После этого Моро был заменен на посту командующего Итальянской армией генералом Б. Жубером, а сам получил назначение на должность командующего Рейнской армией. Прибыв в армию, Жубер попросил Моро задержаться на несколько дней с отъездом из Италии, чтобы помочь ему разобраться в обстановке и подготовиться к переходу в наступление.
4 (15) августа 1799 года произошло сражение при Нови, в самом начале которого Жубер был убит, и Моро вновь вступил в командование Итальянской армией. Французы в этом сражении потерпели сокрушительное поражение от Суворова.
Моро при Нови проявил большое мужество и отвагу, под ним были убиты 3 лошади, а сам он ранен, но остался в строю и ценой неимоверных усилий спас основные силы Итальянской армии от полного уничтожения.
Когда он прибыл во Францию, его репутация как полководца, несмотря на поражение, понесенное в Италии от Суворова, в общественном мнении не была поколеблена. Однако нового назначения после выздоровления Моро не получил (должность командующего Рейнской армией была уже занята другим генералом).
В 1799 году внутриполитическая обстановка во Франции была очень сложной. Авторитет Директории, возглавлявшей страну, упал до самого низкого уровня. В воздухе носилась идея государственного переворота с целью отстранения от власти опостылевшей всем Директории и установления нового, более прочного режима. Главным идеологом заговора против Директории был ее же член Э. Сийес. Уже в течение нескольких месяцев он искал «шпагу» (популярного генерала) для осуществления своего замысла. Такой генерал летом 1799 года им был найден — это был Жубер. Но его неожиданное назначение в Италию, срочный отъезд туда и последующая гибель там привели к отсрочке реализации плана Сийеса.
Он снова приступил к поискам кандидата на роль руководителя военного переворота. Однако его попытка привлечь на свою сторону Моро окончилась неудачей. Известный своими твердыми республиканскими убеждениями и далекий от политических амбиций Моро уклонился от предложенной ему роли. В то же время и Директория пыталась найти в нем опору для удержания своей власти. Но и ее постигла неудача.
Тем временем из Египта во Францию вернулся Наполеон Бонапарт, вокруг которого быстро сплотились все антиправительственные силы. К нему был вынужден примкнуть и утративший свою руководящую роль в заговоре против Директории Сийес.
Бонапарт сразу же повел свою игру, и ему не нужны были какие-либо политические наставники. Одна из важнейших задач, стоявших перед Бонапартом в период подготовки военного переворота, заключалась в привлечении на свою сторону или хотя бы нейтрализации генерала Моро, большое влияние которого в армейских кругах ему было хорошо известно. С этой задачей кандидат на роль военного диктатора справился успешно. Ему удалось настолько очаровать Моро (Бонапарт даже подарил ему привезенную из Египта драгоценную дамасскую саблю), что тот, правда, после некоторых колебаний, все же согласился поддержать Бонапарта и принял активное участие в военном перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 года).
В награду за эту поддержку Моро получил от Наполеона Бонапарта, ставшего первым консулом Французской республики, а фактически военным диктатором, пост командующего Рейнской армией.
С началом кампании 1800 года Моро вторгся в Германию и одержал ряд побед над австрийцами (при Энгене, Мезкирхе, Биберахе и др.). Но после отправки значительной части своих войск в Швейцарию он вынужден был приостановить наступление, что вызвало недовольство Первого консула. Успехи французских войск в Италии и Швейцарии заставили австрийцев начать отступление и в Германии. Это побудило Моро к активности — он возобновил наступление, но перемирие, заключенное в июле, остановило его. После окончания в конце 1800 года этого перемирия австрийцы перешли в наступление, но 3 декабря 1800 года были разбиты генералом Моро в сражении при Гогенлиндене (селение в Баварии, в 32 км восточнее Мюнхена).
В этом знаменитом сражении, которое произошло в лесистой, пересеченной местности, Моро умело использовал обходной маневр. В обход левого фланга противника он выделил 1/4 всех сил, находившихся в его распоряжении. Одновременным ударом с фронта во фланг и в тыл австрийская Дунайская армия (около 60 тыс. человек; эрцгерцог Иоанн) была наголову разгромлена. Австрийцы потеряли около 14 тыс. человек (в том числе 9 тыс. человек пленными) и почти всю артиллерию (87 орудий), французы же — около 2,5 тыс. человек.
