С его именем закономерно связывается начало стойкой материалистической традиции в истории русской мысли.
Черты механицизма, свойственные естественнонаучной картине мира того времени, у Ломоносова вступали в противоречие или сглаживались целостным представлением о мире. Органичная целостность бытия обычно выводилась за пределы рационального познания; если речь шла о гармонии мира, то в контексте божественной, предустановленной гармонии. Ломоносов же воспринимал целостность мира и вместе с тем признавал полную его познаваемость. Единство микро- и макроуровней вещества, материи, единство универсума, всеобщая связь и «сцепление», присущие естественному миру,— гармония взаимосвязанного целого, а не только отдельные естественные явления и процессы выступают у него предметом познающего разума.
Тенденция к синтезу характерна для его методологии. Для него, как и многих ученых его времени, экспериментальное исследование было символом нового этапа познания, пришедшего на смену схоластическому теоретизированию. Эксперимент был в духе времени, стремлений к активной человеческой деятельности, вторгающейся в естественные процессы. И все же эксперимент, по его мнению, не является исключительным средством познания, он неразрывен с теорией, отражающей необходимые связи воспроизводимого в нем явления, которое тем самым вписывается в более общий процесс, включающийся, в своем пределе, в единое бытие. Это бытие — не аморфно, не хаотично, оно обладает общими характеристиками, прежде всего количественными, которые отражаются математикой; поэтому для Ломоносова наука немыслима вне математики.
В философии XVIII в. шла борьба сторонников дедуктивных и индуктивных методов познания, анализа и синтеза, приверженцев рационализма и сенсуализма. С развитием экспериментального естествознания появился односторонний эмпиризм, позже, преодолевая его, расцвела натурфилософия, поднявшая на щит умозрение, которое она противопоставила эмпирии. Но односторонности не воспринимались философией Ломоносова, он избирал путь не столько альтернативных, сколько взаимодополняющих решений.
Бытие едино не только в настоящем своем существовании, но и во временной протяженности. Мир изменяется, однако прошлое не исчезает бесследно, и оно необходимо для познания современных процессов. Наука не может игнорировать предыдущие стадии существования, без их реконструкции трудно разобраться в современных формах, в сути происходящих явлений. Элементы исторического подхода в познании реальных явлений, свойственные работам Ломоносова, связаны с его общим видением природы, мира.
Философским воззрениям Ломоносова присуще гармоничное восприятие мира, истоки которого, возможно, заключены в его разностороннем и всеобъемлющем духовном развитии, в синтезе выдающихся способностей человека науки и искусства, отличающем его редкостно одаренную натуру.
Целостное мировосприятие, свойственное Ломоносову, по ряду черт близко стихийной диалектике, однако оно обладает спецификой — в нем меньше учитывается существование различных уровней организации, особенно поляризация структур единого целого, роль противоположных начал. В предшествующей русской мысли средоточием целостного видения мира был творец. У Ломоносова целостное видение сохраняется, но оно радикально переводится в иной план, фокусируется на мире реальностей.
Идеи Нового времени отражали исторические сдвиги, связанные с заменой феодального строя социально-экономическими отношениями общества, идущего ему на смену. В социальной философии новые идеи выражались в поддержке секуляризованного государства, росте правового сознания, концепциях внесословной ценности личности и т. п. Ломоносов не отвергал существования церкви, но руководство обществом предлагал полностью передать в руки светской власти. В его произведениях защищается светское государство, свободное от диктата религии и церкви. Тема права и закона появляется в его поэтической публицистике, здесь же высказываются идеи о значении личностного сознания, о ценности человека вне зависимости от места, занимаемого им в сословно-феодальной иерархии.
Основной постулат прогрессивной философской мысли XVIII в.— определяющая роль просвещенного разума. Его полностью разделял Ломоносов, но в самое понятие «просвещенный разум» он вкладывал совершенно определенный смысл — это разум, вооруженный наукой. Тема «просвещение и общество» у него выступает преимущественно как «наука и общество». Повышенный интерес к социальным проблемам науки сохранился в последующей истории русской мысли.
В просветительской идеологии проблема человека и его деятельности решалась во многом на гедонистической основе с элементами возникающего утилитаризма. Истоки деятельности объяснялись потребностями индивида, среди которых на первое место выдвигались стремления к собственной пользе и удовольствию. Социальная философия Ломоносова пронизана идеями активной, разумной, преобразовательной человеческой деятельности, но деятельности, изначально направленной на такие ценности, как общее и благо. Его взгляды близки радикальному крылу формирующейся в то время в России просветительской идеологии.
Философия Ломоносова устремлена к новым горизонтам, активности и прогрессу, но хорошо развитое историческое сознание позволяло ему не разрывать настоящее с прошлым, воспринимать в единой целостности судьбы народов, мира. В трудах Ломоносова рассматривались вопросы о значении России, начиная с ранних этапов ее существования, в человеческой истории. В XIX в. рассмотрение этой проблемы происходило в условиях, когда растущее осознание анахронизма социально-экономических и политических устоев крепостничества и самодержавия, сковывающих огромное государство, придавало особенную остроту идейным поискам и порой порождало экстремальные трактовки, впадающие то в самобичевание, то в эйфорию по поводу прошлого и будущего России. Размышления в предыдущем столетии тоже отличались немалой напряженностью, но протекали они все же спокойнее. В работах Ломоносова подчеркивалась давность и существенность русской истории, которая видоизменяется преобразовательными эпохами, например Петровской, но не прерывается ими. Он считал, что Россия входит в состав европейских государств и неотделима от европейской истории. В XVIII в. не надо было прилагать усилий, чтобы доказать политическое влияние Русского государства на ход международных событий, но Ломоносов убежден, что не меньшая роль принадлежит России в развитии человеческой культуры, особенно в единении Запада и Востока.