В годы, когда президентом Императорской академии наук был великий князь Константин Константинович, проводилась и коренная перестройка деятельности академических музеев. В 1898 году значительно были увеличены ассигнования на содержание Музея антропологии и этнографии, расширен его штат. Музей окончательно определили в ведение историко-филологического отделения Академии наук. До этого же времени он неоднократно переходил из одного отделения в другое, и зависело это от того, где конкретно работал руководивший им академик.
Коренным образом изменилось положение и другого крупного академического музея – Зоологического. Благодаря усилиям Константина Константиновича специально для музея было построено прекрасное здание. По высочайше утвержденному в 1895 году «Положению о Зоологическом музее» ему придавалось значение «центрального в империи учреждения для познания животного царства». В музее была развернута большая просветительская работа, с каждым годом неизменно возрастало число его посетителей. По мнению многих современников, знатоков Санкт-Петербурга, Зоологический музей стоял в годы президентства великого князя в ряду тех достопримечательностей столицы, «посещение которых было обязательно для всякого образованного и любознательного туриста».
Великий князь Константин Константинович никогда не забывал о том, что Императорская Академия наук призвана быть не только чисто научным учреждением, но и общероссийским центром культуры и просвещения. Именно общероссийским, поэтому он и прилагал немало усилий к тому, чтобы повысить уровень просвещения населения в национальных окраинах Российской империи. Один из примеров тому – состоявшийся в феврале 1895 года под покровительством августейшего президента I Съезд русских деятелей по печатному делу. На нем обсуждались разные проблемы развития печатного дела в России, среди прочих был затронут вопрос и о «крайне бедственном состоянии печатного дела в литовских губерниях Северо-Западного края». Главной причиной такого положения дел было признано существовавшее в то время запрещение печатания книг латино-литовским шрифтом. Эту меру ввели после подавления Польского восстания 1863–1864 годов и, по мнению правительства, она была необходима для ограждения литовцев от польского влияния. Но жесткая русификаторская политика ни к чему хорошему не привела. Русский шрифт был непонятен многим литовцам, и это значительно тормозило повышение уровня культуры и грамотности среди местного населения.
В связи с этим I Съезд русских деятелей по печатному делу единогласно постановил просить правительство пересмотреть вопрос о запрещении печатания литовских книг латинским шрифтом. Однако рекомендации ученых остались без ответа. Прошло три года, и Константин Константинович получил письмо от купца А. О. Смильго, одного из активистов в деле просвещения литовского народа. Он просил еще раз попытаться «содействовать скорейшему удовлетворению ходатайства состоявшегося под августейшим покровительством… съезда». Великий князь решил подкрепить свою позицию мнением ученых и обратился за советом к академику А. Ф. Бычкову, возглавлявшему в то время Императорскую публичную библиотеку. В своем письме он спрашивал: «…Научите, что мне делать?»
Афанасий Федорович ответил, что этот вопрос неоднократно обсуждался на заседаниях Отделения русского языка и словесности, и мнение ученых неизменно оставалось единодушным: «…эта мера принесла более вреда, чем пользы, и необходима отмена запрещения…» Соответствующее ходатайство вновь было направлено в правительство, но опять осталось без ответа.
В 1903 году к президенту Академии наук обратился за помощью виленский, ковенский и гродненский генерал-губернатор князь Петр Данилович Святополк-Мирский. В своей «Записке» он указывал, что считает не только своевременным, но и «настоятельно необходимым освободить латино-литовский шрифт от каких бы то ни было запрещений и стеснений, разрешить в России печатание этим шрифтом литовских книг и периодических изданий всякого рода». На этот раз Константину Константиновичу удалось воздействовать на правительство, и это нелепое ограничение было наконец отменено.
Несколько лет продолжалась и активная деятельность президента Академии наук, направленная на разрешение отмены существовавших ограничительных мер на издание Священного Писания на украинском языке. В 1904 году Константин Константинович выступил с инициативой на правительственном уровне отменить этот запрет. Дважды он обращался с ходатайством к руководству министерства внутренних дел, но дело сводилось к элементарным отпискам – чиновники отвечали, что эту проблему можно рассматривать «только с точки зрения религиозной, а также филологической». После этого великий князь обратился в Святейший синод с просьбой разрешить издание Евангелия на украинском языке в переводе Ф. С. Морачевского. Увы, просьба его так и не была удовлетворена.
Но президент Академии наук решил не отступать. 11 февраля 1905 года он обратился с письмом на имя председателя Комитета министров С. Ю. Витте, в котором просил его «повергнуть через Комитет министров на благоусмотрение его императорского величества ходатайство мое об отмене всех ограничительных мер по изданию Святого Писания на малороссийском наречии». Сергей Юльевич действовал быстро и решительно. 14 февраля он отправил великому князю письмо, в котором пригласил его на заседание Комитета министров 15 февраля для участия в обсуждении этого вопроса. На следующий же день дело было наконец решено положительно. Не вызывает сомнений то, что подобной оперативности способствовала и зревшая в России революционная ситуация.
Правящие круги, при всем своем стремлении реформировать существующий строй, все же главной задачей считали сохранение Российской империи. Отсюда – и всевозможные охранительные меры, подчас просто бессмысленные. Но ведь Академия наук была государственным бюджетным учреждением, во многих отношениях зависящим от правительства. Поэтому позиция, занятая в данном случае академией и ее президентом, несомненно, заслуживает уважения.
Российские ученые во главе с августейшим президентом немало способствовали развитию и повышению уровня просвещения и образования. Но особую тревогу у них вызывало тяжелое положение в стране с женским образованием. Проблемы в этом вопросе накапливались десятилетиями, и к концу XIX века отставание России от ведущих западных держав стало вопиющим. Константину Константиновичу довелось столкнуться с этим неприятным фактом еще в самом начале своего президентства.