Неудачность системы отдачи отрывных килей наглядно продемонстрировала авария подводной лодки «Карась», произошедшая 23 октября. Закончив дифферентовку в районе Либавских входных буёв, подводная лодка вышла в море и попыталась погрузиться. При заполнении цистерн главного балласта неожиданно образовался дифферент на корму до 60 градусов. Попытка устранить его за счёт увеличения хода и перекладки горизонтальных рулей на погружение положительного результата не дала. После приёма воды в носовую дифферентную цистерну подводная лодка получила отрицательную плавучесть и легла на грунт на глубине около 30 метров. Наружные балластные цистерны продуть не удалось (воздух стравился внутрь подводной лодки), внутренние балластные цистерны не были рассчитаны на продувание воздухом, помпы для откачки воды на такой глубине не работали. После того как был дан ход, а рули переложены на всплытие, «Карась» только переполз по грунту на глубину около 27 метров. Тогда приняли решение отдать отрывные кили. Однако всплыть удалось лишь после получасового раскачивания корпуса подводной лодки путём перебегания личного состава с борта на борт. При обследовании выяснилось, что дифферент образовался из-за попадания воды в керосиномоторы Кертинга через незакрытый газоотводной клапан. В результате аварии у подводной лодки «Карась» оказались сломаны лопасти правого гребного винта, погнута одна лопасть левого винта, три аккумулятора сдвинулись с места и дали трещины, были утеряны три отрывных киля (первый, третий и четвертый), повреждена цистерна главного балласта №-4, сорвано двадцать заклепок. Подводной лодке потребовался ремонт в ДОКе. После завершения испытаний и устранения всех выявленных недостатков подводные лодки вошли в состав Учебного Отряда Подводного Плавания и активно использовались для обучения офицеров и команд новых подводных лодок.
На Чёрном море в 1908 году резко обострились отношения с Османской империей, что привело к новому витку гонки вооружений на Чёрном море. Обе страны расходовали огромные средства на усиление своих флотов. В России приступили к разработке новой судостроительной программы, в соответствии с которой Черноморский флот должны были пополнить три дредноута, восемь эсминцев и шесть подводных лодок. Ускорилась достройка линейных кораблей «Евстафий» и «Иоанн Златоуст», завершались работы по восстановлению крейсера «Кагул» (бывший «Очаков»), Но, все эти мероприятия требовали довольно значительного времени. В Морском министерстве приняли решение о немедленном усилении Черноморского флота. Но, как это можно было сделать? Проливы оказались закрыты для русских боевых кораблей (исключения делались только для императорских яхт). Тогда флот решили усилить тремя подводными лодками – «Камбала», «Карась» и «Карп». К этому времени их техническое состояние оказалось вполне приличным, команды были хорошо обучены и прекрасно знали свои корабли. Подводные лодки начали готовить для перевозки по железной дороге. Разбирать их корпуса не требовалось, с них лишь сняли рубки, аккумуляторные батареи и винты. В таком виде подводные лодки погрузили на платформы и отправили в Севастополь: 22 апреля Либаву покинули подводные лодки «Карась» и «Камбала», 26-го числа – подводная лодка «Карп». Команды следовали вместе со своими подводными лодками. 28 апреля все три подводные лодки зачислили в состав Отряда Подводного Плавания Чёрного моря, которым командовал капитан 2 ранга В.Н.Хоментовский. Подводная лодка «Камбала» была зачислена в 28-й флотский экипаж и использовалась для учебных целей. В отряде также числились подводные лодки «Лосось» и «Судак», а также строившаяся подводная лодка – минный заградитель «Краб». На подводных лодках «Карп» и «Карась» модернизировали балластную систему за счет снятия нескольких аккумуляторов и установили дополнительные решетчатые торпедные аппараты Джевецкого.
Подводные лодки «Камбала», «Карп» и «Карась» воплотили в себе конструкторские идеи, которые применяются до настоящего времени: размещение больших запасов топлива в расположенных побортно емкостях и устройства заполнения и продувания балластных цистерн. Были применены моторы, которые вместо опасного бензина работали на значительно менее опасном осветительном керосине. Изготовление перископов, трубы которых уже тогда были покрыты оболочкой из никелевой стали, дало ведущим немецким оптическим фирмам возможность опробовать свои мощности. Так же обращали на себя внимание дальность плавания подводной лодки, ее обитаемость и вентиляция. Постройкой подводных лодок «Камбала», «Карп» и «Карась» было достигнуто преимущество, которое другими флотами достигалось гораздо тяжелее.
К 4 мая 1908 года подводные лодки прибыли к новому месту базирования. Здесь уже подготовили мастерские, 100-тонный плавкран, разъездные катера и водолазный бот. Началась сборка подводных лодок и к 1 августа все они были полностью готовы, «моторы опробованы на зарядку, механизмы готовы к погружению». Подводные лодки тип «Карп» включили в состав Отряда Подводного Плавания Чёрного моря, созданного согласно приказу по Морскому ведомству №-273 от 8 декабря 1907 года. В его состав также входили подводные лодки «Лосось» и «Судак», ранее перевезённые с Балтики. Планировалось доставить сюда и однотипную подводную лодку «Белуга», но её отправка не состоялась. Базировались подводные лодки в Южной бухте Севастополя, а личный состав размещался на барже №-93, которую вскоре сменил бывший линкор «Двенадцать Апостолов». В качестве плавучей базы Отряда Подводного Плавания использовался транспорт «Пендераклия». Все подводные лодки активно выходили в море, выполняя погружения и торпедные стрельбы. Практические плавания проводились у берегов Крыма, совершались походы в Ялту и Балаклаву.
В море подводники обучались управлению подводными лодками и работе с механизмами на подводном ходу. Ходили вдоль южного и западного побережий Крыма, заходили в Каркинитский залив. Несмотря на то, что Черное море оставалось свободным ото льда всю зиму, по сложившейся традиции осенью корабли прекращали кампанию и переходили в вооруженный резерв, начиная зимний ремонт. Было так и в этот раз, только подводные лодки продолжали плавание: подводникам требовалось быть готовыми к участию в весенних маневрах флота.
В результате упорного труда уже весной черноморские подводники подготовились к совместным действиям с эскадрой. В феврале 1909 года, подводные лодки «Карп» и «Камбала», после упорных тренировок, достигли минимального времени погружения из крейсерского положения в подводное – пять минут.
