Создавая Академию наук, Петр опирался на весь свой государственный опыт. Им руководило ясное представление о значении Русской Академии для развития производительных и культурных сил страны. Такой взгляд на вещи не был свойствен коронованным особам Европы. Фридрих II уверял Вольтера, что его дед, основавший в 1700 году Прусскую Академию наук, поддался доводам своей жены Софии Шарлотты о необходимости завести Академию, как человек, только что возведенный в дворянство, проникается убеждением в необходимости содержать свору гончих собак.
Бережливый Петр не скупился на расходы, когда речь шла об Академии наук, определив на ее содержание не 20000 рублей, как испрашивалось в проекте, а 24912, и торопил с постройкой нового здания, а покуда назначил для Академии дом покойной царицы Прасковьи Федоровны. Петр даже не преминул распорядиться «в том доме» нанять эконома и кормить академиков, дабы приезжие ученые не вздумали таскаться по трактирам и «времени не теряли бездельно».
Многие иностранные ученые, получавшие приглашение работать в Русской Академии наук, отделывались льстивыми ответами или высказывали надменное сомнение в успехе такого предприятия в России.
Но и русское правительство относилось с осторожностью к кандидатам в Академию и вовсе не намеревалось ухватиться за первых попавшихся или предлагавших свои услуги. Так, в документах за 1724 год, отзываясь о письме математика Слейба, неумеренно самого себя выхвалявшего, отмечалось, что «он не прямого сорту есть».
Приглашать иноземных ученых — дело щекотливое. С этим поручением был отправлен за границу эльзасец Иоганн Шумахер, получивший образование в Страсбурге. Приехав в 1714 году в Россию, он получил должность библиотекаря при кабинете редкостей, составленном Петром.
Шумахер служил под начальством лейб-медика Петра Арескина, ведавшего (до Блюментроста) лекарской частью в России. Он проявил большую расторопность и вел обширную переписку с подведомственными Арескину лекарями, умело вникал в хозяйственные дела.
Выполняя приказания Петра, Шумахер закупил наиболее новые и совершенные физические и астрономические приборы. Прибывшие в Петербург академики были изумлены, увидев в России приборы и машины, какими могли похвастаться лишь очень немногие ученые учреждения Западной Европы.
Петр всю жизнь настойчиво собирал и приобретал книги, инструменты, атласы, карты, анатомические препараты и различные редкости. В 1718 году им было издано два указа «о приносе родившихся уродов, также найденных необыкновенных вещей во всех городах». Попутно указ разъяснял, что напрасно многие невежды полагают еще, «что такие уроды родятся от действа дьявольского, через ведовство и порчу, чему быть невозможно». А бывает это от «повреждения внутреннего». За доставку мертвых уродов выдавалось: человеческих — десять рублей, зверей — по пять и птиц — по три рубля: За живых человеческих монстров уплачивалось по сто рублей. А дабы они «втуне хлеба не ели», их держали при кунсткамере сторожами.
В Академию наук поступали большие книжные собрания, в том числе личная библиотека Петра, царевны Наталии Алексеевны, Брюса, графа Строганова и других. Сюда посылали животных, минералы, раковины, старинное оружие, монеты, предметы искусства. Мало-помалу все это находило свое место. Из собрания «куриозных вещей» возникали академические музеи, стяжавшие себе мировую славу.
Петр снаряжал большие экспедиции для изучения страны. В 1718 году была отправлена экспедиция к границам Монголии. В 1719 году Петр послал Евреинова и Лужина к берегам Тихого океана. За несколько недель до смерти Петр составил наказ великой Камчатской экспедиции Беринга. Всю эту огромную и настоятельно нужную работу и должна была возглавить Петербургская Академия наук. Когда она была открыта, Петра I уже не было в живых. Он умер 28 января 1725 года. Торжественное открытие Академии наук состоялось 27 декабря 1725 года. Физик Георг Бильфингер «изъявил слушателям» все «вины» (параграфы) Академического устава, а потом прочел свое рассуждение о магните. Ученые собрания академиков начались еще раньше. В теплом, благоустроенном доме на Петроградской стороне, отделанном Растрелли (отцом) на совсем еще недавно пустынных берегах Невы, ученые в тяжелых напудренных париках важно обсуждали вопросы о фигуре Земли и законе всемирного тяготения.
С 1728 года начинает выходить ученый журнал на латинском языке, носивший название «Комментарии». Он содержал труды по физике и математике. В том же году появилось и первое ученое издание на русском языке — «Краткое описание Комментариев Академии Наук», составившее увесистый том большого формата, великолепно отпечатанный на плотной бумаге, с прекрасными заставками, гравированными на меди. На первой странице изображены четыре пухлых купидона с озабоченными лицами, вооруженные математическими инструментами, глобусом и циркулями. В первом томе «Краткого описания» была помещена обстоятельная статья «О щете интегральном» в переводе первого русского адъюнкта математики Василия Адодурова, статья о механических силах, законах падения и др.
Петербургская Академия наук не только не отставала от лучших европейских академий и особенно университетов, но во многом и превосходила их. Она была свободна от средневекового балласта. В ней совсем не были представлены «теологи». Ее основные силы были устремлены на решение вопросов естествознания. Петр Великий приложил все усилия, чтобы обеспечить первый состав Академии наук выдающимися научными силами. И это ему удалось. Русская Академия наук привлекла к себе крупных ученых. Гениальный математик Леонард Эйлер, ставший нашим академиком, впоследствии рассказывал, что когда братья Николай и Даниил Бернулли, происходившие из знаменитой семьи швейцарских математиков Бернулли, получили приглашение в Русскую Академию, то и у него «явилось неописанное желание отправиться вместе с ними». Для этого Эйлер начинает ревностно заниматься медициной, так как в Петербурге он мог рассчитывать лишь на кафедру физиологии. Впоследствии Эйлер всегда подчеркивал, что именно Русской Академии он обязан своим научным развитием. На вопрос прусского короля, где он изучил то, что знает, Эйлер, находившийся тогда на службе в Берлине, «согласно истине ответил, что всем обязан моему пребыванию в Петербургской Академии наук».
Академия наук, как единственная ученая коллегия, должна была войти в практическую работу, диктуемую потребностями экономического и культурного развития страны. Математик Эйлер и астроном Делиль занимаются картографией. Академик Лейтман налаживает оптические и механические мастерские. Математик Д. Бернулли рассматривает проект поднятия кремлевского царь-колокола. Леонард Эйлер свидетельствует присланные из конторы генерал-кригскомиссара магниты, а Иоганн Дювернуа заводит «анатомическую камору», куда полиция обязана доставлять подобранные на улице мертвые тела. И. Гмелин и Г. Миллер принимают участие в изучении Сибири. Николай Делиль создает обсерваторию, где ведутся регулярные наблюдения.