Идея о подчинении церкви и духовенства светскому государству, с наибольшей полнотой выраженная в написанном Прокоповичем при участии Петра I «Духовном регламенте», приобрела силу закона. Объективно она способствовала высвобождению не только государства, но и всей общественной и умственной жизни России, прежде всего науки, литературы, искусства, из-под опеки духовенства. Не удивительно, что среди всех философских идей, высказанных Прокоповичем, именно это его требование, вытекающее из учения о просвещенном абсолютизме, о подчинении церкви государству, вызвало наиболее сильное сопротивление духовенства. Здесь речь шла уже не об абстрактном теологическом вопросе, а о реальных жизненных интересах, о власти, о сохранении или секуляризации церковной и монастырской собственности. Если критика Феофаном суеверий, невежества, стремление ввести разум и научные доказательства в обоснование веры объективно и подрывали основы, на которых держалась власть церкви, однако не были для нее чрезмерно опасными, так как она выработала умение приспосабливаться к новым условиям жизни, и в частности к достижениям науки, то отрицание Прокоповичем главенства церковной власти, теоретическое и практическое обоснование необходимости ее подчинения светскому государству касалось социального и имущественного статуса церкви и было для нее весьма ощутимым ударом. Поэтому упразднение верховенства церковной власти духовенство изображало как разрушение церкви и веры вообще, ее догматов и законов. Ведущие деятели православной церкви и ее идеологи, такие, как Стефан Яворский, Феофилакт Лопатинский, Георгий Дашков, выступили против Прокоповича.
Это выступление закономерно вытекало из всего предшествующего хода борьбы, которую Прокопович и другие прогрессивные мыслители того времени вели против церковников-ортодоксов. Она началась отнюдь не после публикации «Духовного регламента», «Правды воли монаршей», указа «О звании монашеском», а гораздо раньше, в первые же годы преподавания Феофана в киевской академии. Об этом красноречиво свидетельствует «Дело о Феофане Прокоповиче», из которого видно, что церковные ортодоксы наряду с обвинением Прокоповича в отрицании церковных обрядов, разрушении православных догматов вменяли ему в вину и то, что он не только елеосвящение, брак, но и священство не считал таинством.
Уже в это время сторонники ортодоксии устраивают для обличения еретизма Прокоповича публичные дискуссии в киевской академии и Братском монастыре. Его оппонентами в этих дискуссиях выступают Гедеон Вишневский, Маркелл Родышевский и др. Они внимательно изучают не только тексты его лекций и сочинения, но даже пометки на книгах, которые, по их мнению, имели целью «учение ариево оправдать», показать, «что Калвин, будто, право учит, а благочестивое учение наше аки бы неправое» (117, 2).
Дальнейшее обвинение Прокоповича в «неправославии» было связано с полемикой против его сочинения «Книжица в ней же повесть о распре Павла и Варнавы с иудействующими и трудность слова Петра Апостола о неудобоносимом иге пространно предлагается» (1712), содержащего реформационные идеи и подрывающего авторитет церкви и соборов. С критикой идей Феофана, изложенных в этой книге, выступил один из наиболее эрудированных теоретиков православной ортодоксии, Феофилакт Лопатинский. В предисловии к его обширному двухтомному сочинению «Возражение на книгу иго неудобьносимое» сказано: «…вина убо сочинения книжицы сея есть писание противниче, вносящее в мир российский мудрования реформатския, доселе в церкве православной неслышанныя» (97, 1, 9 л., 9 об.). Книгу Прокоповича он называет «тлетворным еретическим источником», мутные воды которого смущают народ.
Через несколько лет, когда Петр I вызвал Прокоповича в Петербург, староцерковная партия, поняв намерения царя использовать Феофана в качестве «троянского коня» в борьбе с церковной оппозицией, приложила все усилия, чтобы не допустить занятия им ведущих должностей в православной иерархии. В качестве препятствия для посвящения его в псковские епископы Стефан Яворский выставлял еретизм Феофана («учение новое, несогласное святой нашей апостольской православной церкве»). Для того чтобы настроить против Феофана влиятельных иереев, он обратился со специальным посланием к Алексею Сарскому и Подонскому и Варлааму Тверскому и Кашинскому. В этом послании он требует, чтобы Прокопович публично отрекся от своих взглядов. Яворский подготовил даже текст отречения. Совместно с Яворским Гедеон Вишневский и Феофилакт Лопатинский снова просматривают записи лекций, сочинения и пометки на книгах, сделанные рукой Прокоповича, выискивая в них еретические места. Дают их для просмотра Софронию и Иоаникию Лихудам, которые подтверждают вывод о еретизме Прокоповича. Однако все эти старания оказались напрасными, по воле Петра Феофан не только занял епископскую кафедру, но его противникам Яворскому, Вишневскому и Лопатинскому пришлось приносить ему извинения.
Защищая автономию церкви и «чистоту» православия, Яворский выступает против Феофана с рядом полемических произведений. Так, в ответ на «Духовный регламент» и сочинение Феофана, доказывающее необходимость изъять упоминание имени патриархов из церковных молитв, он пишет «Апологию». Наиболее развернутая критика взглядов Феофана и его единомышленников дана в сочинении Яворского «Камень веры». Направленное на защиту автономии церкви, чистоты православия и древнерусского благочестия, это произведение, противоречащее духу петровских преобразований в области отношения церкви и государства, не было напечатано при жизни его автора. Просмотрев «Камень веры» и ознакомившись с отзывом о нем Феофана, Петр I отрицательно отнесся к возможности его публикации. Оно было издано единомышленниками Яворского уже после смерти Петра и сразу же стало использоваться как идейная опора церковно-боярскими кругами, мечтавшими о реставрации старины, в том числе и власти патриарха.
В 1726 г., уже после смерти Петра I, на основании доноса и материалов, представленных Маркеллом Родышевским, в тайной канцелярии разбиралось дело по обвинению Феофана в еретизме. Маркелл, который, по словам И. Чистовича, «преследовал и мучил Феофана с изумительной настойчивостью, с самоотвержением почти фантастическим» (127, 155), готовил против него новый донос. За спиной Маркелла стоял Георгий Дашков, один из претендентов в патриархи. Его поддерживали Д. М. Голицын и другие представители родовой аристократии. Последние добивались устранения Прокоповича с политической арены. Против Феофана при их поддержке сочиняются пасквили, подметные письма, в том числе и подложное письмо, написанное будто бы римским папой Бенедиктом (см. 111). Об этом же свидетельствует и такой документ, как «Критические замечания на печатные переводы и сочинения архиепископов Гавриила Бужинского и Феофана Прокоповича» (95), который предшествовал преданию церковному суду Бужинского и новому туру слушания дела о еретизме Прокоповича в тайной канцелярии.
