Последующие три года в стране фактически правил Меррей. Королева лишь председательствовала. Как будто бы наладились и отношения с Елизаветой. Королевы стали обмениваться письмами и подарками. К сожалению, Мария, в отличие от Елизаветы, не была дальновидным политиком. Она была капризна и честолюбива. Шотландской короны королеве было мало. Она с удовольствием сменила бы ее на корону другого, богатого и сильного, королевства. Поэтому очень скоро перешла на сторону католической партии, вступив в союз со своими родственниками во Франции де Гизами.
Союз католических стран в то время фактически возглавляла Испания и Папа Римский. Некоторое время между шотландским и испанским дворами шли переговоры о возможном браке между Марией и наследником испанского престола доном Карлосом. Однако Карлос медлил с ответом, а Елизавета между тем всячески стремилась помешать этому браку. Она отлично понимала, что такое замужество усилит позиции католицизма в Шотландии. Она допускала и возобновление притязаний Марии Стюарт на английский престол в этом случае. Поэтому королева Англии сама решила подыскать жениха «любимой сестре», как в письмах она называла Марию.
Первой кандидатурой стал Роберт Дадли. Трудно сказать, почему Елизавета решилась предложить этот скандальный вариант. Дадли не принадлежал к королевскому роду. Он был обыкновенным дворянином, которого срочно возвели в ранг графа Лестерского, к тому же Дадли слыл любовником Елизаветы. Стюарт с возмущением отказалась.
В это время в Шотландии находился один из английских принцев крови — Fенри Дарили, который по материнской линии был правнуком Генриха VII, то есть кузеном Марии, и к тому же католиком. Дарили был молод, красив, прекрасно держался в седле и танцевал. Жених, правда, не отличался умом, но шотландская королева страстно влюбилась. Против этого брака выступил Меррей. Он понимал, что этот союз означал реставрацию католицизма в Шотландии. Сильно встревожилась и Елизавета. Она приказала Дарили вернуться в Англию, пригрозив конфисковать все земли его отца. Но тот не послушался. Тогда Елизавета предложила Марии сделку. Она выразила готовность признать права Марии Стюарт на английский престол в случае своей смерти, если та откажется от брака. Но для влюбленной женщины трон Англии уже не имел цены. Ранним утром 29 июля 1565 года венчание состоялось.
Тогда Елизавета решила организовать в Шотландии мятеж. Она не жалела денег для подкупов. Однако мятежные бароны в конце концов покорились своей государыне, а Меррей был вынужден бежать в Англию.
Но брак Марии оказался очень неудачным. Когда очарование первых месяцев замужества прошло, королева увидела рядом с собой тщеславного юнца, глупого и заносчивого, который сорил деньгами и упивался обретенной властью. Тогда Мария лишила мужа всех привилегий и перестала приглашать на заседания государственного совета. Супружеские отношения тоже были прерваны. Как только Мария узнала, что беременна, она отказала Дарили в супружеской близости, якобы для того, чтобы не навредить ребенку.
Дарили был в ярости. Его только поманили властью и теперь отбросили, как ненужную вещь. Он везде и всюду жаловался вельможам на королеву и в конце концов произошло невозможное — он согласился возглавить заговор против своей жены, королевы шотландской.
Особенную ненависть у вельмож-протестантов вызывал личный секретарь королевы пьемонтец Риччо. Бывший певчий, он за свою верную службу удостоился покровительства и дружбы королевы. А протестанты считали его папским агентом и хотели уничтожить. Муж королевы согласился возглавить заговор с целью устранения Риччо, заранее даровав убийцам свое прощение, о чем они и заключили письменное соглашение, так называемый бонд.
9 марта 1566 года вечером во время ужина в королевских покоях, куда ворвались заговорщики, они убили Риччо, а королеву фактически посадили под домашний арест — заперли в спальне и даже не допускали к ней ее слуг. Мария Стюарт решила действовать хитростью: она прикинулась испуганной и умоляла супруга помочь ей. Слабохарактерный и недалекий Дарили согласился обмануть своих недавних сообщников и вместе с королевой бежал из замка Холируд. Оказавшись на воле, Мария поклялась отомстить.
Первым делом она объявила народу, что Дарили не причастен к заговору и внешне изменила свое отношение к мужу. Супруги вернулись в Холируд в полном согласии. 19 июня 1566 года у них родился сын, будущий король Англии Иаков I. Елизавета поздравила родителей и на крестины подарила новорожденному золотую купель, украшенную драгоценными камнями.
Королева Мария очень изменилась. Несмотря на счастливое разрешение от бремени, она была мрачна и часто плакала. Она снова влюбилась. Ее избранником на сей раз стал верховный адмирал и главнокомандующий вооруженными силами Шотландии Джеймс Хепберн, граф Босвел. Это был сильный и смелый воин авантюрного склада. Хотя Босвел был женат, а Мария Стюарт замужем, все равно они стали любовниками. Однако Босвел вскоре охладел к королеве. Она понимала: единственное, чем она может привязать его к себе, это корона Шотландии. Она могла сделать его королем. Конечно, королева могла развестись с мужем, но это плохо отразилось бы на ее сыне, его стали бы считать незаконнорожденным. И, по-видимому, Мария решилась на преступление. В стремлении избавиться от никчемного короля ее поддерживали многие лорды.
В это время Дарили, который как будто бы что-то предчувствовал, уехал в свой родовой замок, где перенес оспу. Мария поехала за ним и уговорила вернуться в Холируд — она сама заманила его в ловушку. Но Дарили отвезли не в королевский замок, а поместили в небольшом одиноко стоящем доме за городской стеной Эдинбурга, так как якобы опасались распространения оспы. Мария часто навещала мужа. 9 февраля она как обычно появилась в домике, но вскоре ушла, так как спешила в замок на свадьбу слуг. А в два часа ночи страшный взрыв разнес в щепки дом, где находился король и его слуги. Их трупы нашли в саду; поговаривали, что их задушили.
Поведение королевы после смерти мужа многим казалось странным. Она не соблюдала траура и ничего не сделала, чтобы разыскать и наказать виновных. Правда, тем, кто назовет имена убийц, была обещана награда в две тысячи шотландских фунтов. Однако желающие так и не объявились, а на рыночной площади появились афишки, где убийцей называли Босвела и его слуг. Тем не менее Мария приняла его в замке лорда Сентона, куда вместо приличного для нее уединения отправилась погостить.
Теперь даже Папа Римский, ее всегдашний покровитель, гневно обличал королеву. Елизавета настойчиво советовала ей не бояться задеть тех, кто ей близок, но виновен, то есть Босвела. Однако Мария потеряла всякую осторожность. Тогда отец Дарили, граф Ленокс, потребовал ареста Босвела. Королеве пришлось дать согласие на суд над дорогим ей человеком. Однако Босвел не растерялся. В его руках была армия. Он явился в зал заседаний с мечом на боку и в окружении вооруженного отряда. Граф Ленокс, опасаясь за свою жизнь, на суд не явился, а судьи по той же причине вынесли обвиняемому оправдательный приговор.
