Значительной кадровой перетряске подверглись силовые ведомства. В системе МВД он сменил 2 замминистров и уволил 12 региональных руководителей (назначены только шестеро). Пустовавшее около 5 месяцев кресло главы ГУВД Москвы занял Владимир Колокольцев. Заместителем руководителя СКП России стала однокурсница президента Елена Леоненко. Назначен новый глава ФСИН (Александр Реймер) и его 4 заместителя, лишились постов несколько десятков сотрудников ведомства различного уровня. Сменился главком Сухопутных войск, командующие Северо-Кавказским и Сибирским военными округами, РВСН и ВДВ. Продлен срок службы начальника Генштаба Николая Макарова.
На созданный 1 сентября пост уполномоченного по правам ребенка президент Медведев успел провести два назначения. В соответствии с новым законом впервые президентом были назначены ректоры Московского и Санкт-Петербургского госуниверситетов.
За 2009 г. были подписаны 133 указа о назначении судей различных уровней (годом ранее – 140). По представлению главы государства появились 3 новых судьи Конституционного суда, 40 послов (годом ранее – 35) и 42 члена Общественной палаты.
10 января в Коми губернатора Владимира Торлопова сменил его первый заместитель Вячеслав Гайзер.
22 января 73-летний Ментимер Шаймиев за 2 месяца до истечения его полномочий объявил о самоотводе своей кандидатуры из списка 3 претендентов на наделение полномочиями президента республики, внесенных в конце 2009 г. правящей партией «Единая Россия».
8 февраля Дмитрий Медведев предложил Думе Ханты-Мансийского автономного округа (ХМАО) утвердить губернатором депутата Госдумы от «Единой России» Наталью Комарову вместо прежнего губернатора Александра Филипенко. Через 2 дня в Ханты-Мансийске перед зданием правительства округа собралось около 80 человек, среди которых было несколько депутатов Гордумы, студенты Югорского государственного университета, пенсионеры, протестующих против президентского решения. Инициативная группа молодежи обходила собравшихся с подписными листами «За Александра Филипенко». Заступился за губернатора и главный редактор официальной газеты правительства ХМАО «Новости Югры» Сергей Козлов, выступивший с открытым письмом к президенту. В нем он просил президента оставить Александра Филипенко губернатором округа. Президент решения не изменил. Депутаты окружной Думы его кандидатуру поддержали.
В тот же день Дмитрий Медведев назначил глав еще 3 регионов – Красноярского края, Еврейской автономной области (ЕАО) и Дагестана. В Красноярском крае пост губернатора был вакантным после назначения Александра Хлопонина вице-премьером и полпредом президента на Северном Кавказе, а в ЕАО и Дагестане действующие губернаторы лишились своих постов, что в администрации президента объяснили взятым президентом курсом на обновление руководящих кадров.
Самым громким стало назначение главой Дагестана Магомедсалама Магомедова. Он заменил на этом посту Муху Алиева, который делал все возможное, чтобы ограничить политические амбиции клана Магомедовых.
Николая Волкова на посту главы Еврейской автономной области сменил мэр Биробиджана Александр Винников. Прежний глава ЕАО Николай Волков даже не был включен в список кандидатов.
17 февраля глава Ямало-Ненецкого автономного округа (ЯНАО) Юрий Неелов, срок полномочий которого истекал 16 марта, обратился к Дмитрию Медведеву с просьбой не рассматривать его кандидатуру.
18 февраля президент снял 15 руководителей региональных УВД, двух заместителей министра внутренних дел – Аркадия Еделева и Николая Овчинникова (новыми заместителями стали Сергей Герасимов и Сергей Булавин), а также начальника департамента обеспечения правопорядка на закрытых территориях и режимных объектах МВД генерал-лейтенанта милиции Владимира Шлемина. В МВД отметили, что отставки замминистров вызваны вполне естественными причинами.
Еще в центральном аппарате МВД был снят с поста генерал-полковник Иван Балбашов, руководивший оперативно-поисковым бюро МВД.
В регионах от занимаемых должностей освобождены главы управлений внутренних дел Тувы (Виктор Лесняк), Карачаево-Черкесии (Николай Осяк), Бурятии (Виктор Сюсюра – был отстранен от должности и арестован за контрабанду в октябре 2009 г.), Томской области (Виктор Гречман – был отстранен в январе 2009 г. за то, что милиционеры до смерти забили журналиста), Белгородской области (Владимир Алешин), Ростовской области (Алексей Белозеров), Брянской области (Михаил Климов), Новгородской области (Анвер Рахматуллин).
Сняты с занимаемых постов замглавы московского ГУВД Виктор Черкашин, замглавы ГУВД по Краснодарскому краю Борис Мартынов и замначальника ГУВД по Саратовской области Владимир Ходжейса. Кроме того, были уволены глава Северного УВД на транспорте (охватывает 11 регионов в ЦФО и СЗФО) Михаил Кулаков, глава Волго-Вятского УВД на транспорте Виктор Фетисов, начальник главного управления МВД по СФО Юрий Сковородин.
1 марта президент России Дмитрий Медведев заявил, что «тот, кто несет ответственность за подготовку (к проваленной нашими спортсменами зимней Олимпиаде. – Ред.), должен нести ответственность и сейчас». «Ответственные лица должны будут принять мужественное решение и написать заявления, – сказал президент. – Если не смогут, мы им поможем». Главные ответственные лица – президент Олимпийского комитета Леонид Тягачев и министр спорта РФ Виталий Мутко практически тут же высказались в том смысле, что в отставку они не собираются. Леонид Тягачев заявил, что возглавляемая им организация собственно подготовкой атлетов не занимается, и назвал виновных в провале – развал СССР, безденежье 90-х годов и «печальная шестилетка под началом знаменитого хоккеиста» (имелся в виду экс-глава бывшего Росспорта Вячеслав Фетисов).
Но на своем посту Леонид Тягачев все же не удержался. Уже через 2 дня после своих громких заявлений ему все же пришлось заявить о том, что он подает в отставку. За ним последовали президент Федерации горнолыжного спорта и сноуборда России (ФГССР) Андрей Бокарев, заместитель министра спорта, туризма и молодежной политики РФ Геннадий Алешин, возглавлявший штаб по контролю за обеспечением подготовки сборных команд России для участия в зимней Олимпиаде в Ванкувере, президент Федерации лыжных гонок России Владимир Логинов, президент Федерации санного спорта Валерий Силаков, президент Федерации фигурного катания на коньках России Валентин Писеев.
17 марта Дмитрий Медведев своим указом освободил от должности заместителя главы Минюста Юрия Калинина, который в течение 18 лет руководил системой исполнения наказаний или курировал ее. Его место занял экс-президент Чечни Алу Алханов.