Испанская администрация — от титулованных генерал губернаторов до ненавистных народу жандармов (так называемой «гражданской гвардии»), представлявших в самых отдаленных селениях королевскую власть, — имела неограниченные возможности грабить население. Только очень малочисленный слой филиппинцев, в частности метисы, находился в относительно привилегированном положении. Туземные помещики, потомки прежних филиппинских феодалов, вождей племен и старейшин, дети от смешанных браков испанских колонизаторов с филиппинскими женщинами, избранные питомцы монахов, были передовым отрядом эксплуататоров народных масс. Им предоставлялись низшие административные и судейские посты. Они заправляли в округах и районных центрах, захватывали земли крестьян, еще не присвоенные монахами. В них испанский абсолютизм искал свою социальную опору в колонии.
Филиппины разделялись на провинции, управляемые губернатором. Губернатор — алькальде должен был быть непременно испанцем. Провинции охватывалитряд округов (муниципалитетов), во главе которых стояли «маленькие губернаторы» — «гобернадорсильо», обычно метисы или туземцы. Входившие в состав муниципалитета барио (селения, волости) управлялись старшинами — также филиппинцами.
Но вся эта армия чиновников — испанцев и филиппинцев — находилась под фактическим наблюдением и контролем монашеских орденов. Без одобрения приходского священника не были действительны никакие распоряжения не только старшин, но и гобернадорсильо.
Сами гобернадорсильо выбирались и назначались по указке монахов. Каждый испанский губернатор, казалось бы, полновластный хозяин в своей провинции (наряду с административными правами ему предоставлялись права монопольной торговли), вынужден был считаться с монахами. Даже генерал-губернатор редко осмеливался идти на открытый конфликт с представителями всесильных монашеских орденов. Опыт показал, что нежелательный монахам светский владыка филиппинского народа очень быстро отзывался из колоний или после окончания своих полномочий оказывался обвиненным в преступлениях против короля и «святой католической церкви».
Судьба многих генерал-губернаторов, не поладивших с монахами, служила грозным примером и предостережением их преемникам. В 1644 году генерал-губернатор де Корсуэро лишился всего своего имущества и пять лет просидел в темнице. В 1668 году Диего де Тальсэда, обвиненный комиссаром инквизиции в ереси, хитростью был схвачен ночью в своем дворце, отправлен под конвоем в Мексику и по пути умер. В 1683 году конфликт между генерал-губернатором Хуаном де Варгас Хуртадо и архиепископом Пардо, претендовавшим на неограниченную власть, вызвал постановление совета при генерал-губернаторе о ссылке архиепископа в отдаленную провинцию. Доминиканцы, к ордену которых принадлежал архиепископ, ответили отлучением генерал-губернатора от церкви. Генерал-губернатор разослал руководителей ордена по дальним островам. Но сосланному архиепископу пришлось жить в своем довольно комфортабельном изгнании недолго: уже через год на Филиппины прибыл новый наместник. Новый светский владыка Габриэль де Курусеалеги и Арриола был тесно связан с клерикальным миром и, в частности, с доминиканцами. Архиепископа немедленно возвратили в столицу, где он получил неограниченные возможности мести. Все голосовавшие за его ссылку члены совета были изгнаны из Манилы, и большинство их умерло в ссылке. Бывший генерал-губернатор, отлученный от церкви, с большим трудом вымолил у мстительного архиепископа смягчение тяжелой эпитимии (церковного наказания). По первоначальному решению Пардо, его враг должен был в течение четырех месяцев стоять в одежде кающегося грешника, с веревочной петлей на шее и зажженной свечой в руке, поочереди у всех церквей на людных перекрестках Манилы. Это наказание было заменено ему ссылкой на маленький островок на реке Пасиг. Прожив там в полном одиночестве пять лет, Варгас был послан, как пленник, в Мексику. По пути туда он умер.
Монашеские ордена враждовали также и друг с другом. Они боролись за наиболее богатые приходы, за преимущественное право участвовать в торговле филиппинскими продуктами, за большую возможность грабить филиппинский народ. Но в борьбе против светской власти они неизменно объединялись.
Особенную ненависть монахов возбуждали те редкие испанские администраторы, которые пытались хоть немного упорядочить колониальное управление. Одним из них был генерал-губернатор Мануэль де Бустаманте и Руэда. Но уже через два года после прибытия на Филиппины, в 1719 году, он был убит в своем дворце толпой, подстрекаемой архиепископом и монахами. После этих суровых уроков светские чиновники отступили перед монахами. «Святейшие» ордена добились неограниченной возможности управлять и грабить.
Неслучайно бесчисленные восстания филиппинского населения чаще всего были направлены против монашеских орденов и монахов, обычно исполнявших роль приходских священников.
Уже к началу XVII века почти все население Филиппинских островов в районах испанского господства было обращено в христианство. Это открывало перед монашескими орденами новые возможности эксплуатации.
«Наряду с жестоким насилием — все козни религии, наряду со страхом перед пытками — все ужасы отлучения от церкви и отказа в отпущении грехов, все интриги исповедальни, — все приходило в движение, чтобы вырвать у подданного последний грош…» Непосильные поборы за церковные обряды, под угрозой отлучения от церкви, ложились дополнительным бременем на филиппинский народ.
Нередко священники-монахи по целым неделям не позволяли хоронить покойников, если родственники не соглашались уплатить требуемой за обряд погребения суммы. Чтобы устрашить и наказать суеверных родственников и односельчан, монахи не останавливались даже перед извлечением из могил уже похороненных трупов. Этот способ воздействия на прихожан испанские монахи на Филиппинах сохранили до конца своей власти. В знаменитом романе Хосе Ризаля «Не касайся меня» такая судьба постигает труп отца героя. Впоследствии Ризалю пришлось столкнуться с этим и в жизни.
Одно из крупнейших восстаний филиппинского населения — восстание на острове Бохол в 1750 году — имело своим непосредственным поводом подобный поступок всесильного иезуитского патера Моралеса. Моралес заставлял крестьян платить громадную арендную плату за землю, работать в монастырских имениях неограниченное время, вносить непосильные суммы за требы. Многие из жителей бежали в горы, чтобы скрыться от жестокости патера. Один из беглецов был убит по приказанию иезуита, и тело его, лишенное христианского погребения, брошено на дороге. Брат убитого филиппинца Дагохой вошел в историю как вождь восставшего крестьянству Бохола. Он отомстил патеру и за издевательство над трупом и за все вековые обиды и притеснения испанских монахов иезуит был убит населением, и его труп постигла та же участь, какую он готовил брату Дагохоя. В течение тридцати лет отстаивал восставший народ свою независимость. В течение тридцати лет сопротивление населения Бохола не могли сломить все карательные экспедиции испанских властей.