развернуть свой корпус на 90 градусов и идти на «гром пушек». «Я с успехом сражался до самого вечера. Мною были взяты несколько тысяч пленных и много орудий. К ночи враг был разбит и отступил в полном расстройстве». В похожей ситуации окажется наполеоновский маршал Груши в 1815 г., но он точно будет следовать букве приказа и не повернет на грохот орудий, в результате чего Наполеон окажется без резервов, и Ватерлоо будет проиграно.
Как всегда, следуя своей врожденной скромности, свойственной многим Водолеям, Моро ничего не говорит о том, что он спас армию Шерера от полного разгрома и позволил ему отступить в порядке к крепости Мантуя и перегруппироваться. Только восемь дней спустя австрийцы вновь смогли выйти на рубеж реки Минчо. Однако этот рубеж, равно как и фронт по реке Ольо, французы были не в состоянии продолжать удерживать в связи с подходом русских во главе с Суворовым, что удвоило силы австрийцев.
Именно в этот критический момент Моро получает срочный приказ Директории явиться в Париж для консультаций. Эта новость быстро распространилась по войскам, и солдаты пришли в уныние. Видя падение морального духа своей армии, Шерер был вынужден взять на себя всю полноту ответственности за неподчинение директиве правительства и приказал Моро остаться. Шерер не ошибся, сохранив при себе этого генерал-инспектора, который значил много больше как генерал, чем как инспектор. Итак, Моро сохранил за собой командование левым крылом армии, находившимся в тылу р. Адды, которую ему предстояло форсировать. Он разместил свою главную квартиру в Лоди, тогда как штаб Шерера располагался в Кассано. Утром на следующий день, узнав, что «старый скиф» форсировал Адду в нескольких пунктах, Моро отправился в Кассано, где узнал, что Шерер уехал в Милан, бросив армию на произвол судьбы, разрешая, однако, ему, Моро, издавать все необходимые приказы. Видя численное превосходство противника, Моро понял, что единственным средством спасения армии может быть только отступление. По этому поводу Моро позднее напишет: «Временно назначенный командир, имеющий полновластного главнокомандующего, находящегося в 8 лье от места предстоящей битвы, не имел права принимать сражение без его ведома. Тем не менее я принял решение собрать армию в кулак, для чего левому крылу было приказано приблизиться к центру В 5 утра мне доложили, что неприятель форсировал реку в нескольких пунктах. Издав самые необходимые приказы, которые требовала создавшаяся обстановка, я послал адъютанта, чтобы предупредить генерала Шерера о том, что армия атакована и что ему необходимо срочно прибыть к ней. Я же, со своей стороны, окажу ему всяческую поддержку. Через четыре часа ко мне вернулся адъютант с приказом Директории о моем назначении главнокомандующим Итальянской и Неаполитанской армиями». Мы полагаем, что именно за этим распоряжением Шерер отправился в Милан, где у представителя Директории в Италии получил нужный ему документ. Вместе с тем мы не думаем, что Шерер нарочно бросил армию. Во-первых, с ней оставался Моро, а во-вторых, полученная передышка давала ему шанс уладить все дела. Он только не учел, что эта передышка так быстро закончится. И все же Шерер решил уйти от ответственности, возложив всю вину за предстоящее поражение на плечи генерала Моро, чего последний, естественно, не желал. Тем не менее Моро принял командование, и, не ставя во главу угла интересы карьеры, как некоторые из его недавнего окружения, он просто служил республике; вот почему он поставил задачу спасения армии выше забот о ее славе. Армия, о которой шла речь, представляла собой 20-тысячный отряд, растянутый по фронту на 25 лье, т.е. 800 человек на 1 лье, или 182 человека на 1 км фронта. Это был нонсенс, даже по тем временам! Беспечность правительства и посредственность Шерера поставили французскую армию в тяжелое положение. Во-первых, она была разделена противником на три части и, во-вторых, не могла ожидать поддержки, так как французская Неаполитанская армия находилась на расстоянии 200 лье к югу.
