В качестве заведующего кафедры, а по сути главного экономиста страны, Л.И.Абалкин проработал 8 лет. В этот период его избрали членом-корреспондентом Академии наук СССР и в 1986 г. назначили директором Института экономики АН СССР, которым он остается по сей день.
Конец 80-х – начало 90-х годов был, наверное, самым драматическим периодом в новейшей истории нашей страны. Он ознаменовался коренными изменениями в созданном за годы Советской власти хозяйственном и политическом механизме. Горы накопившихся проблем во всех сферах жизни государства вызвали необходимость пересмотра основополагающих принципов управления страной. Леонид Абалкин получил в эти годы редчайшую для себя возможность не только наблюдать происходившие процессы изнутри, но и быть их непосредственным участником.
Началось все летом 1988 г., когда Л.И. Абалкин был избран делегатом XIX партийной конференции от Севастопольского района Москвы. В этом уникальном районе на относительно ограниченной площадке были сосредоточены многие ведущие исследовательские центры страны: Институт экономики, Институт мировой экономики и международных отношений (директор – академик Е. Примаков), Институт экономики мировой социалистической системы (директор – академик О.Богомолов), Центральный экономико-математический институт (директор – член-корр. В. Макаров), Институт народно-хозяйственного прогнозирования (директор – член-корр. Ю. Яременко), Институт Дальнего Востока (директор – доктор экономических наук М. Титаренко), Институт социологии (директор – доктор философских наук В. Ядов), Институт научной информации по общественным наукам (директор – академик В. Виноградов). В процессе выбора делегатов на партийную конференцию состоялись многочисленные встречи Л.И. Абалкина с коммунистами этих институтов и района в целом. Было высказано много напутствий, наказов, были и письменные резолюции с оценкой сложившегося положения в экономике страны и с предложениями о путях выхода из кризиса. Все это, а также опора на достаточно мощный научный потенциал Института экономики АН СССР, не могло не отразиться на содержании выступления Л.И.Абалкина с трибуны конференции.
Выступление академика запомнилось многим, но понравилось далеко не всем. В нем была дана достаточно жесткая оценка ситуации и со всей определенностью сказано, что радикального перелома в экономике не произошло, из состояния застоя она не вышла, что задачи одновременного количественного роста и качественных изменений в народном хозяйстве страны являются несовместимыми. Выступление вызвало многочисленную критику со стороны делегатов конференции и жесткую оценку со стороны Генерального секретаря ЦК КПСС М.С. Горбачева, который усмотрел в выступлении следы «экономического детерминизма». После выступления к Л.И. Абалкину неожиданно подошел член Политбюро ЦК КПСС, Председатель Совета Министров СССР Н.И. Рыжков. С Николаем Ивановичем Л.И.Абалкин был знаком в течение нескольких лет. Отношения между ними хотя и были строго официальными, но складывались исключительно на доброжелательности и взаимном уважении. Н.И.Рыжков протянул руку и, долго не отпуская ее, сказал: «Надо поговорить». Вскоре после этого последовали встреча с Н.И. Рыжковым и постановление Президиума Совета Министров СССР «О рассмотрении предложений Института экономики Академии наук СССР по совершенствованию проводимой в стране экономической реформы», в котором Л.И. Абалкину предлагалось в срок до 1 декабря представить соответствующие материалы в Совет Министров СССР.
В институте все отдавали себе отчет в том, что от тех материалов, которые будут подготовлены, может зависеть не только решение практических вопросов, но и общее отношение к экономической науке, к ее разработкам, к возможностям влияния науки на выбор и принятие стратегических решений. Весь институт был поднят на ноги, началась интенсивная подготовка доклада.
Точно в срок материалы были представлены в Правительство, но в связи с землетрясением в Армении обсуждение было перенесено и состоялось 4 января 1989 г. В нем приняли участие многие ведущие экономисты страны – академики А. Аганбегян, Г. Арбатов, О. Богомолов, В. Кудрявцев, С. Ситарян, члены Президиума Совета Министров СССР. На совещании возможно впервые были названы и обнажены те негативные тенденции, которые, в последующем, широко обсуждались в стране. Сам доклад нигде не публиковался, но его краткое изложение было дано в трудах Института экономики за 1988 г. В нем было подчеркнуто, в частности, что если на протяжении 1976–1985 гг. и происходило неуклонное нарастание расходов государственного бюджета, прирост этих расходов был меньше прироста национального дохода (по абсолютной сумме). Этот процесс не вызывал особых тревог, хотя и сдерживал развитие хозрасчетных и коммерческих отношений в стране. Однако в 1986–1987 гг. сложилось качественно новое соотношение: расходы бюджета стали увеличиваться существенно быстрее, чем абсолютный прирост национального дохода страны, а расходы на производственную сферу начали резко обгонять доходы бюджета, получаемые в этой сфере. На основе проведенного анализа коллектив института и его директор предложили разработать программу финансового оздоровления народного хозяйства, целью которой являлось сокращение бюджетного дефицита, нормализация денежного обращения и стабилизация потребительского рынка. Главный же вывод заключался в том, что причиной нарастания негативных процессов являлась медлительность и половинчатость в осуществлении экономической реформы, отсутствие четкой, просчитанной программы действий.
Подводя итог обсуждения, Н.И. Рыжков приветствовал сделанный институтом доклад и дал положительную оценку его работы. 7 января 1989 г. Л.И. Абалкин был приглашен на встречу к Генеральному секретарю ЦК КПСС. Таким образом, был прерван период охлаждения отношений к институту и его директору со стороны высшего руководства страны, который продолжался после памятного выступления Л.И. Абалкина на партийной конференции. Выводы, сделанные в докладе, были приняты. Институт стал интеллектуальным центром и главной научной базой экономических реформ.
Весной 1989 г. Л.И. Абалкин был избран народным депутатом СССР. Однако вскоре ему пришлось сложить с себя полномочия депутата. В середине мая 1989 г. он получил предложение Председателя Совета Министров СССР Н.И. Рыжкова стать его заместителем и возглавить комиссию по экономической реформе. Л.И. Абалкин дал свое согласие, в полной мере отдавая себе отчет в том, какую ответственность он принимает на себя в условиях, когда не существует секрета быстрого и немедленного оздоровления экономики страны.
