В 1948 году было решено строить на Ленинских горах именно здание Московского университета. Иофан с коллегами В. Пелевиным, Я. Белопольским, А. Поповым-Шаманом выполнил его эскизный проект. Этот проект чрезвычайно похож и по архитектуре, и по композиции генплана на осуществленный впоследствии. Однако, по замыслу Иофана, комплекс должен был располагаться на четверть километра ближе к Москве-реке, около самого откоса Воробьевых гор. По мнению инженеров, строить на этом месте такой величественный комплекс было нельзя, не позволяли грунты. Иофан настаивал на своем, но поддержки не получил. В результате за несколько дней до окончания эскизного проекта Иофану пришлось передать проект в руки другой группы архитекторов, возглавляемой Рудневым. При этом Руднев принципиально не менял архитектурную концепцию сооружения, разработанную Иофаном. Таким образом, авторами проекта здания Московского государственного университета стали академики архитектуры Л.В. Руднев и С.Е. Чернышев, члены-корреспонденты П.В. Абросимов и А.Ф. Хряков и главный конструктор — инженер В.Н. Насонов.
Олтаржевский в своей книге пишет: «Сооружением университета разрешается крупнейшая градостроительная задача планировки и объемно-пространственного решения юго-западного района Москвы. Университетский комплекс с его мощным объемом и богатым величественным силуэтом явится организующим началом всего окружающего пространства нового района. Уже при строительстве были задуманы мраморные лестницы, террасы, фонтаны, спускающиеся от университета к берегу реки. Таким образом, юго-западный район, территория университета и пространство до берега реки объединяются в одну гармоничную, грандиозную по замыслу архитектурно-планировочную композицию. Развернутая мощным, широким фронтом в сторону реки, композиция главного здания университета как бы непосредственно поднимается из окружающих зеленых массивов. Перед фасадом здания устраивается площадь, от которой идут три аллеи. Вдоль средней из них сооружается большой бассейн в рамке двух рядов мраморных бюстов отечественных деятелей науки. Таким образом, вся огромная территория перед главным зданием превращается в великолепный цветущий парк со скульптурами, бассейном, цветниками».
Центром архитектурной композиции всего комплекса Московского государственного университета является главный учебный корпус, представляющий собой 26-этажное здание. Как писал Олтаржевский, «главный учебный корпус университета представляет собой четкую, выразительную композицию с сильно развитым богатым силуэтом, объемно нарастающим к центру. Уносящаяся ввысь динамическая вертикаль последнего создает организующую ось всей величественной группы объемов, а в целом богатство пространственной композиции, ее организованность переносят зрителя к лучшим историческим образцам русской архитектуры… Авторами создан ясный, хорошо запоминающийся архитектурный образ, выражающий и олицетворяющий собой прогрессивный характер социалистической науки, величие важнейшего по значению и исключительного по грандиозности Московского университета».
К зданию Главного учебного корпуса непосредственно примыкают восемнадцати- и девятиэтажные корпуса студенческих и аспирантских общежитий и двенадцатиэтажные корпуса квартир профессорско-преподавательского персонала. На некотором расстоянии от него расположены отдельно стоящие корпуса химического и физического факультетов.
Необходимо отметить, что при проектировании комплекса Московского университета большое внимание уделялось условиям жизни студентов. Как уже отмечалось, в состав комплекса включено студенческое общежитие, рассчитанное на шесть тысяч студентов. При этом первоначально планировалось, что у каждого студента будет своя отдельная комната, но в целях экономии затрат Молотов убедил Сталина, что студенты народ веселый и им лучше будет жить вдвоем. В итоге комнаты были рассчитаны на двух человек::
В результате на набережной Москвы-реки фактически был построен целый университетский городок, то есть комплекс, объединяющий в себе разнообразные элементы, связанные с научно-исследовательской и научной деятельностью, а кроме того, с жизнью студентов и профессорского состава университета.
В архитектурной композиции здания широко использована скульптура. В интересах более яркого раскрытия идейного содержания и художественного замысла композиции авторами богато использована скульптура. Скульптурные изделия выполнены из литого белого камня. Внешне он похож на белый известняк, но изготовлен путем плавления кварцевого песка, мела и доломита в специальных печах. Как указывал Олтаржевский, «наука, промышленность, сельское хозяйство, люди труда и науки, строящие коммунизм, — все нашло свое яркое отображение в скульптуре, составляющей неотъемлемую часть общего творческого замысла».
Большое внимание авторы проекта Московского университета уделили не только внешнему виду, но и внутреннему оформлению здания. Особое внимание было уделено актовому залу, который, «являясь центром общественной и научной жизни университета, своей архитектурной композицией олицетворяет торжество науки. Выполненный в пропорциях лучших образцов русской классики, с партером, замкнутым в амфитеатр, зал окаймлен колоннадой, в интерколумниях которой установлены бюсты великих русских ученых, учившихся в Московском университете. Примененный здесь принцип ограждения зала колоннадой, за которой расположен променад, создает ощущение воздушности и легкости, несмотря на крупные размеры зала, вмещающего до 1500 человек.
…В кулуарах установлены скульптуры корифеев науки: И.В. Мичурина, Д.И. Менделеева, Н.Е. Жуковского, И.П. Павлова, на фоне художественных витражей, иллюстрирующих характер их деятельности. Мичурин — на фоне цветущих садов, Менделеев на фоне индустриального пейзажа, фоном для бюста Жуковского служит насыщенное самолетами и парашютами небо, фигура Павлова — на фоне учащейся молодежи».
Строительство такого большого и заметного практически из любой точки центра Москвы объекта, конечно, сразу же обросло многочисленными легендами. Вот только некоторые из них. Сначала стройку университета объявили комсомольской и возводить комплекс по планам должны были три тысячи комсомольцев-ударников. Однако в силу сжатых сроков строительства численность рабочих пришлось значительно увеличить. Там трудилось больше 14 тысяч человек. Часть из них были заключенными, имевшими строительные специальности. Когда строительство стало подходить к концу, заключенных поселили прямо на строящемся объекте — на 24-м и 25-м этажах здания. С этим связаны две истории. Насколько в них много правды, а сколько выдумки, каждый решает для себя сам. Например, рассказывают, что один из заключенных смастерил из фанеры и проволоки подобие примитивного дельтаплана и, стартовав на нем с одного из верхних этажей здания, сумел перелететь через Москву-реку и убежать. Так это или нет, уже неизвестно. По крайней мере попыток повторить подобный полет современные дельтапланеристы пока не предпринимали. Рассказывали и еще одну историю. Однажды, на «ближней» даче Сталина в Кунцеве на дорожке обнаружили винтовочную пулю. Охрана запаниковала. Стали проводить экспертизу, и выяснилось, что пуля прилетела со стороны строящегося университета. При расследовании выяснилось, что при смене караула, разряжая винтовку, один из конвоиров случайно нажал на спуск. А так как он в этот момент находился на одном из верхних этажей строящегося здания, то пуля улетела очень далеко и оказалась прямо на даче Сталина. Какие меры для повышения безопасности вождя были приняты после этого случая, история умалчивает.