Мартовское патрулирование в Тана-фьорде с пошло неудачно. Сначала Л-20 подорвалась на противотральной трубке мины заграждения Sherre-III (это произошло вечером 7 марта на глубине 58 метров). Исправляя повреждения, которые были незначительны: подорвано несколько кингстонов и клапанов вентиляции и повреждено освещение, подводная лодка попала в шторм и вынуждена была отойти на позицию зарядки аккумуляторов. Следующие за этим пять контактов с кораблями противника по разным причинам остались без атаки.
Следующий поход в район севернее Хаммерфеста удался лишь частично, задачу постановки мин в проливе Брейсунд Л-20 выполнила успешно. Вечером 5 апреля подводная лодка выставила одной банкой 20 мин, но мины были обнаружены и вытралены противником. Из-за сильного шторма и скал на побережье так и не смогла высадить на вражеский берег разведгруппу. Вернувшись в базу, ПЛ в конце апреля – начале августа прошла текущий ремонт и ДОКование.
Седьмой Боевой поход едва не стал для Л-20 последним. Вечером 29 августа подводная лодка вышла для действий в пределах мыс Нордкап – мыс Омганг. Вечером 1 сентября Л-20 поставила 20 мин в устье Оксе-фьорда, которое было обнаружено противником спустя три дня при контрольном тралении. Утром 3 сентября у мыса Слетнес Л-20 обнаружила и атаковала тремя торпедами двух охотников охотников (командир подводной лодки оценил цель как транспорт под эскортом сторожевика). Несмотря на то, что на подводной лодке спустя 33 секунды зафиксировали взрыв, немецкие охотники Ujl209 и Uj 1214 смогли уклониться от выпущенных подводной лодкой торпед, а затем контратаковали. (Пять часов назад действующая на соседней позиции С-51 потопила Ujl202 из этой группы). После пуска торпед Л-20 приобрела положительную плавучесть. Чтобы удержать ее на заданной глубине, необходимо было заполнить цистерну быстрого погружения, но из-за ошибочных действий личного состава (не открыт клапан вентиляции цистерны, из-за чего воздух под большим давлением начал уходить через кингстон, нарушив его герметичность), контроль над погружением подводной лодки был утерян. Получившая дифферент 25° на нос Л-20 ударилась о грунт, разбив шахту ГАС «Дракон». Вода под большим давлением через неплотно закрытую крышку шахты стала поступать внутрь прочного корпуса во 2-й отсек. Поняв, что ПЛ тонет, командир Л-20, несмотря на то, что охотники противника продолжали бомбить подводную лодку, направил ее полным ходом к берегу, где глубины не превышали бы предельную. К тому моменту, когда во 2-м отсеке вода достигла нижнего яруса коек и продолжала поступать, подводная лодка легла на грунт на глубине 110 метров. В это время борьбу за живучесть корабля вел личный состав 2-го отсека: старшина 2-й статьи Василий Острянко, старший краснофлотец Николай Чижевский, краснофлотец Николай Никанишин и курсант-практикант ВМУ Николай Портнов. Несмотря на то, что экипажем были приняты меры по герметизации отсека, и в нем создано воздушное противодавление, вода все равно продолжала прибывать. Вскоре она достигла 2-го, а затем и 3-го яруса коек, а личный состав через торпедопогрузочную горловину был вынужден перейти в 1-й отсек, где старшим был командир БЧ-2-3 старший лейтенант Михаил Шапоренко. Кроме него там находились: главный старшина Андрей Пухов, старшина 2-й статьи Александр Доможирский, краснофлотцы Александр Фомин, Георгий Бабошин, Дмитрий Крошкин, Александр Хоботов, Константин Матвейчук и Александр Егоров. На плечи этих тринадцати моряков легла вся основная тяжесть борьбы за спасение подводной лодки. Л-20 имела отрицательную плавучесть, к тому же запасы сжатого воздуха на ней были ограничены. Чтобы всплыть, подводная лодка должна была хотя бы частично осушить аварийный 2-й отсек, что было сделано в труднейших условиях: за счет выпуска воздуха из запасных торпед в аварийном отсеке было создано противодавление, после чего, вернувшись во 2-й отсек, моряки в полной темноте ныряли в ледяную воду, чтобы открыть заклиненный клапан аварийного осушения. Спустя 12 часов после начала нештатной ситуации подводная лодка была готова к аварийному всплытию; для этого вода была откачана из минных труб, торпедных аппаратов, дифферентной, уравнительной и торпедозаместительной цистерн; продолжалось осушение аварийного 2-го отсека. Ночью Л-20 всплыла на поверхность; при этом крен подводной лодки на нос достигал 86°, а созданное противодавление во 2-м и 1-м отсеках через поврежденную шахту гидролокатора резко упало до нормального, в результате чего все 13 человек, находившихся в двух первых отсеках получили кессонную болезнь.
