При такой поддержке общественного мнения Примаков решился, наконец, перейти от демонстративно нейтрального отношения к отдельным финансово-промышленным группам к генеральному наступлению на позиции олигархов. Прежде всего, премьер-министр поддержал проводимое сотрудниками возглавляемой Юрием Скуратовым Генеральной прокуратуры расследование фактов коррупции, прямо направленное против кремлевской верхушки и выявившее совершенно вопиющие факты. В громких скандалах весны-лета 1999 года оказались замешанными многие члены «семьи», обвиненные в получении взяток и отмывании денег. Эти скандалы окончательно подорвали репутацию президента и его окружения. Благодаря сотрудничеству с генеральным прокурором Швейцарии Карлой дель Понте Скуратов выяснил, что луганская строительная фирма «Мабитекс» заплатила высокопоставленным кремлевским чиновникам взятки на сумму в несколько миллионов долларов и получила взамен подряд на реставрацию здания Счетной палаты и Большого Кремлевского дворца. Особенно лакомыми кусками считались Белый дом и пристройка в Кремле. В связи с этим все чаще упоминался Павел Бородин, под непосредственным руководством которого Путин в свое время работал в Управлении делами.
«Пал Палыч» отвечал не только за снабжение всем необходимым президента и его команды. Он также часто помогал хозяину Кремля выпутаться из затруднительного положения. Так, в апреле 1998 года, добиваясь от Думы согласия на назначение Кириенко премьер-министром, Ельцин пообещал «учесть особые пожелания депутатов». Если быть до конца откровенным, он просто собирался подкупить большинство депутатского корпуса путем предоставления им по льготным ценам машин и квартир из «сокровищницы» Бородина. Кое-кто в окружении Скуратова утверждал, что Карла дель Понте даже передала ему номера счетов в швейцарских банках, на которых у родственников и близких Ельцину лиц накопились миллиардные суммы. В первую очередь назывались, естественно, имена Татьяны Дьяченко и Березовского.
Кремлевское руководство поспешило нанести ответный удар. Оно тут же обвинило Скуратова в коррупции, а Бордюжа положил ему на стол видеокассету, на которой генеральный прокурор был запечатлен в недвусмысленной позе с двумя проститутками. Съемки производились скрытой камерой. Скуратов немедленно заявил, что на видеопленке изображен вовсе не он. Появилась даже расхожая фраза «человек, похожий на генерального прокурора».
В конце концов скандальную видеозапись показали по государственному телевидению. Скуратов сразу же обратился за поддержкой к Совету Федерации, имеющему, согласно Конституции, единоличное право утвердить отставку генерального прокурора. К величайшему удивлению «семьи», верхняя палата отказалась это сделать. После истории с Черномырдиным осенью 1998 года Ельцин второй раз потерпел поражение по итогам голосования. Вне себя от ярости, он проигнорировал решение региональных лидеров и, опасаясь крайне нежелательных для него дальнейших результатов прокурорского расследования, указом отстранил Скуратова от должности.
Внешне дело генерального прокурора выглядело ничуть не более абсурдно, чем случившийся годом раньше пресловутый «Моникагейт». Однако наиболее политизированная часть российского общества напряженно искала ответ на вопрос, является ли Юрий Скуратов коррупционером и развратником или, наоборот, честным юристом, не побоявшимся открыто выдвинуть обвинение против власть предержащих? За полтора года до президентских выборов «война компроматов» разгорелась с новой силой. В феврале 1999 года Березовский каждый день ожидал ареста, и Путину волей-неволей пришлось взять на себя роль его защитника. В условиях, когда наиболее печально известный из всех российских финансово-промышленных и медиа-магнатов оказался фактически в полной изоляции, поскольку все мало-мальски заметные в мире политики и бизнеса люди предпочитали держаться от него подальше, директор ФСБ неожиданно появился на дне рождения его жены Елены. Не исключено, что Юмашев уговорил Путина совершить этот демонстративный поступок. Тем самым Путин как бы намекнул своему формальному шефу Примакову, что не оставит Ельцина в беде. Отношения с премьер-министром еще более ухудшились, когда он попросил директора ФСБ начать прослушивание телефонов Явлинского и Малашенко. Примаков надеялся, что Путин не откажет ему в небольшой любезности, однако последний наотрез отказался выполнить просьбу председателя правительства. По словам Путина он не хотел впутывать ФСБ в эту темную историю, опасаясь политического скандала, и потому посоветовал Примакову обратиться в одну из частных охранных фирм.
Гораздо менее деликатно Путин вел себя по отношению к Скуратову, выдавшему ордер на проведение обысков в офисах «Аэрофлота», нефтяной компании «Сибнефть» и «Автоваза». Эти коммерческие структуры приносили Березовскому огромную прибыль. Именно Путин отвечал за появление пресловутой видеокассеты. Именно он настаивал на отставке Скуратова, с которым с 1996 года конфликтовал из-за устроенного генеральным прокурором преследования Собчака. Теперь Путин пользовался абсолютным доверием «семьи», поскольку доказал, что на него можно положиться даже в самом щекотливом деле.
В конце марта 1999 года Ельцин решил расстаться с Бордюжей. Хозяин Кремля и его «семья» нашли более подходящего и, несомненно, гораздо более одаренного человека, способного как никто другой, решить проблему преемственности власти в стране. Путин получил новое назначение, но сохранил за собой пост директора ФСБ. В должности секретаря Совета безопасности он получил возможность распоряжаться важнейшими рычагами власти, которыми всегда являлись силовые структуры. Во главе президентской администрации был поставлен сорокатрехлетний Александр Волошин, ранее отвечавший за ее экономический сектор. В свое время он успешно руководил рядом фирм, входивших в империю Березовского.
Кремль постепенно сумел вернуть себе инициативу на игровом поле и даже начал наращивать наступательный темп. В марте в ФСБ вновь были произведены кадровые перестановки. На этот раз полетели головы нескольких уличенных в коррупции высокопоставленных сотрудников ее территориальных управлений. Примаков во всеуслышанье пожаловался на непрерывную «кадровую чехарду» в этой спецслужбе. Путин не только спокойно выслушал обвинения в свой адрес, но и вместе с членами коллегии ФСБ явился в кабинет Примакова в Белом доме и на конкретных примерах доказал премьер-министру, что новые назначения никоим образом не дезорганизовали систему управления одной из важнейших российских силовых структур.
