15 марта — занятие Россией Ляодунского полуострова.
1899, 3 февраля — подписание Николаем II Манифеста о Финляндии и опубликование «Основных положений о составлении, рассмотрении и обнародовании законов, издаваемых для империи со включением Великого княжества Финляндского».
18 мая — начало работы «мирной» конференции в Гааге, инициированной Николаем П. На конференции обсуждались вопросы ограничения вооружений и обеспечения прочного мира; в ее работе приняли участие представители 26 стран.
14 июня — рождение дочери, великой княжны Марии Николаевны.
28 июня — смерть наследника престола, младшего брата Николая II цесаревича Георгия Александровича.
1900, 12 июня — указ об отмене ссылки в Сибирь на поселение.
Июль — август — участие русских войск в подавлении «боксерского восстания» в Китае. Занятие Россией всей Маньчжурии — от границы империи до Ляодунского полуострова.
Конец октября — ноябрь — болезнь императора (брюшной тиф).
1901, 14 февраля — убийство министра народного просвещения Н. П. Боголепова.
5 июня — рождение дочери, великой княжны Анастасии Николаевны.
Июль — бракосочетание сестры царя Ольги Николаевны и принца П. А. Ольденбургского (брак был расторгнут в сентябре 1916-го).
20 сентября — встреча и знакомство Николая II и Александры Федоровны с «лионским магнетизером» Филиппом Низье-Вашо, ставшим впоследствии «Другом царей».
1902, 2 апреля — убийство министра внутренних дел Д. С. Сипягина.
1903, 26 февраля — Манифест «О предначертаниях к усовершенствованию государственного порядка».
12 марта — издание закона об отмене круговой поруки.
17–20 июля — участие Николая II и некоторых других членов дома Романовых в торжествах по случаю канонизации преподобного Серафима Саровского.
1904, 27 января — атака японскими эсминцами русской эскадры, стоявшей на внешнем рейде Порт-Артура; начало Русско-японской войны.
31 марта — гибель командующего Тихоокеанским флотом вице-адмирала С. О. Макарова.
3 июня — убийство генерал-губернатора Великого княжества Финляндского Н. И. Бобрикова.
15 июля — убийство министра внутренних дел В. К. Плеве.
30 июля — рождение сына, наследника престола цесаревича и великого князя Алексея Николаевича.
25 августа — назначение князя П. Д. Святополк-Мирского министром внутренних дел; попытка установления «доверительных» отношений с обществом.
12 декабря — подписание Николаем II указа «О предначертаниях к усовершенствованию государственного порядка».
1905, 6 января — высочайший выход к Иордани (сделанной на Неве напротив Иорданского подъезда Зимнего дворца), во время которого одна из батарей «салютовала» царю боевой картечью.
9 января — Кровавое воскресенье в Петербурге. Начало Первой российской революции.
19 января — прием в Царском Селе Николаем II депутации рабочих столичных и пригородных заводов и фабрик. Из собственных средств на помощь членам семей убитых и раненых 9 января царем было выделено 50 тысяч рублей.
4 февраля — убийство в Москве дяди царя, великого князя Сергея Александровича.
18 февраля — рескрипт Николая II на имя министра внутренних дел А. Г. Булыгина о разработке мер для привлечения населения к обсуждению законодательных предположений. Весна — рост аграрных беспорядков в ряде центральных губерний империи.
14–15 мая — Цусимское сражение, гибель русской эскадры.
17 апреля — подписание Манифеста «Об утверждении начал веротерпимости».
14–24 июня — восстание на броненосце Черноморского флота «Князь Потемкин-Таврический».
10–11 июля — свидание императоров Николая II и Вильгельма II в финских шхерах (на рейде Бьорке). Подписание Бьоркского договора, согласно которому стороны должны были оказывать друг другу поддержку в случае нападения на них в Европе. Дезавуирован вскоре после подписания Николаем II как несоответствующий интересам союзной России Франции.
18–26 июля — Петергофские совещания, прошедшие под председательством Николая II и посвященные выработке проекта Государственной думы.
6 августа — подписание Манифеста об учреждении Государственной думы («Булыгинская дума»).
23 августа — заключение Портсмутского трактата, положившего конец Русско-японской войне. Ценой мира стали: потеря Россией южной части острова Сахалин, уступка Японии аренды Ляодунского полуострова с крепостями Порт-Артуром и Дальним, признание японских интересов в Корее и уплата Японии денежных сумм за содержавшихся ею русских военнопленных.
17 октября — подписание Манифеста «Об усовершенствовании государственного порядка». Начало новой эпохи — эпохи «Думской монархии».
22 октября — опубликование Манифеста, приостанавливавшего действия всех законов, начиная с Манифеста 3 февраля 1899 года, оспаривавшихся сеймом Финляндии.
24 октября — 1906, 22 апреля — граф С. Ю. Витте — председатель Совета министров.
1 ноября — знакомство Николая II и Александры Федоровны с сибирским странником Григорием Распутиным.
5, 7, 11 декабря — Особое совещание под председательством царя, посвященное обсуждению нового избирательного закона.
9–19 декабря — вооруженное восстание в Москве. 12 декабря — опубликование царского указа с изменениями положения о выборах в Государственную думу.
23 декабря — прием Николаем II депутации Союза русского народа и принятие за себя и за наследника значков членства в СРН.
1906, 8 марта — 15 декабря — работа Предсоборного Присутствия Православной Российской Церкви.
22 апреля — вместо С. Ю. Витте председателем Совета министров назначен И. Л. Горемыкин.
23 апреля — утверждение новой редакции «Основных государственных законов» Российской империи, оформивших существование самодержавной власти совместно с Государственной думой.
27 апреля — начало работы Первой Государственной думы; речь Николая II перед депутатами в Георгиевском тронном зале Зимнего дворца.
8 июля — отставка И. Л. Горемыкина и назначение П. А. Столыпина председателем Совета министров.