В январе 1785 г. юношу в возрасте немногим более 14 лет отдали учиться в Морской кадетский корпус, находившийся в Кронштадте. Там наряду со славными традициями, связанными с победами русского флота в сражениях с турецкими и шведскими кораблями, молодому моряку пришлось столкнуться и с неустроенностью быта, с жестокими и грубыми нравами отдельных преподавателей и воспитателей. Впоследствии Иван Федорович с грустной иронией вспоминал о разбитых окнах в спальне, которые приходилось затыкать подушками, и о ночных набегах на соседские склады с целью добыть несколько вязанок дров, чтобы не замерзнуть в служебных и спальных помещениях.
В 1788 г. он закончил общий кадетский корпус и был произведен в гардемарины. Шестилетняя программа обучения в корпусе делилась на два курса: кадетский и гардемаринский. Но старший курс Крузенштерну пришлось пройти в условиях Русско-шведской войны. Он в течение 1789 и 1790 гг. участвовал в четырех ожесточенных морских сражениях против шведов, в частности, в Готландском сражении.
В 1793 г. Иван Федорович был направлен волонтером в Англию для совершенствования в морском деле и опять принял участие в морских сражениях английского флота с французскими кораблями у берегов Северной Америки. Он прослужил в английском флоте с 1793 по 1799 г. Иван Федорович мог наблюдать активное проникновение английской внешней торговли в индийские и китайские воды. Им все чаще овладевали мысли о необходимости для России подключиться к международным торговым связям в этом регионе и он вознамерился побывать в Индии и Китае, чтобы на месте ознакомиться с деятельностью иностранных купцов. Российский посланник в Англии граф Воронцов помог ему, и он отправился на военном английском корабле в Ост-Индию. Пробыв там около года, Крузенштерн на купеческом судне поплыл в китайский порт Кантон с намерением ознакомиться с условиями плавания в китайских водах Там он пробыл почти два года—1798 и 1799 гг. Во время пребывания в Кантоне он мог наглядно убедиться в желании английских купцов захватить в свои руки торговлю с Китаем пушным мехом, добытым на островах Тихого океана и побережье Северной Америки. Он знал о торговле россиян американскими мехами через Охотск и Кяхту, которые привозились с островов и американского берега за время до двух лет от момента добычи до продажи китайцам в Кяхте. В то же время он наблюдал в Кантоне, как английские суда, доставлявшие туда такие меха из Северной Америки, вооружались в Макао и доставляли меха в Кантон за общий срок не более пяти месяцев.
На обратном пути из Китая в Англию Иван Федорович подготовил доклад для президента Коммерц-коллегии Соймонова. В нем он показал, от каких выгод отказывается Россия, предоставляя всю торговлю за рубежом своими и зарубежными товарами в России иностранцам. Иван Федорович доказывал необходимость постройки своих купеческих судов с русскими экипажами. Для этого он предлагал в Морском кадетском корпусе к 600 кадетам из дворян присоединить для обучения еще до ста человек из других сословий, включая, видимо, мещан, купцов и государственных крестьян, которые предназначались бы для службы на купеческих кораблях, но обучались бы вместе с основными кадетами. По мнению Ивана Федоровича, из этих дополнительных кадет по приобретению теоретических знаний в училище и накоплению опыта плавания на купеческих судах могли бы получиться хорошие мореходы.
Он считал, что капитаны флота должны обращать внимание на корабельных юнг, некоторые из них, наиболее даровитые и способные, также могли быть приняты для обучения в корпус «Сим образом, — считал он, — можно было бы приобрести со временем людей весьма полезных для государства. Кук, Бугенвиль, Нельсон [первый — знаменитый английский мореплаватель, совершивший три кругосветных плавания, второй — известный французский мореплаватель, руководитель первой французской кругосветной экспедиции, третий — прославленный английский флотоводец. — Авт.] не сделались бы никогда оными, каковыми явились в своем Отечестве, если бы выбирали людей по одному только рождению [т. е. по происхождению, только дворян. — Авт.]» [3, с 34,35].
В докладе Крузенштерн описал кратко российскую систему промысла и продажи пушного товара, добываемого на островах и побережье Северо-Западной Америки, и предложил посылать из Крошштадта к Алеутским островам и к Северо-Западному побережью Америки два судна, нагрузив их всякими к построению и оснащению судов нужными припасами, и отправить к селениям РАК искусных судостроителей, мастеровых и учителей мореплавания, снабдив их морскими картами, книгами и астрономическими инструментами. Только таким образом, он считал, можно обеспечить постройку хороших купеческих судов и подготовить искусных судоводителей для них, чтобы доставлять пушной товар прямо в Кантон, не прерывая кяхтинской торговли. Эти суда получали бы в Кантоне нужные товары и возвращались на острова и к Северо-Западному побережью Америки. А приходившие из Европейской России в Кантон купеческие суда после погрузки китайских товаров могли бы на обратном пути заходить в Манилу на Филиппинские острова, или в Батавию (Джакарту) в Индонезии, или в индийские порты для закупки там товаров, которые с выгодою могли бы быть проданы в России. Тогда можно было бы отказаться от покупки в России у английских, датских и шведских купцов импортных товаров по дорогой цене. Более того, он предполагал, что в случае подобного развития торговли российские купцы смогли бы снабжать импортными товарами германские государства, причем цена этих товаров у россиян была бы ниже, чем у англичан, датчан и шведов.
При возвращении Крузенштерна в Россию он собирался представить свой доклад лично президенту Коммерц-коллегии Соймонову, но позволение на приезд в столицу не последовало, а затем Соймонов получил отставку. Крузенштерн отправил свой доклад управляющему морским ведомством графу Кушелеву, но ответа не получил.
Вскоре после убийства императора Павла I на престол взошел его сын Александр Павлович. Министром морских сил России стал адмирал граф Николай Семенович Мордвинов. Крузенштерн свой доклад в начале 1802 г. отправил в столицу адмиралу Н. С. Мордвинову и сравнительно быстро получил ответ, что адмирал поддержит предложения Ивана Федоровича Мордвинов передал данные доклада государственному канцлеру графу Николаю Петровичу Румянцеву, который одобрил все предложения Крузенштерна, Они были доложены молодому императору Александру I и по его повелению Иван Федорович в июле 1802 г. был вызван в Петербург. Там адмирал Н. С. Мордвинов объявил ему, что император определил, чтобы кругосветную экспедицию возглавил сам Крузенштерн, чем вверг нашего героя в определенное смущение.