После этого Васильчиков прямо написал царю, что либо из Киева уберут Пирогова, либо он сам уйдет в отставку. Мотивируя свое заявление, генерал-губернатор говорил о крамольности педагогических взглядов Пирогова и об его попустительстве революционной пропаганде во всех учебных заведениях округа. Современники киевской деятельности Пирогова удостоверяют в своих воспоминаниях, что он «спасал» провинциальных учителей, заподозренных жандармерией в пропаганде идей Герцена, предупреждая их о предстоящих обысках.
С киевским периодом педагогической деятельности Пирогова связано занимающее видное место в истории русской общественности выступление против него Н. А. Добролюбова. В Одесском округе Николай Иванович отменил телесные наказания учащихся Ввиду вредности этой меры в педагогическом отношении и нецелесообразности ее в отношении административном. Вместо розог он ввел товарищеские суды учащихся. Мера оказалась действительной. Даже военное начальство в некоторых частях после статей Пирогова о сечении детей отказалось от применения розог для солдат.
В Киеве Пирогов также пытался циркулярами и статьями уничтожить телесные наказания, но здесь он встретил сильное противодействие со стороны местных педагогов. Многие из них уже отказались от иллюзий медового месяца русских свобод. К тому же учуяли, что «наверху» Пироговым недовольны. Директора гимназий говорили, что учителя не могут войти в класс, если у них будет отнято такое верное устрашающее средство, как розги. «Не важно даже, чтобы ученик был наказан, важно, чтобы он знал, что может быть наказан».
Николай Иванович забыл, что, принимая должность попечителя, он ставил свои условия и обещал «не перерождаться», забыл, как он заявлял попечителю Медико-хирургической академии, что считает недостойным уступать требованиям большинства, если эти требования идут в разрез с его убеждениями. Неуступчивый и резкий в вопросах науки и личной жизни, Пирогов оказался покладистым в делах общественных и, уступая натиску реакционных чиновников-педагогов, утвердил предлагаемые ими правила о проступках и наказании учеников, в том числе такую меру, как наказание розгами. Правда, самые правила Пирогов отредактировал так, что фактически телесные наказания в школе отменялись: чтобы высечь ребенка, учитель должен был преодолеть столько формальных препятствий, что не только терялся всякий смысл этой меры, но часто не удавалось и применить ее. Однако, признание знаменитым ученым самого принципа телесных наказаний вызвало возмущение в радикальных кругах общества и нападки на Пирогова в печати.
Резче всех напал на Пирогова Н. А. Добролюбов. Уже в статье о «Вопросах жизни» Добролюбов давал понять, что собственно с педагогическими мыслями Пирогова ему делать нечего, так как они дают только «общие афористические положения», в них вопросы воспитания «не разбираются подробно», автор «предоставляет» читателю «только угадывать» его выводы. Это было в мае 1857 года. С тех пор Добролюбов ушел далеко вперед в развитии своих социально-политических взглядов. Под влиянием Н. Г. Чернышевского, задолго до напечатания его «Антропологического принципа в философии», где впервые в русской литературе связно изложена система Л. Фейербаха. Добролюбов выступил в «Современнике» (май 1858 года) со статьей «Органическое развитие человека в связи с его умственной и нравственной деятельностью». Здесь он излагает взгляды на воспитание в духе фейербаховского материализма, доказывает, что умственная деятельность человека, деятельность его мозга находится в близкой связи с общим состоянием тела, что новорожденные не имеют сознания, что наука отвергла схоластическое раздвоение человека и стала рассматривать его в полном неразрывном его составе, телесном и духовном.
В «Литературных мелочах прошлого года», напечатанных в 1-й книжке «Современника» за 1859 год (окончание в 4-й), Добролюбов делает уже открытый выпад против воспитательных идей Пирогова. Издеваясь над писателями, которые твердят пошлые фразы о том, что «в настоящее время, когда и т. д.», критик уподобляет их почтенным крысам, пользующимся авторитетом у своих подруг и увлекающим за собой недальновидных мышей. Затем он переходит к воспитательным идеям Пирогова, не называя его, но явно намекая на «Вопросы жизни», и пишет: «Один из почтенных людей очень умно и решительно высказал общее стремление и сделал несколько практических указаний на существующий порядок вещей, и вдруг между пожилыми мудрецами поднялось радостное волнение; теперь, видите ли, уже открыто и доказано, что общее образование важнее специального!.. От такого открытия они пришли в неописанный восторг и года два по несколько раз в месяц шевелили фразу «прежде всего надо воспитать человека, а потом уже сапожника» или что-то в этом роде». В дальнейшем развитии своей статьи Добролюбов прямо переходит к Пирогову и подчеркивает, что именно его он имел в виду, говоря об авторитетных крысах и бегущих за ними мышах. В февральской книге «Современника» за 1859 год появилась вторая статья Добролюбова — рецензия на собрание литературно-педагогических статей Пирогова, выпущенных после перехода его из Одессы в Киев, и на «Отчет Московской практической академии», составленный М. Я. Китарры.
Иронизируя в своей рецензии по поводу пошлых рассуждений Китарры о необходимости религиозно-нравственного воспитания, о догматах веры, о том, что этим можно воспитать добрых христиан и т. п., Добролюбов противопоставляет ему «в высшей степени простые и естественные рассуждения» Пирогова. Читая книгу Пирогова, критик «убеждается, что истинно-надежным и всегда полезным деятелем у нас может быть только тот, кто не склоняется робко перед тем, что мы называем разными житейскими конвенансами, кто прямо и твердо идет по своей дороге, не позволяя себе никаких влияний, ни одного двусмысленного движения». Продолжая Пироговым побивать автора отчета, Добролюбов пишет, что такие люди, как Китарры, могут быть сами по себе честными людьми, но не могут «быть вполне надежными общественными деятелями», так как «ловко применяются к обстоятельствам». Таких людей много. «Редкое исключение из числа этих многих составляет г. Пирогов. Его идеи и стремления, резко определенные, всегда резко и прямо высказываются, и перед ними нередко бледнеет все то, что кажется хорошим у других».
Цитируя слова Китарры о том, что он «в самых крайних случаях прибегает к розгам» для вразумления своих воспитанников, Добролюбов в противовес ему приводит целый ряд «простых и сильных рассуждений» Пирогова, доказывающего в своей статье «безнравственность» розги. «Мы не ставам г. Пирогова на пьедестал непогрешимости, — пишет он далее — мы не с тем на него указываем, чтобы его авторитетом унизить кого-нибудь. Вовсе нет; у г. Пирогова могут быть, конечно, и увлечения, и погрешности, как у всякого другого… Но мы видим в нем ту смелость и беспристрастие взгляда, ту искренность в признании недостатков, ту независимость в отношении к обществу, которые у других находим в гораздо слабейшей степени…»
