По-видимому, нотариус Буратто не был силён в латыни и не стал утруждать себя описанием сюжета, как это было принято тогда, и перечислением каждого персонажа на будущей картине, что давало исполнителю куда большую свободу действия, но и возможность строить свои отношения с заказчиком на доверительной основе. Гонорар был определён в сумме 33 золотых дукатов, это примерно три тысячи современных евро, выплачиваемых тремя равными долями. На выданную при подписании договора первую сумму в 11 дукатов предстояло закупить краски, кисти и другой необходимый материал для работы. Исполнители были своекоштными художниками, и из своего кармана им надлежало также оплачивать подручных, но за жильё плата не взималась. В подписанном договоре оба названы magistri pictores, то есть мастера живописи.
Заказчик не просчитался, так как за полиптих подобного размера тот же Пинтуриккьо из соседней Перуджи запросил бы раза в четыре больше, не говоря уже о дорогостоящем избалованном заказчиками Перуджино. Видимо, Рафаэль это знал и всё же согласился на явно заниженный гонорар, задавшись целью во что бы то ни стало утвердиться на новом месте, пока свободном от серьёзной конкуренции, где имя Санцио не было ещё известно, а вездесущий Перуджино по непонятной причине не успел добраться сюда и монополизировать художественный рынок, хотя влияние его искусства ощущалось не только в родной Умбрии, но и в соседних итальянских областях.
Получив для работы помещение рядом с церковью Святого Августина, Рафаэль приступил к подготовительным рисункам. Их качество окончательно укрепило заказчика в правильности сделанного им выбора. Среди них особенно впечатляет лист, на котором Всевышний изображён в тесном трико, обтягивающем нижнюю часть тела и откровенно подчёркивающем мужское начало. Пока Рафаэль работал над рисунками, Пьяндимелето, наняв помощников, руководил подгонкой, шлифовкой и грунтовкой досок из выдержанного тополя для будущей картины и изготовлением по собственному рисунку обрамляющей её резной золочёной рамы. Нанятые молодые парни пригодились также в качестве натурщиков для многофигурной композиции.
Через девять месяцев после подписания договора работа была полностью завершена. 13 сентября 1501 года заказчик выплатил последнюю долю гонорара. Событие было отмечено весёлой пирушкой с новыми друзьями. Рафаэль услышал немало добрых слов в свой адрес и был польщён. И надо отдать ему справедливость, во время весёлого застолья он заявил, что без опытного Пьяндимелето и его помощи вряд ли смог бы один справиться с такой работой.
В канун Рождества состоялось торжественное освящение картины «Коронация св. Николы из Толентино», взбудоражившее тихий городок, который стал Рафаэлю дорог и близок. Настоятели других церквей и местная знать загорелись желанием заполучить себе молодого живописца, поразившего всех необычной свежестью и благозвучием красок. Молодым художником заинтересовался побывавший на освящении картины правитель города Вителлоццо Вителли и пригласил его во дворец для дружеской беседы. Он хорошо помнил его отца, главного художника урбинского двора.
— Я познакомился с ним, — рассказывал Вителли, — когда он вместе с герцогом Федерико побывал в наших краях. Как бы порадовался сегодня ваш родитель, увидев эту работу! Думаю, что она составит честь даже самому Перуджино, который, к великому сожалению, так и не осчастливил нас своим присутствием.
Такое сравнение для Рафаэля было высшей похвалой. Сегодня трудно судить об этой первой значительной работе Рафаэля, вызвавшей всеобщий восторг, поскольку в 1789 году сильное землетрясение, потрясшее всю Умбрию, почти полностью разрушило город и под рухнувшими перекрытиями церкви оказался расколовшийся на части деревянный алтарный образ. В том же году его обломки были куплены папой Пием VI, побывавшим на месте трагедии с пасторским визитом, но вскоре он был низложен Наполеоном и отправлен в ссылку во Францию. Собранные части расчленённого полиптиха хранились как драгоценные реликвии в ватиканских кладовых до 1849 года, а затем разошлись по разным музеям и частным владельцам.
По сохранившимся фрагментам местный живописец Костантини попытался по горячим следам воспроизвести утерянный алтарный образ. Но выполненная им работа, которую можно увидеть в картинной галерее Читта́ ди Кастелло, не в состоянии повторить Рафаэля и передать своеобразие его письма. Получилась всего лишь жалкая копия, на которой праведник с Распятием и Писанием в руках топчет поверженного крылатого Сатану.
В 1981 году был обнаружен последний недостающий фрагмент доски с головкой четвёртого ангела, попавший в Лувр на реставрацию и вызвавший в мире сенсацию, поскольку каждая картина или фрагмент, принадлежащий кисти Рафаэля, — это всегда большая редкость и удача. Наиболее яркими из сохранившихся фрагментов являются погрудное изображение ангела (Брешия, Пинакотека) и верхняя часть алтарного образа (Неаполь, музей Каподимонте). В каждом из них ощутимо влияние Перуджино, что более чем естественно, поскольку Рафаэль был знаком со многими его работами, но даже во фрагментах угадывается то новое, что семнадцатилетний художник внёс своим искусством.
Пребывание в Читта́ ди Кастелло с частыми наездами в Перуджу и другие умбрийские города оказалось для Рафаэля весьма плодотворным, о чём свидетельствуют несколько его работ в местном музее, пусть даже сильно повреждённых во время упомянутого разрушительного землетрясения. Совместно с Пьяндимелето он написал несколько хоругвей на холсте, на которые вырос спрос в разных приходах в связи с бедами, обрушившимися на Италию. Как правило, такие хоругви писались маслом по влажному холсту, чтобы краски впитались и прочнее закрепились на ткани, что требовало от исполнителя быстроты и сноровки, а Рафаэль был спор в работе.
Особенно выделяется двойная хоругвь с Распятием и сценой сотворения Евы. Несмотря на заметные раны, нанесённые страшным землетрясением и временем, изображение поражает мягким колоритом с отдельными яркими вкраплениями. Например, выделяются красный плащ Всевышнего, фиолетовая набедренная повязка на теле распятого Христа, яркие одеяния двух коленопреклонённых святых и тонко написанный весенний скалистый пейзаж с рекой. Унаследовав от отца филигранную технику, молодой художник прорисовал с почти фламандской тщательностью листву на деревьях и каждый волосок серебристой бороды Всевышнего, склонившегося над мирно спящим на земле обнажённым Адамом и незаметно извлекающего из его груди ребро.
Некоторые ранние работы свидетельствуют о том, что во время своих поездок по столь полюбившейся ему Умбрии Рафаэль посетил Борго Сансеполькро, родной городок Пьеро делла Франческа, где видел знаменитую «Мадонну Милосердия». Возможно, тогда же он написал «Бичевание» (Вашингтон, Национальная галерея) в память о славном учителе покойного отца. Когда-то одноимённая картина великого мастера произвела на него, подростка, сильное впечатление, о чём было сказано выше. Но среди специалистов нет единого мнения относительно принадлежности вашингтонской картины кисти Рафаэля.