В 1251 г. земли Средней Азии, составлявшие тогда Чагатайский улус, вышли на короткое время из повиновения дому Чагатая. Золотоордынский хан Батый заключил с сыном Тулуя Мунке союз против потомков Угедея и Чагатая. На курултае в Каракуруме в 1251 г. Мунке при содействии Батыя захватил власть каана над монгольской империей в свои руки. Рашид ад-дин подробно рассказывает о событиях, при которых произошел этот переворот.
Когда появились первые признаки неповиновения власти Мунке-каана, последний начал преследовать своих действительных и мнимых противников. Большинство членов домов Чагатая и Угедея, а также их эмиров было истреблено. Последствием этого переворота была передача Мавераннахра под власть Золотой Орды, сначала Батыя, а потом Берке-хана (1256-1266). При Мунке, ставшем великим монгольским ханом (1251-1259), произошло крупнейшее политическое событие - поход его брата Хулагу в Иран. В сентябре 1254 г., согласно рассказу Рашид ад-дииа, Хулагу-хан разбил свою ставку на равнине Кан и-Гиль, у самого Самарканда. Откупщик Масудбек расставил здесь для него тканый чистым золотом шатер. В течение 40 дней самаркандская знать устраивала монгольскому завоевателю пиры, охоты и другие увеселения. Поход Хулагу имел последствием полное завоевание Ирана. В 1258 г. Хулагу-хан захватил Багдад и уничтожил аббасидский халифат. Вскоре в Иране с центром в Тебризе было положено начало монгольскому хулагидскому государству.
В 60-х годах внуку Чагатая Алгую удалось выгнать из Мавераннахра зологоордынских чиновников и восстановить Чагатайский улус. Опираясь на 15-тысячное войско, Алгуй в Чагатайском улусе мог чувствовать себя прочно. В Самарканде, Бухаре и других местах Мавераннахра люди Алгуя сводили счеты со всеми, кто служил джучидам в годы изгнания Чагатаидов. Среди пострадавших за связи с Берке-ханом был и сын знаменитого бухарского шейха Сейф ад-дина Бахарзи. В связи с арестами и казнями была проведена конфискация личного имущества казненных. Было восстановлено в Чагатайском улусе правление откупщика Масудбека. Согласно описаниям Рашид ад-дина, Масудбек, по приказу Мунке-каана, кроме Мавераннахра, управлял еще городами уйгуров, Ферганой и Хорезмом. Таким образом, Масудбек был откупщиком в Чагатайском улусе с небольшим перерывом со времени отъезда его отца Махмуда Ялавача в 1248 г. к великому хану Угедею и до своей смерти, в 1289 году. Чагатайские ханы мало вмешивались в дела управления Мавераннахром и интересовались главным образом доходами с него, которые аккуратно поступали от Масудбека как откупщика налогов и податей. Рашид ад-дин рассказывает, что когда Алгуй-хан взял себе в жены ханшу Эргенэ-хатун, то, зная ее хорошее, полное доверия, отношение к Масудбеку, предоставил последнему Мавераннахр в бесконтрольное управление. Масудбек старался всячески угодить Алгую и беспощадно обирал земледельческое и ремесленное население городов. Благодаря таким поборам дела Алгуя улучшились настолько, что он мог содержать большое и хорошо вооруженное войско.
В 60-х же годах XIII в., вскоре после смерти Алгуя, внутри Чагатайского дома начались расхождения по вопросу о Мавераннахре. Чагатай и его ближайшее монгольское окружение были отрицательно настроены к исламу и исламской культуре. Однако чагатайские ханы - Мубарек-шах и Борак-хан - приняли ислам. Более того: церемония возведения Мубарек-шаха на чагатайский престол в 1266 г. происходила не в долине реки Или, а в Мавераннахре, в долине реки Ангрена, что говорит о перемене взглядов на Мавераннахр и о желании хана быть вблизи этой богатой страны, если не в ней самой. Тогда же вместе с ханом Мубарек-шахом в Мавераннахр перешли и некоторые монгольские роды, в том числе джелаиры и барласы. Первые избрали местом своих кочевий долину Ангрена, вторые - долину Кашка-Дарьи. Эти роды пришли из Семиречья уже в какой-то мере в отношении языка отюреченными. Процесс отюречения на новых местах ускорился; не прошло и столетия, как джелаиры и барласы вошли в состав тюркских племен.
Политика усиления внимания к Мавераннахру в некоторых кругах Чагатайского дома, особенно среди кочевий монгольской аристократии, встречала резкую оппозицию. Под влиянием последней чагатайский хан Кайду в 1269 г. собрал в Таласской долине курултай монгольских царевичей и нойонов. На курултае победили противники ориентации на Мавераннахр, и участники курултая заключили, по словам Рашид ад-дина, между собой договор, «что они впредь будут жить в горах и степях, не будут держаться вокруг городов, не будут пускать скот на засеянные поля и делать необоснованные взыскания с подданных (раайя)».
Постановление курултая 1269 г. не могло, однако, затушевать глубокого противоречия внутри Чагатайского улуса по вопросу о Мавераннахре. Ханы всё больше сочувствовали переходу к городской жизни и стремились взять непосредственно в свои руки власть над богатой, культурной страной - Мавераннахром. Более того: всё больше углублялись различия между монголами Семиречья и джелаирами и барласами, осевшими в Мавераннахре. Оставшиеся в Семиречье чагатай смотрели с презрением на чагатаев, переехавших в Мавераннахр и утративших тем самым чистоту кочевнических традиций, и презрительно именовали их караунасами, т.е. метисами. В свою очередь последние рассматривали чагатаев в Семиречье как отсталых и грубых варваров и называли их «джетэ», т.е. разбойниками. Чагатайский улус постепенно распался на две части: Мавераннахр и Моголистан, включающий в себя, кроме Семиречья, Кашгар. Однако это произошло только в XIV веке.
В XIV в. противоречия между чагатайскими ханами, стремившимися к установлению прочных связей с культурными районами, и военной кочевой аристократией, желавшей продолжать кочевнические традиции, обострились до крайности. Ярким выразителем первого направления был чагатайский хан Кебек (1318-1326), выстроивший себе в двух фарсасах (12-14 км) от Несефа дворец (карши). Впоследствии около этого дворца вырос целый город, перенявший имя Карши и перетянувший к себе жизнь из пришедшего в упадок Несефа. Ко времени Кебек-хана откупная система взимания налогов и податей, а также система управления Мавераннахром совершенно изжили себя. Сельское и городское население, недовольное откупными порядками, готово было энергично поддержать попытку чагатайских ханов взять в свои руки управление страной. Это обстоятельство и учитывал Кебек-хан, когда приступил к проведению в жизнь двух важных реформ: денежной и административной - так как Мавераннахр в это время очень страдал из-за отсутствия единой денежной системы с соседними мусульманскими странами. Этот недостаток и решил восполнить Кебек-хан. За образец он принял денежную систему, введенную Газан-ханом в Иране (1295-1394).