Подводная лодка направилась в базу, куда прибыла утром 5 сентября. Пострадавший личный состав (в том числе трех человек в тяжелом состоянии) отправили в госпиталь, но краснофлотца А.Д.Егорова спасти не удалось, он умер, не приходя в сознание. Техническим итогом аварии на подводной лодке стал выход из строя всех электроприборов в 1-м и 2-м отсеках, а в результате аварийного всплытия треснуло два бака аккумуляторной батареи, из которых пролит электролит. Погибший краснофлотец А.Д.Егоров был посмертно награжден орденом Отечественной войны I степени, остальные 12 человек команды 1-го и 2-го отсеков получили орден Красного Знамени. Кроме них орденом Красного Знамени были отмечены командир подводной лодки В.Ф.Тамман и инженер-механик А.И.Горчаков. После прохождения аварийного ремонта, который завершился в конце октября, Л-20 вечером 16 декабря вышла в район мысов Нордкап – Нордкин. Вечером 19 декабря в Порсангер-фьорде подводная лодка поставила мины заграждения №-72 (из-за плохой погоды подводная лодка не смогла произвести постановку в назначенном районе; был использован запасной вариант, но в результате мины были выставлены севернее судоходного фарватера противника). Вечером 26 декабр Л-20 получила приказ выйти на перехват вражеского соединения (линкор «Shamxorst» эсминцы Z29, Z30, Z33, Z34 и Z38) с задачей прикрытия союзных конвоев JW-55-B и RA-55-A. Отходящие эсминцы подводная лодка обнаружила, но не смогла атаковать из-за невыгодного курсового угла в ночь на 27 декабря.
Следующий Боевой поход был произведен в рамках операции «РВ-2» (позиция «К» в районе острова Рольвсё) во второй половине февраля 1944 года. Едва прибыв на позицию, подводная лодка попала в шторм, получила повреждения (в результате выхода из строя кормовых горизонтальных рулей при погружении подводной лодки создавался сильный дифферент), была вынуждена вернуться в базу. В начале марта 1944 года на основании приказа НК ВМФ №-002 от 2 февраля 1944 года личный состав подводной лодки был заменен экипажем тихоокеанской Л-19 во главе с капитаном 3 ранга Е.Н.Алексеевым. Вскоре часть старого экипажа Л-20 отправилась в Англию для приемки кораблей в счет раздела итальянского флота, остальные были расписаны на другие подводные лодки. Среди экипажа погибшей на переходе из Великобритании в СССР подводной лодки В-1 было 20 человек ранее служивших на Л-20.В апреле-мае 1944 года подводная лодка с новым экипажем находилась в организационном периоде, отрабатывая курс Боевой подготовки. В ходе выполнения одной из задач днем 9 мая 1944 года в районе острова Торос в Кольском заливе Л-20 атаковала пара самолетов FW190. Команда «Срочное погружение!» была отдана слишком поздно, но самолеты не несли бомб, поэтому ограничились только пушечно-пулеметным обстрелом, в результате которого подводная лодка получила 60 пулевых и снарядных пробоин в ограждении рубки, надстройке и легком корпусе. Командир подводной лодки получил легкие ранения в голову и руку. Итогом Боевой подготовки подводной лодки стали показательные сравнительные практические и боевые стрельбы торпедами ЭТ-80 и 53–39 22 мая. (Основной причиной проведения данного мероприятия стало то, что многие командиры подводных лодок с недоверием отнеслись к новому оружию, избегая принимать электроторпеды на борт.
