Для минных постановок на Балтийском флоте в начале войны могли быть использованы лишь три подводные лодки: Л-3, «Калев» и «Лембит». Подводные лодки Л-1 и Л-2 находились в капитальном ремонте. В ноябре 1941 года Л-1 затонула на Неве от повреждений, полученных при артиллерийском обстреле Ленинграда. Подводные лодки «Калев» и «Лембит» могли ставить только мины «Motala» английского производства.
Подводная лодка Л-3 (командир капитан 3 ранга П.Д. Грищенко) вышла в море в первый же день войны. Вначале ей была поставлена задача нести дозор в районе маяка Стейнорт. Однако 26 июня она получила по радио приказание перейти в район Мемеля для постановки мин. Прибыв в назначенный район, командир подводной лодки обнаружил транспорт, следовавший из Мемеля, и вскоре еще один, шедший навстречу первому. Движение транспортов свидетельствовало о наличии фарватера, которым пользовались суда противника, а место постановки мин, указанное в радиограмме, находилось в стороне от него. Выполняя боевой приказ, командир лодки поставил мины в указанном ему месте. В довоенные годы минные постановки предполагалось производить централизованно, по заранее составленным планам. Однако опыт Л-3 убедительно показал, что это не всегда целесообразно.
В июле 1941 года Л-3 вышла на минную постановку в район Данцигской бухты. С прибытием в район Л-3 в течение двух суток вела разведку района. 19 июля в 08.00 были обнаружены два тральщика противника, осуществляшие контрольное траление. После ухода тральщиков Л-3 выставила на протраленном фарватере минное заграждение, после чего отошла в сторону. В 19.00, когда подводная лодка находилась в семи милях от района минной постановки, в отсеках услышали сильный взрыв. В направлении поставленных мин в перископ был виден столб черного дыма. Спустя час после взрыва в том же направлении были слышны взрывы глубинных бомб: противник решил, что в районе фарватера действует советская подводная лодка. Второй поход Л-3 подтвердил целесообразность предоставления командирам подводных лодок инициативы в выборе мест постановки мин. В октябре-ноябре на минах, поставленных Л-3, подорвались транспорты противника «Henni», «Polluks», «Egeray» и траулер «Gunter».
В августе 1941 года в поход вышла подводная лодка «Лембит» (командир капитан-лейтенант В.А. Полещук), которая должна была поставить мины в южной части Балтийского моря. Прибыв в назначенный район, командир произвел разведку к западу от о. Борнхольм и, воспользовавшись предоставленным ему правом, поставил мины на выявленных путях движения транспортов противника. Было выставлено пять минных банок с интервалом 8-12 кабельтов, по четыре мины в каждой банке. На минах, поставленных подводной лодкой, подорвались три судна: транспорт с 9000 тонн железной руды, учебное судно «Deutchland» и морской железнодорожный паром «Shtarke».
В августе 1941 года подводная лодка «Калев» (командир капитан-лейтенант Б.А. Ныров) произвела постановку десяти мин тремя банками в районе Овиши — Ужава. 26 сентября здесь подорвалась немецкая плавбаза «Mozel», а в ноябре — транспорт «Espirait», получивший пробоину при взрыве мины, выбросился на побережье.
Всего за кампанию 1941 года подводные лодки Балтийского флота совершили 82 Боевых похода (56 — в Финский залив, 26 — в Балтийское море), большинство из которых (58) — для действий на морских коммуникациях противника. В результате 40 торпедных атак были уничтожены 5 транспортов, 2 танкера и подводная лодка, один транспорт поврежден. В большинстве случаев стрельба велась одиночными торпедами, лишь подводная лодка Щ-301 атаковала цель залпом из двух торпед. Минными заградителями было поставлено 90 мин, на которых подорвались 7 транспортов, тральщик и учебный корабль противника.
Действия подводных лодок Балтийского флота на морских коммуникациях в 1941 году сыграли положительную роль. Они не только заметно ограничили свободу плавания вражеских транспортных судов, но и заставили противника выделить значительные силы и средства для защиты своего судоходства.
1942 годСтремясь не допустить выхода наших подводных лодок в Балтийское море, противник с начала 1942 года, как только позволила ледовая обстановка, приступил к усиленным минным постановкам во многих районах Финского залива. 10 мая начались работы, по оборудованию минной позиции в районе о. Нарген — мыс Порккала-Удд. В сентябре в местах наиболее частого обнаружения наших подводных лодок (в северном гогландском проходе и в районе банки Калбодагрунд) были поставлены противолодочные сети. К концу года Финский залив был превращен в противолодочный рубеж, форсирование которого представляло для подводных лодок большие трудности. Вследствие подрывов на минах и других боевых повреждений значительная часть подводных лодок нуждалась в ремонте. В условиях блокады Ленинграда при остром дефиците материалов, деталей, электроэнергии, при систематическом воздействии авиации и артиллерии противника решение такой задачи было крайне сложно. Тем не менее она была решена. Впервые в практике огромный по объему и сложный по характеру ремонт подводных лодок был выполнен экипажами и специально сформированными командами из числа квалифицированных рабочих ленинградских заводов под руководством флагманских и дивизионных инженеров-механиков. К концу апреля 1942 года для боевых действий было подготовлено 36 подводных лодок.
Параллельно с ремонтом усиленно велась боевая подготовка. Основным вопросом командирской подготовки было изучение опыта 1941 года, особенно методов форсирования минных заграждений, ставших главной опасностью подводных лодок в Финском заливе. Весной 1942 года были организованы совместные групповые упражнения командиров подводных лодок и командного состава ОВР по эскортированию подводных лодок. Тренировки в выполнении торпедных атак проводились на приборах торпедной стрельбы в Учебном отряде подводного плавания имени С.М. Кирова и в Военно-морской академии.
Подготовка старшинского и рядового состава была нацелена на отработку действий по использованию оружия, боевой техники и борьбе за живучесть.
Штаб бригады подводных лодок под руководством командира бригады капитана 1 ранга А.М. Стеценко и начальника штаба капитана 1 ранга Л.А. Курникова тщательно изучил и проанализировал разведывательные данные о минной обстановке в Финском заливе, возможности противодействия сил и средств противолодочной обороны противника развертыванию подводных лодок и боевой опыт кампании 1941 года. Были разработаны способы форсирования минных заграждений, определены благоприятные для подводных лодок районы зарядки аккумуляторных батарей. В целях непрерывного воздействия на морские коммуникации противника подводные лодки были развернуты тремя эшелонами. Развертывание первого эшелона относится к началу июня 1942 года. Подводные лодки выходили из Ленинграда одиночно и небольшими группами в течение месяца. Переход совершался в три этапа: первый — от Ленинграда до Кронштадта, второй — от Кронштадта до о. Лавенсари, третий — от о. Лавенсари до устья Финского залива. Все девять вышедших в поход подводных лодок успешно форсировали минные заграждения в Финском заливе и, прорвавшись в Балтийское море, приступили к действиям на вражеских коммуникациях. Фашистские суда совершали переходы без какого-либо охранения, а в ночное время даже несли ходовые огни. Это способствовало успеху действий подводных лодок КБФ.