Между тем, еще в бытность Никона архимандритом, он был свидетелем мятежа москвичей, выведенных из терпения лихоимством Морозова, Милославского, Плещеева, Траханиотова, Чистова и других. Мятеж вспыхнул 25 мая 1648 года. Плещеев и Чистов были заколочены палками, Траханиотова казнили, и царь едва отстоял жизнь Морозова, упрашивая народ со слезами на глазах: “Пусть народ уважит мою первую просьбу и простит Морозову то, что он сделал недоброго; мы, Великий Государь, обещаем, что отныне Морозов будет оказывать вам любовь, верность и доброе расположение, и если народ желает, чтобы Морозов не был ближним советником, то мы его отставим; лишь бы только нам, Великому Государю, не выдавать его головою народу, потому что он нам как второй отец: воспитал и возростил нас. Мое сердце не вынесет этого”. Уже 16 июля 1648 года Алексей Михайлович собрал особое заседание из бояр, окольничих, думных и духовных лиц, чтобы привести в порядок расшатанное законодательство, и с этою целью была избрана комиссия из князей Никиты Ивановича Одоевского, Семена Васильевича Прозоровского и Федора Федоровича Волконского да из дьяков Федора Грибоедова и Гаврилы Леонтьева, чтобы составить “Уложение”; соляная пошлина была уничтожена еще 16 января, в день свадьбы царя с Марьею Ильиничной Милославскою, а вслед за избранием комиссии прекращена казенная продажа табака, соблазнявшая благочестивых ревнителей православия, и заготовленный табак был сожжен по приказанию царя. Таким образом, мятеж окончился вполне удачно для восставших в Москве, а потому нашлись охотники повторить его в других городах, где режим Морозова держался пока в силе; действительно, мятежи повторились в Сольвычегодске и Устюге, но скоро были усмирены. Серьезнее разыгрались страсти во Пскове и Новгороде, где многочисленное и богатое торговое сословие было до крайности раздражено данными английским купцам привилегиями и обирательством дьяков.
Началось во Пскове. 28 февраля 1650 года ограбили шведского агента Нумменса и “гостя” Емельянова, затем выбрали свое управление из посадских и отправили челобитчиков в Москву; архиепископ Макарий и воевода Собакин оказались бессильными усмирить народ. Между тем, известие о псковском восстании быстро достигло Новгорода, где народ сильно роптал на появление царских бирючей, которые объявляли на торговых площадях, чтобы новгородцы покупали хлеб только в небольших количествах. Поднялся общий крик, что царь ничего не знает, что всем управляют бояре, которые отпускают за море казну и хлеб в ущерб русской земле. Посадский Елисей Лисица 15 марта воспользовался приездом датского посланника Граба, велел ударить в набат, и мятеж, по-тогдашнему “гиль”, начался тем, что толпы бросились грабить и бить посольство и местных богачей. Митрополит Никон и воевода князь Федор Андреевич Хилков пытались укротить мятеж, но сил у них было мало, а некоторые из служилых, боярские дети и стрельцы перешли на сторону мятежников. Толпа освободила митрополичьего приказного Ивана Жеглова, посаженного под арест Никоном, и Жеглов на другой же день создал народное правительство из девяти человек, в числе которых, кроме посадских, был стрелецкий пятидесятник и подьячий. Энергичный Жеглов принудил большинство новгородцев составить приговор и целовать крест на том, чтобы “всем стать заодно, если государь пошлет на них рать и велит казнить смертью, а денежной казны и хлеба не пропускать за рубеж”. Служилые люди, не желавшие присоединяться к мятежникам, принуждены были к тому силою. Озлобление митрополита Никона при таких обстоятельствах становится вполне понятным: своевольный народ не только не внял увещаниям его, архипастыря, но становился ослушником царской воли; не признавая полумер и считая неприличным идти на уступки, митрополит попытался образумить мятежников духовным оружием и произнес проклятие над всеми непокорными. Эта мера не принесла пользы, потому что строгость и суровые меры Никона давно вооружили против него новгородцев, видевших, что он заступается за злодеев и грабителей.
Когда он вышел уговаривать народ, искавший спрятавшегося князя Хилкова, то зачинщики кинулись на него и, не обращая внимания на святительское облачение, исколотили его до полусмерти; дворовые служители отнесли Никона в келью почти полумертвого. “И ныне, – писал он царю, – лежу в конце живота, харкаю кровью, и живот весь распух; чаю скорой смерти, маслом соборовался”. В этом же письме Никон серьезно передает подробности о видении, явившемся ему после побоев в бреду: ему представился золотой царский венец сперва над головою Спасителя на образе, а потом над своей собственной; как сын своего века вельдемановский мордвин верил в сверхъестественное.
Московское правительство пришло, однако, в недоумение, когда узнало о мятежах в двух важнейших городах севера; под влиянием Алексея Михайловича, не расположенного к очень крутым мерам, решено было прибегнуть к полумерам. Князь Иван Никитич Хованский был отправлен с небольшим войском, а в ответе на челобитье новгородцев слышалась властная, строгая нота. Челобитчики, отправленные Жегловым к царю, привезли бумагу, в которой сочиняли, что посланник Граб сам напал со свитою на горожан, что митрополит жестоко терзает духовных и светских лиц, вымучивая у них деньги, что он совершает на миру великие неистовства и смуты; затем Жеглов просил, чтобы государь не велел отпускать за границу денег и хлеба, так как носится слух, будто шведы намерены, взяв государеву казну, нанять на нее войско и идти войною на Новгород и Псков. В своем ответе самолюбивый, но добродушный Алексей Михайлович сначала строго укоряет новгородцев за мятеж и произведенные насилия над иноземцами и своими, потом указывает на неуместность их вмешательства в действия правительства, заявляя, что он “с Божьею помощью знает, как править своим государством”, но затем снисходит до объяснений, зачем нужно было отпускать хлеб, доказывает, что невозможно запретить, как они просили, продажу хлеба за границу, потому что тогда и шведы не повезут к русским своих товаров, следовательно, государству произойдет оскудение. Наконец, желая сделать приятное новгородцам, царь объявляет, что, согласно их жалобам на воеводу князя Хилкова, он сменяет его, а вместо него назначает князя Юрия Петровича Буйносова-Ростовского. Такой ответ не удовлетворил мятежников, хорошо видевших слабость князя Хованского; они не пустили его даже в город, так что князь, не желая вызывать раздражения, остановился в десяти верстах от Новгорода, у Хутынского Спасо-Варлаамиевского монастыря. Здесь он получил наказ от царя: не пропускать никого в город и уговаривать мятежный народ покориться царской воле.
