Несмотря на все злоключения, Тимуру и Хусейну в конце концов удалось победить своих внешних и внутренних врагов и захватить власть в Мавераннахре; внук Казаган сделался главным эмиром, Тимур - его правой рукой. Союз между ними с самого начала был укреплен браком; уже в рассказе о столкновении с туркменами на Мургабе упоминается, в качестве жены Тимура, сестра Хусейна Улджай Туркан-ага. Родственные отношения, однако, не предотвратили столкновения между эмирами. В 1366 г., после усмирения самаркандского движения, Хусейн наложил пеню на друзей Тимура; чтобы помочь своим друзьям, Тимур отдал всё, что мог, в том числе и серьги своей жены; Хусейн узнал украшение, но не возвратил его; вскоре после этого Улджай Туркан-ага умерла, и с ее смертью окончательно порвалась связь между прежними товарищами.
Между 1366 и 1370 гг. Тимур то находился в войне с Хусейном и сближался с его врагами, то примирялся с ним и по его поручению сражался со своими прежними союзниками. Особенно характерны отношения между Тимуром и эмиром Кайхусрау, владетелем области Хутталян (между Вахшем и Пянджем). Хусейн еще в 1360 г. казнил его брата Кайкубада; во время войны с моголами в 1361 г. Кайхусрау перешел на сторону хана и сделался его «зятем», женившись на его двоюродной племяннице Тюмень-Кутлуг; когда Кайхусрау в 1366 г. вернулся в Ташкент, Тимур находился в ссоре с Хусейном, сблизился с Кайхусрау и посватал за своего сына Джихангира Ракийе-ханике, дочь Кайхусрау и Тюмень-Кутлуг. В 1369 г. Тимур в качестве верноподанного эмира Хусейна усмирял восстание Кайхусрау и заставил его бежать на Алай; в 1370 г. Кайхусрау присоединился к Тимуру, восставшему против Хусейна, и после взятия Хусейна в плен получил возможность применить к нему признанный Кораном закон кровомщения (кисас); в 1372 г., во время войны с хорезмийцами, Кайхусрау был обвинен в измене и предан казни, на основании ярлыка, изданного подставным ханом Суюргатмышем; приговор был выполнен, на основании кисаса, нукерами Хусейна.
В 1370 г., в разгар борьбы с Хусейном, Тимур приобрел нового духовного покровителя, сейида Береке; о его происхождении приводятся разноречивые известия. Сейид остался в государстве Тимура и получил в удел город Андхой, остававшийся и в XV в. во власти его потомков. По словам Шереф ад-дина, сейид после этого всегда сопровождал Тимура; после смерти они были похоронены в одном мавзолее, причем лицо Тимура было обращено в сторону сейида.
Немногим больше известно об отношении Тимура к другим представителям духовенства. В рассказе о вступлении Тимура на престол в 1370 г. вместе с сейидом Береке названы термезские сейиды, или худаванд-заде, братья Абу-л-Маали и Али-Акбар. Подобно Береке, эти сейиды оставались, по крайней мере по внешности, влиятельными лицами в государстве Тимура до конца его царствования, с той разницей, что в их жизни была минута, когда они изменяли своему новому государю. В 1371 г. в заговоре против Тимура вместе с несколькими эмирами приняли участие также некоторые представители духовенства, именно шейх Абу-л-лейс самаркандский и сейид Абу-л-Маали термезский. Тимур отнесся к заговорщикам очень снисходительно; шейх был отпущен в Мекку, сейид изгнан из государства, но, очевидно, скоро прощен, так как уже в 1372 г. принимал участие в походе на Хорезм. После этого термезские сейиды оставались верными приверженцами Тимура, и в 1404 г., на обратном пути из своего последнего похода на запад, Тимур останавливался в Термезе в доме худаванд-заде Ала ал-мулька.
Кроме Термеза, влиятельные представители духовенства были, конечно, и в других городах Мавераннахра, из которых для Тимура имели особенное значение его родной Кеш и его столица Самарканд. В рассказе о прибытии к Тимуру в Карабаг зимой 1403/04 г. представителей духовенства после сейида Береке и термезских худаванд-заде отдельно названы только самаркандские шейх ал-исламы ходжа Абд ал-Эввель и его двоюродный племянник ходжа Исам ад-дин, кешский ходжа Афзаль и сыновья кешского шейх-ислама Абд ал-Хамид и Абд ар-Рахман; говорится о присутствии бухарских шейхов, но при этом не называется ни одно отдельное имя. Несмотря на то, что современником Тимура был знаменитый Беха ад-дин, основатель ордена накшбендиев, источники вообще ничего не говорят о каких-либо связях между двором Тимура и шейхами Бухары. Самаркандский шейх ал-ислам Абд ал-Мелик (двоюродный брат и предшественник Абд ал-Эввеля) упоминается и в рассказе о событиях 1383 г., когда он вместе с другими представителями религии старался утешить Тимура, слишком предававшегося горю после смерти своей сестры Кутлуг-Туркан-ага.
