Сначала предполагалось, что коллективизация единоличных хозяйств будет осуществляться агитационно-демонстрационными методами. Такую роль играл, например, созданный в Сальских степях совхоз «Гигант», на полях которого работали 342 трактора, 9 комбайнов, 63 грузовых автомобиля. Только в 1929 году более 50 тысяч крестьян Северного Кавказа, Поволжья и других регионов ознакомились с условиями труда и жизни в этом показательном совхозе. Аналогичную роль выполнял и ряд других колхозов и совхозов, вооруженных современной сельскохозяйственной техникой. Предполагалось, что по мере роста производства сельскохозяйственной техники, химических удобрений и увеличения числа агрономов и других квалифицированных тружеников села деревня будет постепенно коллективизироваться. За пять лет намечалось коллективизировать до 5-6 миллионов крестьянских хозяйств, к концу пятилетки должно было сохраниться до 19—20 миллионов единоличных хозяйств.
Однако по мере выполнения заданий пятилетки по развитию индустрии стало ясно, что при сохранявшемся объеме сельскохозяйственной продукции многие стройки могут остаться без необходимого сырья, а трудящиеся быстро растущих городов – без продовольствия. Темпы развития колхозов и совхозов были меньше, чем темпы роста промышленного производства и городского населения. Поэтому «чрезвычайные меры» по изъятию хлеба, начавшие практиковаться в 1928 году, в 1929 году ужесточились. Постановлениями ВЦИК и СНК РСФСР от 28 июня и 5 августа 1929 года сельским Советам разрешалось в административном порядке накладывать на кулаков, отказывавшихся продавать излишки хлеба государству, штраф в размере пятикратной стоимости подлежащих сдаче продуктов. При неупдате штрафа их имущество конфисковывалось, а сами они подлежали выселению. Результатом этих мер было изъятие у кулаков 3,5 миллиона тонн хлеба, что и обеспечило выполнение плана по хлебозаготовкам к 20 декабря 1929 года.
Изъятие «излишков хлеба» и экспроприация имущества богатых крестьян сопровождались ускоренной коллективизацией. За июнь – сентябрь 1929 года число крестьянских хозяйств, вошедших в колхозы, возросло почти вдвое – с миллиона до 1,9 миллиона. Несмотря на очевидную неподготовленность мер по «социалистическому преобразованию деревни» в техническом и организационном отношении, 12 августа 1929 года Отдел сельского хозяйства ЦК ВКП(б) провел совещание, на котором было принято решение об ускоренной коллективизации. Уровень коллективизации в стране вырос с 3,9% в начале 1929 года до 7,6% к концу года. Таким образом, более трети задания пятилетнего плана было выполнено уже к концу сентября 1929 года. Сначала массовая коллективизация распространилась в тех районах страны, где еще в 1928 году были государственные или кооперативные МТС и окрепшие колхозы. К началу октября 1929 года в стране было 25 районов, где было обобществлено 80% земли и объединено более половины всех крестьянских хозяйств. Особенно активно коллективизация проводилась на Северном Кавказе, Среднем и Нижнем Поволжье, Украине, то есть в житницах. Здесь в колхозы вступило от 8,5 до 19% крестьянских хозяйств, что означало почти полное выполнение пятилетнего плана по коллективизации для всей страны.
В своей статье «Год великого перелома», написанной к XII годовщине Октябрьской революции, Сталин уверял, что «в колхозы пошел середняк», что «крестьяне пошли в колхозы, пошли целыми деревнями, волостями, районами». Однако он игнорировал то обстоятельство, что многие крестьяне шли в колхозы под сильным давлением или даже под угрозой насилия. Неудивительно, что коллективизация стала вызывать активное сопротивление со стороны не только богатых крестьян, но и середняков, которые к тому же никогда не были уверены в том, что и они не будут зачислены в «кулаки». Среди задержанных за теракты против колхозов «кулаки» составляли лишь половину, а остальными были середняки и даже бедняки. Поданным многотомной «Истории КПСС», в Ленинградской области только за сентябрь и октябрь было совершено 100 террористических актов; в Средневолжском крае – 353, в Центрально-Черноземной области с июля по ноябрь – 749, в том числе 44 убийства. Только в Российской Федерации в 1929 году было зарегистрировано около 30 тысяч поджогов колхозного имущества. В различных районах страны создавались организации сопротивления коллективизации. Только на Северном Кавказе возник ряд подпольных организаций: «Союз хлеборобов», «Союз борьбы за освобождение крестьян», «Добровольно-освободительная армия» и другие. На Украине повстанческая организация готовила одновременное выступление в 32 селах разных районов республики. Эти организации выступали под лозунгами: «Ни одного фунта хлеба Советской власти», «Все поезда с хлебом – под откос».
В Кабардино-Балкарской и Чеченской автономных областях сопротивление коллективизации переросло в вооруженные восстания. Это не было удивительно, так как в этих областях Северного Кавказа постоянно сохранялись вооруженные формирования, выступавшие против властей. Крупное восстание произошло в декабре 1929 года и в Красноярском округе. Мятежники захватили ряд населенных пунктов страны. Там, где они временно установили власть, Советы были разгромлены, а многие партийные и советские активисты убиты. Власти принимали меры по подавлению вооруженного сопротивления. Все шире применялись и «профилактические» меры: семьи кулаков выселяли в Сибирь и на Север Европейской территории страны. Как сообщалось на январском (1933) пленуме ЦК ВКП(б), к октябрю 1930 года в северные районы страны была выслана 115 231 семья. (Скорее всего эти данные были заниженными.)
Хотя еще в октябре 1927 года Сталин решительно осуждал «политику раскулачивания», «политику восстановления комбедов», «политику восстановления гражданской войны в деревне», в поддержке которой он обвинял лидеров объединенной оппозиции.
Правда, состояние гражданской войны в стране фактически не прекращалось. Нэп был лишь формой перемирия между силами социализма и капитализма, а поэтому вопрос «кто кого?» никогда не снимался с повестки дня. Сталин имел основания заявлять, что «партия не отделяет вытеснения капиталистических элементов деревни» (которая, по его словам, велась на протяжении 1920-х годов) «от политики ограничения эксплуататорских тенденций кулачества, от политики ограничения капиталистических элементов деревни». При этом экономическая, или «холодная» война между городом и деревней то и дело перерастала в горячую войну. Описывая положение в деревне в середине 1920-х годов, Сталин в октябре 1927 года говорил: «Наших председателей волостных исполнительных комитетов и вообще сельских работников не всегда признавали и нередко подвергали террору. Селькоров встречали обрезами. Кое-где, особенно на окраинах, мы имели бандитские выступления. А в такой стране, как Грузия, мы имели даже восстание». «Умиротворение деревни», о котором говорил Сталин осенью 1927 года, было кратким и фактически прекратилось к концу этого же года, когда крестьяне стали отказываться сдавать хлеб по невыгодным для них ценам и оказывать сопротивление властям. По мере распространения с начала 1928 года принудительных хлебозаготовок сопротивление крестьянства властям возрастало и к концу 1929 года вылилось в многочисленные, хотя и разрозненные вооруженные восстания.