Дело это не возбудило никаких последствий, так как над Академией грянул долгожданный гром.
30 сентября 1742 года Елизавета подписала указ о назначении следственной комиссии по делу Шумахера. 7 октября Шумахер был заключен под караул в его собственном доме. Вместе с ним был арестован Прейсер. Кунсткамера, библиотека, книжная лавка со всеми находившимися в них вещами и приходо-расходными книгами были опечатаны.
Правителем Академической канцелярии стал Нартов. Нартовым руководило искреннее стремление служить заветам Петра. Он поднял на большую высоту академические мастерские, которые снабжали оптическими приборами, точными весами, астролябиями, компасами, термометрами, чертежными принадлежностями развивающуюся русскую промышленность, горное дело и мореходство. Он мечтал о превращении Академии наук в огромную мастерскую, выпускающую нужные и полезные инструменты и приборы. Подозрительные и часто бесплодные умствования заезжих иноземцев были ему не по душе, и он не видел от них пользы для России.
Ломоносов не одобрял некоторые поступки Нартова, прекратившего из экономии издание первого научно-популярного журнала на русском языке — «Примечание к Ведомостям» — и вообще замышлявшего «каждой науки по одному оставить, достальных же излишних от Академии отпустить». Ломоносов понимал, что Нартов может увести Академию на неверный путь, сузить и упростить ее задачи. Но Ломоносов не мог не сочувствовать демократическим побуждениям Нартова и вполне разделял его неприязнь к иноземцам. И он втягивался в борьбу на стороне Нартова.
В Академии наук царила настороженная тишина. Самое незначительное происшествие отзывалось громким эхом и еще более накаляло атмосферу. Нартов распорядился опечатать архив Конференции и проверять состояние печатей. Понятым при этом бывал и Ломоносов, принимавший участие в просмотре бумаг, когда их нужно было вынуть или вернуть в архив. Все это было не по нутру академикам, жаловавшимся в следственную комиссию, что адъюнкт Ломоносов, переводчик Горлицкий и другие «сообщники» Нартова «им во отправлении их дел мешали».
В результате столкновений Ломоносова с академиками в феврале 1743 года он был исключен из Конференции. Не помогло и вмешательство Нартова, которому открыто не подчинилась Конференция. Ко всему этому присоединилась и крайняя нужда. Почти целый год в Академии никому не платили жалованья. Еще в феврале 1743 года Ломоносов и Тредиаковский подали в канцелярию отчаянную просьбу: выдать им в счет годового жалованья — Тредиаковскому десять рублей, а Ломоносову «сколько заблагорассудится». Последовало определение: «первому выдать 10, а второму пять рублей из книжной лавки».
В Академии наук все напряженно ждали, чем разрешится следствие над Шумахером. Торжество сторонников Нартова оказалось преждевременным. В назначенную по делу Шумахера комиссию попали заведомо снисходительные люди: простоватый генерал-лейтенант С. Л. Игнатьев и князь Б. Г. Юсупов, отличавшийся рабской преданностью Бирону.
На допросе канцеляристы горячились и взывали к тени Петра Великого. Но какое дело было сановной комиссии до их негодования, что какие-то «русские переводчики, имеющие познания в науках, получают жалованья гораздо меньше, нежели многочисленные, часто вовсе ненужные немецкие писцы». Обвинители говорили, что Шумахер живет пышно, занял большой дом, употребляет без контроля казенные дрова и свечи, завел для своих надобностей шестивесельную шлюпку, которая с «мундиром» и жалованьем гребцам обходилась Академии двести рублей в год, что с 1727 по 1742 год он брал по четыреста рублей ежегодно на кунсткамеру, якобы для угощения знатных посетителей. Возмущенные канцеляристы рассказывали, что Шумахер по родству и свойству совал в Академию бесполезных людей, принял некоего егеря Фридриха «для стреляния птиц в кунсткамеру» с жалованьем в год по двести рублей — и с оного 1741 года «настреляно им шестьдесят птиц и принесено в кунсткамеру, которых птиц в Охотном ряду за малую цену купить можно». Шумахер, смелея день ото дня, с достоинством отвергал возводимые на него обвинения. Он даже ссылался на якобы данное Блюментросту словесное распоряжение Петра I расходовать деньги на трактирование знатных особ при посещении ими кунсткамеры. Такая ссылка на волю Петра была для комиссии вполне убедительной. Правда, обвинители, постепенно превращавшиеся в ответчиков, резонно говорили, что ныне «знатные» особы редко посещают кунсткамеру, да и трактир для них от него, Шумахера, бывает невеликий, и кроме кофе, водки и заедок не бывает, что на это в год изойдет не более десяти или пятнадцати рублей, и что для этого следовало иметь особую книгу, а у него (Шумахера) книги нет и в ревизион-коллегию о том знать не дает». Это был лепет цепляющихся за свою правду маленьких людей. Комиссии становилось все более ясно, что академическая «чернь» слишком разбушевалась и на величественном фасаде Академии наук появились нежелательные тени.
Наконец в следственную комиссию 6 мая 1743 года поступила грандиозная жалоба за подписью одиннадцати академиков и адъюнктов, грозивших коллективным уходом и запустением Академии. Академики просили «учинить надлежащую праведную сатисфакцию, без чего Академия более состоять не может, потому что ежели нам в таком поругании и бесчестии остаться, то никто из иностранных государств впредь на убылые места приехать не захочет, также и мы себя за недостойных признавать должны будем, без возвращения нашей чести, служить ее императорскому величеству при Академии».
Академические устои потрясал Ломоносов. Именно его поведение и возмутило академиков. Весь сыр-бор загорелся оттого, что 26 апреля 1743 года Ломоносов, явившись в конференц-зал, «имея шляпу на голове», проследовал в Географический департамент, причем по дороге «сделал рукою в архиве срамную фигуру», как выразился свидетель Иоганн Мессер, или «показал кукиш», как определил по своему разумению сторож конференц-зала Федот Ламбус. Профессор Винсгейм[35], поднявшись с места, стал выговаривать Ломоносову всю неслыханность его поступка. Ломоносов, уже добродушно смеясь, снял шляпу и стал унимать Винсгейма, упрашивая его сесть и не хорохориться. Но Винсгейм полез в амбицию. Тогда Ломоносов снова надел шляпу и стал отводить душу.
Вступившемуся адъюнкту Географического департамента Трускоту он сказал:
— А ты што за человек? Ты — адъюнкт? Кто тебя сделал? Шумахер? Говори со мной по-латыни!
Когда же Трускот пробормотал, что не умеет, Ломоносов вскипел:
— Ты дрянь! И никуда не годишься! И недостойно произведен.
