Разносторонняя подготовка и глубокие военные знания позволили Б.М. Шапошникову внедрить в боевую и оперативную подготовку войск и штабов ряд интересных новшеств. Разработанная им и примененная в Ленинградском и Московском военных округах методика проведения учений и маневров с широким использованием посреднического аппарата и нейтральной связи получила в тот период положительную оценку. Часто посещая учебные поля, стрельбища, командирские занятия, Борис Михайлович делал поучительные разборы увиденного, прививал командирам единые взгляды на вопросы обучения и воспитания войск. Он был последовательным поборником строгой дисциплины, но врагом окрика.
Значительным подспорьем в его работе служила библиотека, оставшаяся от старого Военного министерства и размещавшаяся в помещении штаба Ленинградского военного округа.
Старые работники этой библиотеки и сейчас еще вспоминают, что Б.М. Шапошников был одним из тех командующих, кто регулярно работал в ней и лично обследовал чуть ли не каждый шкаф в ее многоэтажном купольном зале. Именно в эти годы он вчерне завершил работу над своим трудом «Мозг армии» и подготовил к печати первую книгу, наиболее насыщенную раздумьями о роли генерального штаба в системе вооруженных сил, теоретическими выводами и практическими пожеланиями. Эта книга, несмотря на ее специфику и довольно крупный по тому времени тираж (5 тысяч), разошлась очень быстро и вызвала оживленную дискуссию, как в СССР, так и за его пределами. Спустя два года вышли в свет вторая и третья книги этого труда.
За основу исследования в книге взята деятельность генерального штаба австро-венгерской армии. Этот выбор не случаен. К моменту начала работы наиболее полно была описана история только австро-венгерского генерального штаба, причем в роли исследователя-историка выступал сам бывший его начальник — фельдмаршал Конрад фок Гетцендорф. Пятитомные мемуары Конрада, сопровождавшиеся публикацией множества подлинных документов о работе генерального штаба и связанных с ним правительственных учреждений, представляли возможность всесторонне исследовать комплекс вопросов, входящих в сферу деятельности этого органа, вскрыть ее положительные и отрицательные стороны.
В последующем автор использовал работы о французском и германском генеральных штабах, документальные материалы русского генерального штаба. Это позволило Борису Михайловичу создать исключительно интересный трехтомник, полезный и по сегодняшний день. В нем дается четкое представление о том, чем должен быть генеральный штаб в условиях нашего времени, каково его место в военной системе и как должна организовываться ею работа.
Борис Михайлович Шапошников в своем труде раскрыл основные положения молодой советской военной науки о характере будущей войны, дал детальное представление о структуре Генерального штаба как органа Верховного Главнокомандования и о сущности его работы, о требованиях, предъявляемых современной войной к военачальнику, к органам оперативного управления и их работникам. Наконец, показал роль Генерального штаба в подготовке страны к обороне.
Мысли, высказанные Борисом Михайловичем, вызвали живой интерес среди командного состава РККА и нашли широкий отклик на страницах военной печати, в военно-учебных заведениях.
Интерес к вопросу о роли Генерального штаба обусловливался в Советском Союзе тем, что кадрово-территориальная Красная Армия небольшой численности, позволявшая на первых порах делить функции планирования и руководства между Штабом РККА и Главным управлением РККА, в конце 20-х годов вступала в новый период своего развития. По мере увеличения численности Красной Армии, усложнения ее организации, появления технических родов войск, и особенно в предвидении дальнейшего роста, маломощный Штаб РККА, лишенный функций руководства мобилизационной работой в стране и контроля за боевой подготовкой войск, не мог уже реально планировать стратегическое развертывание вооруженных сил на случай войны и их обучение. В свою очередь, Главное управление РККА, оторванное от планирующего органа, в ряде случаев оказывалось некомпетентным в руководстве боевой подготовкой войск, отставало от требований времени. Иными словами, разделение функций военного руководства между этими двумя органами уже не отвечало требованиям времени. Это было очевидным для многих советских военачальников и теоретиков.
Борис Михайлович теоретически обосновал и показал необходимость иметь в вооруженных силах единый рабочий орган военного руководства — Генеральный штаб Рабоче-крестьянской Красной Армии.
В труде Б.М. Шапошникова четко определена компетенция центрального аппарата военного командования. При решении вопроса о его организации он исходил из руководящей роли Коммунистической партии в военном строительстве. Автор широко использовал труды В. И, Ленина, а также его выступления на съездах РКП(б) и в периодической печати.
Анализируя роль военного командования, Б.М. Шапошников ясно показал, что такое лицо, как начальник Генерального штаба, должно уметь искусно составлять различные военные планы. Необходимо, чтобы его планы находились в соответствии с политикой государственной власти данной страны. Роль начальника Генерального штаба в определении правильной линии стратегического планирования исключительно велика, и поэтому подбор такого лица чрезвычайно важное дело.
Основные мысли, высказанные Б.М. Шапошниковым в труде «Мозг армии», нашли отражение в ряде его докладов командованию Красной Армии и советскому правительству о реорганизации центрального военного аппарата, в проектах переустройств Генерального штаба РККА накануне и в ходе Великой Отечественной войны, в директивах об организации полевого управления войск. Ими он руководствовался при подборе кадров для Генерального штаба и воспитании у них необходимых качеств советского штабного работника.
В течение своей службы — сначала начальником Штаба РККА, а спустя несколько лет начальником Генерального штаба РККА — Б.М. Шапошников настойчиво проводил идею о необходимости централизации в руководстве вооруженными силами и осуществления четкой регламентации штабной службы на всех уровнях. Борис Михайлович был последовательным сторонником объединения управления вооруженными силами в Генеральном штабе. В этих вопросах он выступал не только как военачальник, предлагающий реализовать какую-либо частную идею в боевой подготовке или в организационной структуре того или иного войскового организма, а как государственный деятель, пекущийся о необходимом пересмотре взглядов на структуру рабочего аппарата верховного командования и его роль в руководстве жизнью и боевой деятельностью вооруженных сил в целом.
