Уже потом, во время процесса, раскрылась вся подлость действий Силверио дос Рейс. Мысль о доносе возникла у Силверио в тот самый момент, когда он услышал от сержанта-мора Луиса Вас де Толедо Пицы про существующий заговор. Поговорив затем с Тирадентисом, Силверио, не останавливаясь, проследовал в Вила-Рику и направился прямо во дворец к Барбасене. Силверио рассчитывал использовать в своих целях секрет заговорщиков и ценой доноса заслужить расположение и также освободиться от долга королевской казне.
Барбасена послал Силверио с письмом к вице-королю в Рио-де-Жанейро, и после этого доносчик регулярно поставлял сведения о Тирадентисе Луису де Васконселос. Священник Ногейра де Лима, выполнив поручение Тирадентиса и выходя от Силверио, столкнулся в дверях дома с сыном мастера Пауло Лоуренсо, который затем рассказал Силверио, где живет священник Ногейра де Лима. Силверио немедленно помчался с доносом к вице-королю. Мы знаем, как развивались дальнейшие события. Не желая сразу раскрывать карты, вице-король решил запутать следы и, арестовывая всех лиц, с которыми встречался Тирадентис, приказал задержать и Силверио. Однако это было сделано только для виду, и надежды Силверио получить королевское вознаграждение за предательство полностью оправдались.
Расследование по делу заговорщиков велось одновременно в Минасе и Рио-де-Жанейро. Причем в столице вице-королевства по приказу Луиса де Васконселос еще за три дня до ареста Тирадентиса уже назначили писца и судью для ведения предстоящего процесса. Но на первом этапе основное расследование велось в Вила-Рике. Волна террора и насилия прокатилась по всей территории Минаса. Аресты производились по любому доносу; дома, фазенды подвергались бесчисленным обыскам. Солдаты врывались в квартиры и от имени властей шарили по комодам в поисках ценных предметов. Награбленное отбирали потом офицеры, но никогда ничего не попадало в казну. Конфисковывались рабы и даже одежда. Время от времени по дороге из Вила-Рики в Рио солдаты вели группы арестованных.
Вице-король, недовольный действиями Барбасены, метал громы и молнии. Луис де Васконселос хотел закончить подготовку к процессу как можно быстрее, а его племянник отправлял из Вила-Рики новых и новых арестованных, предварительно подолгу занимаясь снятием допросов в казематах столицы капитании Минас. Подготовка процесса вызвала столкновение различных интересов. Судьи, назначенные для ведения процесса Тирадентиса, делали попытки оправдать замешанных в заговоре коллег, с которыми вместе когда-то учились в университете Португалии. Личные же враги заговорщиков спешили воспользоваться создавшимся положением и отомстить за все неприятности, причиненные им кем-либо из арестованных. Приближенные Барбасены выбирали себе жертвы.
Как мы уже говорили, некоторые из заговорщиков, очутившись в тяжелом положении, не проявили должной твердости духа и оказались не на высоте положения. Так, например, бывший студент университета в Коимбре, Домингос Видал Барбоза, племянник полковника Оливейро Лопеса, во время предварительного допроса в Вила-Рике струсил и пытался свалить всю вину на Алвареса Масиела. Он рассказал о встречах Жозе Жоакина да Майя с Томасом Джефферсоном и от себя приплел, что Жозе Жоакин да Майя намеревался еще раз встретиться с американским консулом. Узнав из допроса Домингоса Видала Барбозы о встрече в Ниме, Барбасена очень серьезно отнесся к такому сообщению и 30 июня 1789 года потребовал от судьи в Вила-Рике еще раз детально допросить Домингоса Видала Барбозу и выяснить все подробности контактов бразильских студентов в Португалии с представителями иностранных держав.
Вице-король получил несколько доносов из Вила-Рики, в которых обвинялся не кто иной, как сам виконт де Барбасена. Правда, ему не приписывали участия в заговоре, а вменяли в вину якобы мягкое отношение к некоторым арестованным, например, к подполковнику Франсиско де Паула, Алваресу Масиелу, сержанту-мору Толедо Пице и к Гонзаге.
Военным помощником Барбасены являлся подполковник Жоан Карлос Ферран, дядя невесты Гонзаги Марии Доротеи. Анонимный доносчик из Вила-Рики утверждал, что Барбасена, уступая просьбе Феррана, не собирается арестовывать Гонзагу. Однако к тому времени, когда донос пришел к вице-королю, Гонзагу не только арестовали, но и доставили в Рио-де-Жанейро.
В свою очередь, Барбасена пребывал в чрезвычайно скверном настроении, считая себя обойденным. Он рассчитывал быть центральной фигурой на процессе Тирадентиса, поскольку, по его словам, основная заслуга в раскрытии заговора принадлежала ему, Барбасене. Желая нейтрализовать возможные действия губернатора Минаса, вице-король направил несколько подразделений из Рио в Вила-Рику, Сан-Жоан-дел-Рей и Игрежа-Нова Верные же Барбасене войска перевели из Вила-Рики в Рио. Таким образом, губернатор Минаса теперь все время находился под наблюдением войск, присланных из Рио и непосредственно подчиненных вице-королю, а не губернатору.
22 мая 1789 года в крепости на острове Кобрас Тирадентиса подвергли первому допросу. После того как судья Жозе Педро Машадо Коэльо Торрес и писец Марселино Перейра Клетто исполнили все формальности, они велели ответить Тирадентису, знает ли он, за что был подвергнут аресту. Тирадентис в то время принял решение полностью отрицать существование заговора и поэтому ответил, что не знает мотивов, по которым его бросили в темницу.
Сразу же после первого допроса власти начали конфискацию всего имущества, принадлежащего Тирадентису. Из списков конфискованных вещей, подшитых к делу процесса, видно усердие судебных чиновников, не забывших конфисковать в пользу государственной казны все до единого предмета из имущества Тирадентиса.
27 мая судебные власти учинили второй допрос Тирадентису. На этом этапе Тирадентис, видимо, еще надеялся спасти революцию. Он не знал о многочисленных арестах, произведенных в Вила-Рике, Рио-де-Жанейро и других городах. Он не знал, что многие свидетели, многие арестованные заговорщики наперебой старались всю вину взвалить на Тирадентиса.
30 мая состоялся третий допрос. Как и во время предыдущих допросов, Тирадентис продолжал категорически отрицать сам факт подготовки заговора, и лишь 18 января 1790 года, когда после полугодового перерыва состоялся четвертый допрос Тнрадентиса, прапорщик дал другие показания, признавшись, что он действительно готовил заговор, добавив, что отрицал это во время первых трех допросов не из-за стремления уйти от ответственности, а не желая причинять кому-либо страдания. И через несколько дней, во время пятого допроса, так и не назвав ничьих фамилий, Тирадентис подчеркнул, что только он несет ответственность за подготовку заговора и никто другой в этом не виновен.