Поражение при Гогенлиндене и последующее наступление Моро на Вену заставили Австрию просить французов о заключении перемирия.
Решающее значение в победе Моро при Гогенлиндене сыграли: правильный выбор направления главного удара, смелый и решительный маневр в ходе сражения и энергичное преследование разгромленного противника. Блистательная победа при Гогенлиндене была одержана Моро при отсутствии превосходства в силах над противником (французская Рейнская армия имела численность 56 тыс. человек).
Основная причина поражения австрийцев заключалась в том, что бездорожье и лес не позволили им одновременно ввести все свои силы в сражение, и они были разгромлены французами по частям. Немалую роль в их поражении сыграли также плохо организованное управление войсками, отсутствие взаимодействия между колоннами (австрийская армия наступала 4 колоннами) и неудовлетворительная разведка.
Громкая победа Моро при Гогенлиндене затмила успех Наполеона при Маренго (14 июня 1800 года), так как именно она поставила победную точку во второй войне против Австрии.
Прямым следствием ее явилось заключение 25 декабря перемирия, а 9 февраля 1801 года — невыгодного для Австрии Люневильского мира, завершившего распад 2-й антифранцузской коалиции.
Прибывший после заключения мира в Париж увенчанный славой Моро был окружен всеобщим вниманием и почетом. Это был звездный час в его жизни. Наполеон Бонапарт подарил ему пару пистолетов, богато украшенных бриллиантами и инкрустациями, заметив при этом, что из-за недостатка места на них нельзя было поместить названий всех его побед.
Но, оставаясь убежденным республиканцем, Моро вскоре оказался в эпицентре политической борьбы, развернувшейся против диктатуры Наполеона Бонапарта, которая из временной, как полагали многие осенью 1799 года, по многим признакам грозила превратиться в постоянную. Поэтому в борьбе против первого консула, явно стремившегося к пожизненной и единоличной власти, сплотились различные силы — от крайне левых (бывшие якобинцы) до крайне правых (роялисты).
Провозглашение Наполеона Бонапарта пожизненным первым консулом (2 августа 1802 года) еще более усилило оппозиционные настроения Моро. Он публично отказывается принять орден Почетного легиона, пожалованный ему Наполеоном. Моро прекрасно сознавал, что у него самое громкое после Наполеона Бонапарта имя в армии и стране, что за ним стоят влиятельные силы, и открыто фрондировал против установившегося в стране режима. Он знал, что Бонапарт не может не считаться с ним, и он не ошибся в своих расчетах. Первый консул не раз пытался протянуть ему руку примирения (приглашал к себе во дворец на обеды, на торжественные приемы, на богослужения в Собор Парижской Богоматери и т. п.), но каждый раз наталкивался на холодный отказ. Правда, Моро не шел на открытую конфронтацию с первым лицом в государстве, но и не желал входить в какой-либо контакт с ним. Чем наряднее и пышнее становились приемы в Тюильрийском дворце, тем проще и непритязательнее одевался Моро, ставший в глазах французов образцом республиканской скромности. До Бонапарта доходили презрительные отзывы генерала об ордене Почетного легиона, о Булонском лагере, о предполагаемой десантной операции в Англию и др. По столице, да и не только по Парижу, вовсю циркулировали распускаемые врагами Наполеона слухи, больно бившие по самолюбию первого консула: о том, что победа, одержанная Моро при Гогенлиндене, — это чистая победа, тогда как сражение при Маренго Наполеон проиграл, а истинным победителем в нем является генерал Л. Дезе, вырвавший победу у противника; что Египетская экспедиция — это авантюра, затеянная Бонапартом, который, как только понял, что она провалилась, дезертировал из Египта, бросив свою армию на произвол судьбы; что военный переворот 18 брюмера — это антиконституционная акция, которая не может быть признана легитимной, а Бонапарт просто узурпировал власть; что Бонапарт постоянно нарушает конституцию и стремится к авторитарной форме правления и т. п. Но Наполеону было хорошо известно, что Моро по складу своего характера не способен ввязаться ни в какие антиправительственные действия и ограничится лишь словесной фрондой. Тем не менее, как бы то ни было, но открыто фрондирующий генерал стал знаменем оппозиции, вокруг которого объединялись все недовольные.
