Решающую роль в судьбе А.Д. Басманова сыграли Казанские походы, в которых он в качестве воеводы и дворянина участвует в 1548–1549, 1550 и 1552 гг. Под стенами столицы татарского ханства впервые в полной мере проявился военный талант будущего организатора опричнины. Во время последней осады Казани в 1552 г. он обеспечил успех дела, придя на помощь воеводе большого полка князю М.И. Воротынскому. Он не только отразил опасную вылазку татар из крепости, но и спас большой полк от разгрома. Во время общего штурма Казани Басманов командовал боем у Царских ворот, через которые в город ворвались основные силы русской армии. Доблестный окольничий (этот высокий придворный чин был пожалован Басманову незадолго до описываемых событий) после взятия Казани был оставлен царем третьим воеводой в городе.
В мае 1554 г. состоит вторым воеводой сторожевого полка в Коломне, летом следующего года первым воеводой передового полка участвует в походе на крымские улусы. В сражении на Судьбищах 3–4 июля 1555 г. храбрый воевода спасает от поражения русское войско: под его командованием 5–6 тысяч детей боярских, стрельцов и боярских холопов устроили засеку и героически отбили три приступа многотысячной крымской орды хана Девлет-Гирея, который был вынужден отступить в степь. Воинское умение героя Судьбищинской битвы не остается незамеченным, и он получает чин боярина.
В 1557 г. – второй наместник в Новгороде, ведет переговоры со шведским послом о заключении мира. Стремившийся обеспечить России свободный доступ к Балтийскому морю для торговли с Западной Европой, которой активно препятствовал Ливонский орден, Иван Грозный хотел как можно скорее урегулировать дела на севере, чтобы развязать себе руки на западе. Назревала Ливонская война. В январе 1558 г. Басманов второй воевода передового полка в походе в Ливонию, затем командует русским войском в Ивангороде. Несмотря на то что под его началом были сосредоточены незначительные силы – тысяча новгородских дворян и полтысячи стрельцов, – приказывает открыть орудийный огонь по находящейся на противоположном берегу р. Нарова ливонской крепости Нарве. Когда город загорелся от обстрела, с небольшим отрядом переплыл через пограничную реку и повел его на приступ. 11 мая 1558 г. Нарва была взята. Басманов остался в завоеванной крепости первым воеводой.
Узнав о покорении этого крупного ливонского города, Иван Грозный меняет планы и берет курс на завоевание всей Прибалтики. Царь объявляет войну Ливонскому ордену. В нее незамедлительно включается новый нарвский воевода. В конце мая 1558 г. войска под командованием Басманова захватывают крепость Нейшлос в устье Наровы, все приграничье оказывается в руках русских.
Не оставляет Басманов и дипломатическое поприще: в июле–августе 1561 г. вел переговоры со шведскими послами, в сентябре принимал посольство из Дании. Датским послам был официально представлен как старший советник Ивана Грозного и государственный казначей, что свидетельствует о его возросшем влиянии на царя. Возможно, секрет возвышения Басманова заключался не только в его ратных успехах, а и в том, что, будучи частым сотрапезником и собутыльником Ивана Грозного, боярин – «согласник» и «ласкатель» – неизменно поддерживал идеи и замыслы царя.
В чине третьего воеводы передового полка Басманов участвует в походе на Полоцк в 1563–1564 гг. и после взятия этого сильно укрепленного города вместе с В.М. Юрьевым возглавляет дипломатические переговоры с Литвой, на которых и выступает поборником продолжения Ливонской войны.
В октябре 1564 г. случай представил Басманову возможность вновь отличиться на поле брани. Ведя войну на западе, Иван Грозный старался обезопасить себя на юге, вынудил поклясться крымского хана хранить мир с Россией. Однако, вероломно нарушив мир, крымская орда осенью 1564 г. вторглась в русские пределы и, не встречая сопротивления, устремилась к Рязани. А.Д. Басманов вместе с сыном находился в своих рязанских поместьях. Узнав о нападении крымцев, вооружил своих людей и атаковал их передовые разъезды. 2 октября татарская орда окружила Рязань и держала ее в осаде вплоть до подхода из Москвы русских войск. Хан неоднократно пытался взять приступом город, однако его жители под искусным командованием Басманова каждый раз давали достойный отпор.
Внутри страны назревал острейший политический кризис, усугубленный изменой и бегством за рубеж царского любимца князя Курбского. В основе конфликта лежало стремление Ивана Грозного править единолично, натолкнувшееся на упорное сопротивление боярской аристократии. Поскольку в рамках традиционной политической системы Московской Руси подобный конфликт был неразрешим, то царю оставалось либо смириться с боярским могуществом и отказаться от своих политических притязаний, либо силой подавить оппозицию. Насилие как единственный путь разрешения проблем поддерживал лишь немногочисленный круг царских приближенных, возглавляемых А.Д. Басмановым и А.И. Вяземским. Очевидно, что во многом благодаря советам Басманова Иван Грозный приходит к мысли об учреждении особого корпуса телохранителей из худородных дворян, опираясь на который можно было сломить «мятежное» боярство.
Обосновавшись в Александровской слободе, царь под угрозой отречения от трона в начале 1565 г. добивается от Боярской думы учреждения опричнины и права казнить изменников по собственному усмотрению. В решающий момент вместе с царем находились самые доверенные и преданные ему люди, среди которых выделялись своей близостью к самодержцу А.Д. Басманов и А.И. Вяземский. Разделив страну на опричнину и земщину, царское окружение сформировало особую вооруженную силу, на которую Иван Грозный мог бы полностью положиться. Вызвав в Москву дворян Суздальского, Можайского и Вяземского уездов, отнесенных к опричнине, специальная комиссия, возглавляемая первым боярином А.Д. Басмановым, А.И. Вяземским и П.Зайцевым, тщательно изучив их родословную и социальные связи, отобрала в опричнину тысячу дворян, которые и должны были стать надежным орудием царя в его борьбе с непокорным боярством.
Как фактический руководитель опричнины на ее первом этапе, А.Д. Басманов был инициатором и участником многих пыток и казней, обрушившихся на страну. Но, несмотря на многие жесточайшие репрессии и крупномасштабные земельные конфискации, задуманная царем политическая программа потерпела крах. Как показал в своих исследованиях Р.Г. Скрынников, опричнина просуществовала всего один год, после чего превратилась в бессистемный террор, от которого не был застрахован ни один человек в государстве. В связи с негласной сменой внутригосударственного курса отпала нужда в его проводниках, и по законам политической логики его инициаторы и охранители должны были тем или иным способом быть устранены со сцены. Однако перед уходом в небытие А.Д. Басманов успел осуществить громкое политическое дело, направленное против главы русской православной церкви митрополита Филиппа Колычева, осмелившегося открыто обличать беззакония опричнины. Митрополит был схвачен А. Басмановым и М. Скуратовым во время богослужения в Успенском соборе и затем задушен по приказу царя.