Не совсем обычная встреча была оказана Тимуру представителями духовенства в Хорасане в 1381 г. Еще в Андхуде юродивый Баба-Сенгу, считавшийся святым, бросил перед Тимуром кусок мяса от груди животного; Тимур объявил, что считает это благоприятным предзнаменованием и что бог, очевидно, предает в его руки Хорасан, «грудь земной поверхности». На Герируде, в местности к югу от нынешнего Кухсана, в селении Тайабад жил подвижник Зейн ад-дин Абу Бекр Тай-абади; Тимур, прибыв туда, велел передать подвижнику, что хочет его видеть; подвижник объявил, что у него до Тимура дела нет; если у Тимура есть дело до него, пусть придет сам. Встреча произошла; Тимур потом сам рассказывал историку Хафиз-и Абру, что во всех других случаях он при свидании с отшельниками замечал в них признаки страха, только при свидании с Тайабади страх испытывал не отшельник, а сам Тимур. Ибн Арабшах, посвящающий этому свиданию особую главу, рассказывает, что шейх положил руки на спину Тимура, преклонившего перед ним колени; Тимуру, как он потом рассказывал, показалось, что небо упало на землю и что он придавлен между ними. Выслушав наставления шейха, Тимур спросил, зачем он не наставлял таким же образом своего государя, гератского князя, предававшегося запрещенным удовольствиям. Шейх ответил; «Мы ему говорили, он не послушался; бог послал вас на него; теперь мы говорим вам; если вы не послушаетесь, бог пошлет другого на вас». Трудно сказать, насколько этот разговор был разукрашен самим Тимуром и писавшими с его слов историками; во всяком случае в дальнейших поступках Тимура нельзя отметить никаких следов влияния шейха, завоевание Хорасана было совершено с обычной жестокостью, и уже при взятии приступом соседнего Бушенга были истреблены все его защитники. По словам Ибн Арабшаха, Тимур считал шейха Зейн ад-дина одним их трех духовных покровителей, которым он был обязан своими успехами (двое других были Шемс ад-дин Кулар и сейид Береке); но в истории Тимура шейх после 1381 г. больше не упоминается, хотя он прожил еще восемь лет.
Историки, писавшие при Шахрухе, когда шариат получил преобладание перед законами Чингиз-хана, естественно, были склонны преувеличивать благочестие Тимура и его ревность к вере. Несомненно, что Тимур был покровителем улемов, беседовал с ними, как равный с равными, и относился с особенным уважением к потомкам пророка; кроме потомков самого Тимура, сейиды были в его государстве, может быть, единственными людьми, жизнь которых считалась неприкосновенной. Хафиз-и Абру, кроме того, сообщает, что Тимур заботился об укреплении веры и шариата, что в его время «никто не смел заниматься философией и логикой», что он никогда не вмешивался в денежные дела вакфов. Слова об отношении к философии, вероятно, преувеличены; сам Хафиз-и Абру дальше говорит, что Тимур покровительствовал и философам. Из светских наук Тимур лучше всего знал историю; слова Хафиз-и Абру о его познаниях в истории турок, арабов и персов вполне подтверждаются тем впечатлением, которое, по словам Ибн Арабшаха, вынес из своей беседы с Тимуром историк Ибн Халдун. Тимур, однако, имел также некоторые познания в медицине и астрономии; среди ученых, приведенных им в Самарканд, были также представители этих наук, как Хусам ад-дин Ибрахим-шах германский, «мессия и Гиппократ своего времени», мауляна Ахмед, врач и астроном, говоривший Ибн Арабшаху в 808/1405-06 г., что произвел астрологические вычисления за 200 лет. Есть, впрочем, известие, что Тимур не признавал астрологии и предпочитал гадать по Корану. Ревность к вере будто бы побудила Тимура закрыть увеселительные места в Багдаде, Тебризе, Султании, Ширазе, Кермане и Хорезме (старом Ургенче), несмотря на доход, который они приносили казне (об увеселительных местах Самарканда и более близких Тимуру городов ничего не говорится). Чаще, однако, для Тимура религия была орудием для достижения политических целей, чем причиной, определявшей его поступки. Тот же Тимур, который в Сирии выступил защитником Али и его потомков, вследствие чего сирийцы считали его ревностным шиитом, в Хорасане восстановил суннитское правоверие, в Мазандеране наказывал шиитских дервишей за оскорбление памяти спутников пророка. Вполне естественно, что мусульманские богословы в беседах с таким государем всегда опасались западни. Очень характерна сцена, происходившая в 1403 г. на Куре и рассказанная Низам ад-дином. Тимур спросил своих улемов, почему они не следуют примеру прежних представителей ислама, наставлявших своих султанов, и не дают ему никаких наставлений. Они ответили, что государь своими поступками сам дает всем пример и не нуждается в наставлениях таких людей, как они; только когда они убедились, что «это слово говорится искренне», они осмелились доложить о некоторых злоупотреблениях, имевших место в той или иной области.
