Пугачев наскоро собирается и быстро, чтобы обогнать арестованных, мчится в донскую столицу, является к уже знакомому дьяку Колпакову в войсковой канцелярии.
— Я слышу, — говорит он ему, — что про меня говорят, будто я бежал; а я не бежал, вот и паспорт.
— На кой же черт пишут, что ты бежал? — выразил неудовольствие дьяк, возвращая ему паспорт.
Пугачев вздохнул свободно, но ненадолго. На следующий день в Черкасск привезли арестованных, и зять повторил показания. На этот раз Колпаков приказал взять под стражу Пугачева, но он вернулся в свою станицу. Здесь его арестовали. Две ночи он просидел в станичной избе, потом бежал, скрывался в камышах на болоте. Но продолжаться долго это не могло — наступали осенние холода, есть было нечего; на третий день, как потом показывал Пугачев на допросе, «пошел в дом свой и, пришед, сказал жене, чтоб она никому не сказывала; и прожил в доме своем почти весь Филиппов пост скрытно. В доме же его не сыскали, потому что не могли старшины думать, чтобы, наделав столько побегов, осмелился жить в доме своем».
23 декабря 1771 года Емельян уехал на Терек. Если его там примут, объяснил он на прощание жене, то и за нею приедет.
Переправившись через Дон, Пугачев направился к поселениям терских казаков. В середине января приехал в станицу Ищорскую, а оттуда — в станицу Дубовскую. Здесь находился атаман Терского казачьего войска Павел Татаринцев (Татаринов). Он услышал от явившегося к нему Пугачева, что тот — донской казак, вместе со своими товарищами в прошлом году прибыл на Терек для поселения и просит, чтобы его записали в войско. Атаман, не зная, что перед ним беглый, зачислил его в казаки станицы Каргалинской, потом Дубовской. Позже Пугачев перебрался в Ищорскую. В ведомости о нем было записано: «Емельян Пугачев письменного вида не имеет. Донского войска. Желает в семейном войске быть казаком».
Среди донских казаков, поселившихся на Тереке до Пугачева, было неспокойно. Они получали меньшее жалованье, чем коренные терские казаки, и, естественно, высказывали недовольство. Об этом, конечно, стало известно новоприбывшему донцу, и он, снова появившись в Ищорской, активно обсуждает с другими переселенцами их нужды и обиды. А их собралось немало — помимо Ищорской, но прибыли казаки еще двух недавно основанных станиц: Галюгаевской и Наурской. Все они с согласия Пугачева решили, «чтобы он взял на себя ходатайство за них об испрошении им в Государственной Военной коллегии к произвождению денежного жалования и провианта против Терского семейного войска казаков». За это они обещали избрать Емельяна своим атаманом, сам он явно к этому стремился.
Получив от казаков 25 рублей на дорогу, Пугачев 8 февраля 1772 года отправился хлопотать об их нуждах. В тот же день в Моздоке он закупил нужный «харч». Но на следующий день при выезде из города, «за рогаткою», его схватили караульные и привели в комендантскую канцелярию. Начался допрос, и Пугачев признал, что бежал с Дона. Он оказался на гауптвахте прикованным цепью к стулу. Пославших его казаков нещадно били батогами. Пугачева ожидало нечто худшее, но он, прождав три дня в заключении, 13 февраля бежал из него вместе с охранявшим его солдатом Венедиктом Лаптевым.
По дороге домой в Нижне-Курмоярской станице у казака Дмитрия Плохова Пугачев достал лошадь и скоро был в Зимовейской. Жена Софья, опасаясь за мужа, отправила детей со двора в другое место.
— Я был на Тереке, и меня принять семейные хотят; а как у них нет теперь атамана, а я человек честный, то оне меня и атаманом выберут.
Но Софья не верила его словам и горько рыдала, рассказывая, что его ищут. На утешения мужа отвечала новыми слезами, и тот махнул рукой, понимая всю безнадежность положения:
— Ну ин, коли так, поди и скажи про меня, што я пришел.
Софья очень, конечно, хотела, чтобы муж жил дома, не выглядел в глазах властей беглецом. Сейчас, как она надеялась, его накажут, а потом отпустят к семье, и все наладится. Она побежала к жене брата, та — к атаману. Беглеца арестовали и привели к нему. Тот на другой день выслал его в станицу Чирскую, там находилась розыскная команда старшины Михаила Федотова.
— Ну, Пугачев, — обратился к нему старшина, когда они остались вдвоем, — дай мне сто рублей, так я напишу тебя в службу, чтобы ты вину свою заслужил, и в Черкасск не пошлю.
— У меня сто рублей нет, а пятьдесят дам.
Федотову этого было мало, и с его согласия Емельян под конвоем пошел к чирскому старшине Карпу Денисову. Тот с охотой дал недостающие 50 рублей:
— На, возьми и отнеси их. Это хорошо, если он запишет тебя в службу.
Пугачев принес деньги Федотову, но тот взять их отказался:
— Где ты эти деньги занял?
— У Карпа Петровича Денисова.
— Нет, если эти деньги ты занял у него, то я их у тебя не возьму: он свой брат, полковник; как только сведает, что с тебя взял, так донесет, и меня за это разжалуют. Поди вон!
Арестованный опять пошел к Денисову, чтобы отдать деньги. Но старшина взял 40 рублей, а 10 рублей оставил ему, — «в Черкасске пригодятся».
Пугачева и других колодников водой повезли в Черкасск. В Цимлянской, находясь в станичной избе, он увидел Лукьяна Ивановича Худякова, старого своего сослуживца по прусской кампании, и попросил о свидании с ним. Ему разрешили. Пугачев пришел к нему домой и, убедив Худякова в своей невиновности, просил взять его на поруки, пообещав за это 6 рублей. Тот поверил и попросил в станичной избе, чтобы ему дали на поруки Пугачева, которого он отвезет в Черкасск. Получив согласие, Худяков отправил Пугачева с сыном Прокофием. На третий день младший Худяков вернулся домой и сообщил отцу, что Пугачев по дороге бежал и «лошадь, на которой он ехал, увел».
Лукьяна Худякова, упустившего Пугачева, наказали плетьми, а старшину, отдавшего арестанта на поруки, на месяц посадили на хлеб и воду. Беглец же, ускакавший в степь, скоро оказался на реке Койсухе (Ковсуге). Там жили раскольники, выведенные из Польши. В слободе Черниговке Валуйского уезда он спросил у местного жителя: не согласится ли кто-нибудь отвезти его до обоза казачьей команды Краснощекова? Располагался обоз около Изюма у Протопоповки.
— Есть здесь такой человек, — ответил тот, — который вашу братью возит, — Каверин Иван, раскольник.
Пугачев выдавал себя за казака из этой команды, чтобы не подумали, что он беглец. Каверин поверил Емельяну и отпустил с ним пасынка Алексея — за три рубля с полтиной тот должен был его доставить на место. Выехали на телеге с двумя каверинскими лошадьми. Лошадь Пугачева шла в поводу.
Наступившая темнота застала путников в поле. Развели огонь, сварили кашу, За едой Пугачев признался Алексею:
— Ведь я не за обозом Краснощекова еду, а мне хочется, добрый человек, пожить для бога, да не знаю, где бы сыскать таких богобоязливых людей.