Великая княгиня Мария Феодоровна, видя, как её супруг целыми вечерами пропадает в комнатах камер-фрейлины Нелидовой, слыша шёпот придворной толпы по поводу наследника и его фаворитки, очень страдала. Однажды Екатерина II подвела её к зеркалу и сказала: «Посмотри на себя, как ты хороша, и посмотри на Нелидову. Разве есть хоть какое-то сравнение?» Екатерина Ивановна тоже со своей стороны сумела убедить великую княгиню в чистоте её отношений с Павлом Петровичем, в бескорыстии их дружбы. Да и сам великий князь не раз повторял Марии Феодоровне, что с Нелидовой его соединяет «дружба священная и нежная, но невинная и чистая». Мария Феодоровна поверила мужу и приняла руку дружбы от его фаворитки. Теперь они уже вместе стали оказывать на будущего императора благотворное влияние. Несмотря на заявление цесаревича о чистоте его дружбы с камер-фрейлиной Екатериной Ивановной, несмотря на дружбу Нелидовой с великой княгиней Марией Феодоровной, и Высочайший двор, и свет считали, что фаворитка Павла Петровича — камер-фрейлина Нелидова — любовница цесаревича.
Объединение великой княгини Марии Феодоровны с камер-фрейлиной Екатериной Ивановной стало великим заслоном для всех, кто хотел в своих интересах влиять на наследника. Естественно, многим вельможам, получавшим милости от великого князя за их мнимую дружбу и поддержку, мешала эта двойная преграда. Особенно она мешала таким людям, как фаворит великого князя Иван Павлович Кутайсов и его окружение, тем более она стала большой помехой, когда в ноябре 1796 года Павел Петрович стал императором.
Разрушить мешающую преграду можно было только одним — заменить эту чересчур умную и хитрую фаворитку другой. И случай скоро представился. В конце марта 1797 года весь двор выехал в Москву на предстоящую коронацию Павла Петровича, 5 апреля 1797 года в Успенском соборе Московского Кремля торжественно прошла коронация императора Павла I. Москва торжественно и весело праздновала это великое событие: всюду проводились балы, праздники и торжества в честь нового Государя Всероссийского. На одном из балов Кутайсов ловко обратил внимание императора на молоденькую девушку, Анну Петровну Лопухину, впервые вывезенную в свет. Совсем юная (ей в то время ещё не было и 20 лет), она понравилась императору Павлу своей свежестью, белизной кожи, чёрными сверкающими глазами, добрым и милым выражением лица, И тогда его фаворит Иван Кутайсов, отлично знавший характер своего покровителя, шепнул Павлу, что якобы Анна Лопухина «потеряла голову» от его императорского величества. Разумеется, это заявление запало в душу честолюбивого мужчины. И потому Кутайсову далее не представляло особого труда настоять на переводе в Петербург семейства Лопухиных, что и произошло в 1798 году. Анна Петровна Лопухина была зачислена камер-фрейлиной в штат Высочайшего двора, и ей были предоставлены в Зимнем дворце комнаты рядом с покоями императора Павла. Придворные императорского двора поняли, что у Павла Петровича появилась новая фаворитка.
Занятая делами Смольного института, Нелидова бывала при дворе нечасто, а потому узнала о перемене в её жизни несколько позже, когда Павел изгнал из Петербурга за какое-то не понравившееся ему высказывание её ближайшую подругу еще по Смольному институту — графиню Наталью Александровну Буксгевден (урожденную Алексееву). Наталья Александровна уехала в принадлежавший её мужу замок Лоде в Прибалтике. Екатерина Ивановна в такой ситуации не могла оставаться ни во дворце, ни в Смольном институте, а потому вынуждена была последовать за своей подругой. Она вернулась в Смольный в 1800 году, когда узнала, что Анна Петровна Лопухина с рыцарского благословения Павла I вышла замуж за князя П. Г. Гагарина и выехала из Петербурга.
Гибель Павла I от рук заговорщиков, в числе которых был и его ближайший «друг» и фаворит Иван Павлович Кутайсов, потрясла Екатерину Ивановну. Она как-то сразу состарилась и поседела. Она продолжала работать в Смольном институте и дружить со вдовствующей императрицей Марией Феодоровной. Их сближала теперь только благотворительная деятельность «Учреждений императрицы Марии Феодоровны», в состав которых входило и Воспитательное общество благородных девиц — Смольный институт, начальницей которого была Екатерина Ивановна. В 1828 году скончалась Мария Феодоровна, и Екатерина Ивановна оказалась совершенно одинокой. Она доживала свой век в Смольном, продолжая традиции Воспитательного общества благородных девиц, заложенные Екатериной II, заботясь о своих воспитанницах-смолянках.
По воспоминаниям её современников, она сохранила живой проницательный ум и способность вести интересные беседы на волнующие её собеседников темы. Однако она утратила прежнюю мягкость, живость и приветливость и стала более славиться строгостью, принципиальностью и требовательностью к окружавшим её людям.
Последние её дни были скрашены заботой о ней её любимой племянницы — княгини Александры Александровны Трубецкой, на руках которой Екатерина Ивановна Нелидова и скончалась 2 января 1839 года. Тело её было погребено на кладбище, находившемся рядом со Смольным институтом
Анна Петровна Лопухина (1777–1805), неожиданно для неё самой ставшая фавориткой императора Павла I и камер-фрейлиной Высочайшею двора, не разделяла чувств своего покровителя и потому во время пребывания своего в Зимнем дворце старалась отдалить его от себя, а для этого много капризничала и, под влиянием своих родичей, просила титулов для семьи, чинов и должностей для отца. Очарованный ею император исполнял все её капризы и просьбы. Он даже армейские штандарты приказал изготовлять со словом ANNA, что в переводе с еврейского означает благодать. А уж Анну и её семью облагодетельствовал полностью: Петру Васильевичу Лопухину, её отцу, 19 января 1799 года пожаловал княжеский титул с нисходящим потомством (из чего следовало, что Анна Петровна становится княжной), а затем и должность генерал-прокурора Святейшего Синода, соответственно с повышением класса чина, и назначение членом Государственного совета Мачеха Анны Лопухиной, женщина необразованная и даже довольно невежественная, не отличавшаяся добродетелью, стала не только княгиней, но и получила придворное звание статс-дамы Высочайшего двора.
Спустя месяц, в конце февраля 1799 года, князь Пётр Васильевич Лопухин с нисходящим потомством был пожалован титулом светлости и гербом с девизом «Благодать».
Камер-фрейлина Её Императорского Величества императрицы Марии Феодоровны — светлейшая княжна Анна Петровна Лопухина — должна была постоянно находиться во дворце, сопровождать императрицу и её семейство во время выходов, больших и малых, в паломничестве и загородных поездках. Поэтому Павел I имел возможность видеться со своей фавориткой почти ежедневно. Императрица Мария Феодоровна уже не переживала, видя влюблённость своего мужа. Она уже знала его рыцарский характер и верила, что его отношения с Анной Петровной нежны, но целомудренны. Супружеские отношения у императорской четы протекали нормально. К этому времени у них было уже 10 детей (Александр, Константин, Александра, Елена, Мария, Екатерина, Ольга, Анна, Николай и рождённый в 1798 году Михаил), и все они были живы. Правда, с появлением при дворе фаворитки Анны Петровны и удалением Екатерины Ивановны Нелидовой влияние Марии Феодоровны на мужа значительно ослабло.
