Однако затем встреча королевы-матери с узником приняла неожиданный и обидный для нее оборот. Кардинал, справившись с потоком слез, начал упрекать ее, пересказывая все, в чем только упрекали ее враги: это будто бы она, сговорившись с сыном, хитростью завлекла Гизов в ловушку, это она многократно обманывала и его самого, только поверив ей, он согласился приехать в Блуа, где теперь его ждет участь кардинала Лотарингского. «Вы завлекли нас сюда красивыми словами и тысячью ложных заверений в безопасности, вы всех нас обманули!» — кричал обезумевший от страха и горя кардинал (вернее, бывший кардинал, ибо ради эфемерной перспективы обретения королевской короны он отказался от духовного сана), видимо, забывший, по чьей инициативе и для чего все собрались в Блуа и кто здесь до последнего времени правил бал. И этот убогий старец присоединился к хору клеветников, пытаясь представить Екатерину сообщницей сына и даже инициатором убийств. Она пыталась было протестовать, уверяя, что ничего не знала о намерениях Генриха III, а если бы знала, то сделала бы все, чтобы воспрепятствовать ему. Однако Бурбон, не внемля ей, бессмысленно повторял одно и то же: «Вы всех нас обманули! Вы всех нас погубили!» Не в силах долее сносить подобное оскорбление, она скомандовала своим носильщикам: «Уходим!»
Эта встреча с Бурбоном, на которую она отправилась с самыми добрыми намерениями, нанесла ей смертельный удар. От пережитого потрясения резко обострилась болезнь, и на следующий день Екатерина чувствовала себя как никогда плохо. И все же, несмотря ни на что, вопреки запретам врачей и уговорам близких, 2 января 1589 года она отправилась на мессу. День выдался на редкость холодным, и прогулка по морозу привела к дальнейшему ухудшению ее самочувствия. Теперь в ее окружении были почти одни только итальянцы. Французы, опасаясь королевского гнева, в большинстве своем покинули опальную королеву-мать. 4 января Екатерина уже с трудом дышала, что лишало ее способности говорить, хотя при этом сознание ее оставалось ясным.
Утром 5 января 1589 года она решила составить завещание. Будучи не в состоянии писать, она диктовала, прилагая для этого огромные усилия. Она выражала свою последнюю волю в присутствии сына, велев похоронить себя рядом с супругом, в Сен-Дени, где уже приготовила для себя место. Это было важно для нее, что же касается церемонии погребения, то в этом она целиком полагалась на усмотрение Генриха III, не высказав никаких пожеланий. Затем она распределила наследство, не забыв упомянуть своих слуг, карликов и карлиц, поваров и прочих, не говоря уже о советниках и духовниках. Своей главной наследницей она сделала внучку, Кристину Лотарингскую, недавно выданную замуж за наследника великого герцога Тосканского: помимо своих итальянских имений и дворца во Флоренции она завещала ей драгоценности и особняк в Париже. Любимый замок Шенонсо, в свое время послуживший поводом для конфликта с Дианой Пуатье, она отписала королеве, Луизе де Водемон. Все свои владения в Оверни, перешедшие к ней по наследству от матери, Мадлен де ля Тур д’Овернь, она завещала бастарду Генриха И, графу Овернскому. Дочь Маргариту и зятя Генриха Наваррского, доставивших ей столько неприятностей, она вовсе не упомянула. Генрих III вслух прочитал составленное завещание и подписал его, после чего поставили свои подписи королева Луиза, нотариусы и душеприказчики. У самой Екатерины уже не было сил расписаться. Она лишь пробежала глазами текст и одобрила его, прежде чем он был скреплен печатью.
Затем она позвала своего исповедника, однако оказалось, что он, подобно многим другим, покинул ее. Послали найти ему замену. Впрочем, врачи не считали, что в этом есть настоятельная необходимость, давая королеве-матери по крайней мере еще несколько дней жизни. Да и сама она, помня пророчество, не думала, что наступил смертный час: ведь, по предсказанию, ей следовало опасаться Сен-Жермена, а она находилась в Блуа. Между тем появился священник, которого она не знала; он исповедовал ее и дал ей отпущение грехов. Любопытства ради Екатерина поинтересовалась, как его зовут. Последовал ответ: «Жюльен де Сен-Жермен», после чего королева-мать со вздохом, но без видимого волнения произнесла: «Стало быть, пришла смерть». Ее состояние резко ухудшилось, и спустя два часа она испустила дух.
Кончина Екатерины Медичи заставила всех, кто знал ее, еще раз осмыслить, какое место занимала она в их собственной жизни и жизни королевства. И Генрих III тоже изобразил скорбь, возможно даже искреннюю, во всяком случае, менее притворную, чем в иных случаях. Многие признавали, что уход королевы-матери явился тяжелой утратой для Франции. Только такого несчастья и недоставало этому несчастному королевству, как справедливо заметил папский нунций.
Превратности судьбы, с которыми Екатерина Медичи не раз сталкивалась при жизни, продолжали преследовать ее и после кончины. Лишь спустя 20 лет была исполнена ее последняя воля и бренные ее останки упокоились в Сен-Дени подле обожаемого супруга. Поток злоречивых пересудов не прекратился и после ее смерти. Еще не успело остыть ее тело, как поползли слухи, что Екатерина была отравлена. То ли желая докопаться до правды, то ли с целью опровергнуть клевету, бросавшую тень и на него самого, Генрих III распорядился провести вскрытие, которое показало естественную причину смерти его матери — тяжелую форму пневмонии. Если бы не эта болезнь, обострение которой она сама спровоцировала своей ненужной активностью в первые дни нового, 1589 года, Екатерина Медичи могла бы еще долго жить, поскольку ее внутренние органы были здоровы.
Как было принято в то время, на прощание с ко-ролевой-матерью отвели целый месяц. Не только весь город Блуа, но и обитатели иных областей Франции пришли поклониться ее бренным останкам. Собственно говоря, сами останки в то время уже покоились в свинцовом гробу, вложенном в деревянный гроб, а то, что люди могли видеть, было наряженной в подлинные одеяния Екатерины куклой, восковому лицу которой придали полное портретное сходство. Похороны состоялись 4 февраля 1589 года в церкви Сен-Совёр в Блуа. По справедливости, прощание с королевой-матерью должно было бы проходить в Париже, а похороны, согласно последней воле покойной, — в Сен-Дени, однако после декабрьских событий 1588 года доступа туда не было не только королю Генриху III, но и его матери-покойнице. Останкам Екатерины предстояло покоиться в церкви Блуа до наступления лучших времен. А пока что шла ожесточенная перепалка между протестантами и католиками: если первые, забыв, что о мертвых следует говорить хорошо или ничего, вели разнузданную кампанию очернения «Черной королевы», не раз помогавшей им в трудную минуту, то вторые, во всяком случае, часть из них, превозносили ее до небес.