Позиция сына Соискателя, Роберта Брюса, при шотландском дворе упрочилась после его женитьбы на Марджори, графине Кэррик, последней представительнице древнего кельтского рода, весьма почитаемого в Шотландии. Но в условиях наступившего противоборства двух стран и одновременного владения землей в Англии и Шотландии Брюсу необходимо было выбирать, кому принести присягу и оказывать военную поддержку — королю-победителю Эдварду I или слабому королю-сопернику Джону Балиолю. Он выбрал Англию и лишился, таким образом, своих шотландских владений. В отместку за помощь англичанам король Джон Балиоль передал владения Эннандайл в руки своего родича и наследника Джона Комина.
В 1296 году шотландское войско Балиоля было разгромлено, сам он бежал во Францию и отказался от борьбы. Шотландия перешла в вассальное подчинение английскому королю. Была уничтожена королевская печать, увезены в Лондон национальные архивы, Камень Судьбы из Скона доставлен в Вестминстерский собор, шотландские бароны обязывались воевать в английской армии.
Однако на борьбу с англичанами поднялся весь шотландский народ во главе с Вильямом Уоллесом (ок. 1270–1305). Партизанская война Уоллеса, ставшего по воле народа протектором Шотландии, продолжалась около восьми лет, пока из-за предательства одного из нормандских баронов, Ментейта, он не был захвачен англичанами и жестоко казнен.
Роберт Брюс (1274–1329), будущий король Шотландии, сначала выступил, как и его отец, на стороне англичан, поскольку Уоллес, не претендуя на корону, действовал под стягом Балиоля — соперника Брюса. Отсюда и полное равнодушие и даже последующее долгое недоверие к кандидатуре Роберта при его самопровозглашении королем в 1306 году.
Дальнейшие события приняли иной оборот.
Отказавшись от своих английских владений — земель, замков и крепостей и даже разорвав связи со своим отцом, губернатором крепости Карлайл в Англии, Брюс решительно перешел на сторону восставших шотландцев. Он начал противостоять англичанам с малым отрядом сопротивления. Потребовались долгие годы испытаний, скитаний по стране в качестве непризнанного «короля без королевства», потери друзей и родных, партизанской войны, противостояния соперникам, чтобы он, англо-нормандский лорд Роберт Брюс, заслужил Доверие и стал новым лидером шотландцев, возглавил шотландскую армию, сумевшую в народном сопротивлении и в большой битве европейского масштаба дать отпор первоклассной английской армии, доказав Европе и своей стране, что он «Good King Robert» (избранный народом король).
«Героическая легенда короля Роберта I Брюса», дошедшая до наших дней, появилась лишь на завершающем этапе его борьбы, после битвы при Баннокборне в июне 1314 года. Страна признала Брюса своим лидером и королем шотландцев. Он показал не только свой военный и организаторский талант, но и полное понимание интересов нации, свою способность управлять страной, вновь ставшей свободной и независимой.
После смерти Роберта I Брюса, а затем в 1371 году и его сына, короля Давида II, мужское потомство рода Брюс продолжилось лишь в ветви рода Брюс оф Клакманнан, основателем которой был брат короля Роберта I Томас, казненный Эдвардом I в 1307 году. Его сын Томас (ок. 1305–1358) владел земельным наделом в округе Клакманнан по праву члена королевской семьи.
В 1359 году король Давид II, нуждаясь в военной и особенно финансовой поддержке со стороны своих баронов (чтобы выплатить громадную сумму выкупа Англии за свое освобождение), отдал свой замок, крепость и королевские земли округа Клакманнан своему юному племяннику, Роберту Брюсу (ок. 1353–1403), присвоив ему титул барона оф Клакманнан. Опекуном юного барона он назначил его дядю по матери, Джона Эрскина, выделив ему землю в Аллоа, находящемся по соседству с Клакманнан.
Семь поколений предков российских Брюсов были выходцами из семейства Брюс оф Клакманнан. Женами представителей рода становились, как правило, дочери соседних лайрдов (владельцев земель) или близких к королевскому двору — Стюартов, Моррей, Ливингстонов.
От Брюса оф Клакманнан произошли другие, побочные линии — Брюс оф-Айрт, Эрлсхолл, Киннайрдо и др. Многие из них пресеклись с отсутствием мужских потомков. Чтобы не лишиться титулов или наследства, дальние родственники с иной фамилией меняли свою фамилию на почетную «Брюс», или родные передавали свое право наследования в другую семью, отдаленную, не имеющую званий и собственности, как поступил, например, в начале XVIII века граф Элгин и Эйлсбери, не желавший возвращать свой титул и владения короне, передав их своему племяннику, сменившему ради наследства фамилию.
Линия Клакманнан прервалась в 1772 году со смертью последнего шотландского Брюса оф Клакманнан — Генри Брюса (1700–1772), служившего с 1720 по 1724 год в России под покровительством Я. В. Брюса. Род был разорен, имение и земли Клакманнан проданы. Эта линия, Брюс оф Клакманнан, не оставила заметного следа в истории. Хроники фиксировали, как в семействе Клакманнан за столетия, прошедшие с XIV века, былые «королевские корни» заметно теряли силу. В последующих поколениях жизнь и дела их представителей, за немногими исключениями, остались лишь на страницах архивов, но не на страницах истории.
Однако представителей этого семейства чтили, как чтят национальные реликвии в память о поворотном моменте национальной истории. По традиции, в семье мужских потомков рода хранились шотландские национальные реликвии: двуручный меч короля Роберта I и его шлем с поля битвы при Баннокборне.
Я. В. Брюс, с его талантом исследователя, знал историю предков, в частности описание героической борьбы Вильяма Уоллеса. В его библиотеке была книга Джона Блейера, рассказывающая о борьбе шотландцев в конце XIII — начале XIV века (Blair, John. The life and Acts of the most famous and valiant Champion, Sir William Wallace. Pr. by J. Bryson at Edinburgh. 1640).
Яков Вилимович изучал историю Британии и ее правителей, о чем свидетельствует еще одна книга из его библиотеки английского историка Ричарда Бейкера (Baker, Richard. A chronickle of the Kings of England from the time of the Romans Government into the Deathof King James. L. 1665).
Для Брюса исторические документы шотландских предков представляли богатый материал, который он использовал в своей деятельности на благо России.
Яков Брюс и его старший брат Роман были достаточно хорошо осведомлены о шотландских родственных связях. Однако не «наследственное» баронское или «королевское происхождение» способно было формировать их как личности, а другие, реальные и сильные факторы, такие как суровый опыт жизни деда и прадеда, мужество и стойкость отца и матери, с честью выдержавших испытания на прочность в чужой стране и передавших детям большой жизненный потенциал.